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森脇 由隆(モリワキ ヨシタカ) MORIWAKI Yoshitaka
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出身大学院 【 表示 ／ 非表示 】
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東京大学 農学生命科学研究科 応用生命工学専攻 博士課程 2014年03月 修了
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東京大学 新領域創成科学研究科 メディカルゲノム専攻 修士課程 2011年03月 修了
経歴(学内) 【 表示 ／ 非表示 】
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2024年04月-2024年09月東京医科歯科大学 難治疾患研究所 バイオデータ科学研究部門 計算創薬科学分野 准教授
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2024年10月-現在東京科学大学 教育研究組織 総合研究院 難治研・バイオデータ科学研究部門 計算創薬科学分野 准教授
経歴(学外) 【 表示 ／ 非表示 】
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2016年11月-2024年03月東京大学 大学院農学生命科学研究科 助教
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2024年04月-2024年09月東京医科歯科大学 難治疾患研究所 准教授
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2024年10月-現在東京科学大学 総合研究院 難治疾患研究所 准教授
研究テーマ 【 表示 ／ 非表示 】
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予測構造に基づく基質・反応特異性予測法の開発，2022年06月 - 2027年03月
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分子シミュレーションによる生体高分子の機能の予測と解析，2022年04月 - 2027年03月
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分子シミュレーションによる生体高分子の機能の予測と解析，2022年04月 - 2027年03月
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タンパク質構造に基づいたアブラナ科植物の自家不和合性を制御する分子の創出，2021年04月 - 2024年03月
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構造と機能の両立を目指した新規ヘム結合蛋白質の計算設計と実験的検証，2018年04月 - 2021年03月
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ヒューマンコンピュテーションと計算創薬の融合的実装による創薬計算科学の深化，2018年04月 - 2021年03月
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タンパク質の複合体構造・分子間相互作用・ダイナミクス・機能の予測と解析，2017年04月 - 2022年03月
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高親和性を有する新規ヘム結合蛋白質のｄｅ ｎｏｖｏ計算設計とその実験的検証，2016年04月 - 2019年03月
論文・総説 【 表示 ／ 非表示 】
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Mori, T; Moriwaki, Y; Sakurada, K; Lyu, S; Kadlcik, S; Janata, J; Mazumdar, A; Koberska, M; Terada, T; Kamenik, Z; Abe, I. Molecular basis for the diversification of lincosamide biosynthesis by pyridoxal phosphate-dependent enzymes NATURE CHEMISTRY. 2025.02; 17 (2): 256-264. ( PubMed, DOI )
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Kim, G; Lee, S; Karin, EL; Kim, H; Moriwaki, Y; Ovchinnikov, S; Steinegger, M; Mirdita, M. Easy and accurate protein structure prediction using ColabFold NATURE PROTOCOLS. 2024.10; ( PubMed, DOI )
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Homma, M; Wakabayashi, T; Moriwaki, Y; Shiotani, N; Shigeta, T; Isobe, K; Okazawa, A; Ohta, D; Terada, T; Shimizu, K; Mizutani, M; Takikawa, H; Sugimoto, Y. Insights into stereoselective ring formation in canonical strigolactone: Identification of a dirigent domaincontaining enzyme catalyzing orobanchol synthesis PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA. 2024.06; 121 (26): e2313683121. ( PubMed, DOI )
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Fan Zhao, Yoshitaka Moriwaki, Tomohiro Noguchi, Kentaro Shimizu, Tomohisa Kuzuyama, Tohru Terada. QM/MM Study of the Catalytic Mechanism and Substrate Specificity of the Aromatic Substrate <i>C</i>-Methyltransferase Fur6 Biochemistry. 2024.02; 63 (6): 806-814. ( DOI )
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Tomoki Sawa, Yoshitaka Moriwaki, Hanting Jiang, Kohji Murase, Seiji Takayama, Kentaro Shimizu, Tohru Terada. Comprehensive computational analysis of the SRK–SP11 molecular interaction underlying self-incompatibility in Brassicaceae using improved structure prediction for cysteine-rich proteins Computational and Structural Biotechnology Journal. 2023.10; 21 5228-5239. ( DOI )
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Kano Hasegawa, Yoshitaka Moriwaki, Tohru Terada, Cao Wei, Kentaro Shimizu. Feedback-AVPGAN: Feedback-guided generative adversarial network for generating antiviral peptides Journal of Bioinformatics and Computational Biology. 2022.12; 20 (06): ( DOI )
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Li Liu, Wen Song, Shijia Huang, Kai Jiang, Yoshitaka Moriwaki, Yichuan Wang, Yongfan Men, Dan Zhang, Xing Wen, Zhifu Han, Jijie Chai, Hongwei Guo. Extracellular pH sensing by plant cell-surface peptide-receptor complexes Cell. 2022.09; 185 (18): 3341-3355.e13. ( DOI )
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Shohei Yamaguchi, Haruka Nakashima, Yoshitaka Moriwaki, Tohru Terada, Kentaro Shimizu. Prediction of protein mononucleotide binding sites using AlphaFold2 and machine learning Computational Biology and Chemistry. 2022.07; 107744. ( DOI )
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Xiaoyu Yang, Natsuko I Kobayashi, Yoshiki Hayashi, Koichi Ito, Yoshitaka Moriwaki, Tohru Terada, Kentaro Shimizu, Motoyuki Hattori, Ren Iwata, Hisashi Suzuki, Tomoko M Nakanishi, Keitaro Tanoi. Mutagenesis Analysis of GMN Motif in <i>Arabidopsis thaliana</i> Mg2+ Transporter MRS2-1 Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry. 2022.05; 86 (7): 870-874. ( PubMed, DOI )
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Milot Mirdita, Konstantin Schütze, Yoshitaka Moriwaki, Lim Heo, Sergey Ovchinnikov, Martin Steinegger. ColabFold: making protein folding accessible to all Nature Methods. 2022.05; 19 (6): 679-682. ( DOI )
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Hayama Tsutsumi, Yoshitaka Moriwaki, Tohru Terada, Kentaro Shimizu, Kazuo Shin‐ya, Yohei Katsuyama, Yasuo Ohnishi. Structural and Molecular Basis of the Catalytic Mechanism of Geranyl Pyrophosphate C6‐Methyltransferase: Creation of an Unprecedented Farnesyl Pyrophosphate C6‐Methyltransferase Angewandte Chemie International Edition. 2022.01; 61 (1): e202111217. ( DOI )
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Yanagisawa, K; Moriwaki, Y; Terada, T; Shimizu, K. EXPRORER: Rational Cosolvent Set Construction Method for Cosolvent Molecular Dynamics Using Large-Scale Computation JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING. 2021.06; 61 (6): 2744-2753. ( PubMed, DOI )
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Kohji Murase, Yoshitaka Moriwaki, Tomoyuki Mori, Xiao Liu, Chiho Masaka, Yoshinobu Takada, Ryoko Maesaki, Masaki Mishima, Sota Fujii, Yoshinori Hirano, Zen Kawabe, Koji Nagata, Tohru Terada, Go Suzuki, Masao Watanabe, Kentaro Shimizu, Toshio Hakoshima, Seiji Takayama. Mechanism of self/nonself-discrimination in <i>Brassica</i> self-incompatibility Nature Communications. 2020.10; 11 (4916): ( DOI )
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Miho Chikazawa, Yoshitaka Moriwaki, Mari Uramoto, Yoshio Yamauchi, Makoto Shimizu, Kentaro Shimizu, Ryuichiro Sato. Functional effect of nobiletin as a food-derived allosteric modulator of mouse CRFR2β in skeletal muscle Biochemical and biophysical research communications. 2020.08; 529 (2): 328-334. ( PubMed, DOI )
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Dissecting the stereocontrolled conversion of short-lived sulfenic acid by lachrymatory factor synthase 2020.01; 10 (1): 9-19. ( DOI )
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Chiba, S; Ohue, M; Gryniukova, A; Borysko, P; Zozulya, S; Yasuo, N; Yoshino, R; Ikeda, K; Shin, WH; Kihara, D; Iwadate, M; Umeyama, H; Ichikawa, T; Teramoto, R; Hsin, KY; Gupta, V; Kitano, H; Sakamoto, M; Higuchi, A; Miura, N; Yura, K; Mochizuki, M; Ramakrishnan, C; Thangakani, AM; Velmurugan, D; Gromiha, MM; Nakane, I; Uchida, N; Hakariya, H; Tan, MD; Nakamura, HK; Suzuki, SD; Ito, T; Kawatani, M; Kudoh, K; Takashina, S; Yamamoto, KZ; Moriwaki, Y; Oda, K; Kobayashi, D; Okuno, T; Minami, S; Chikenji, G; Prathipati, P; Nagao, C; Mohsen, A; Ito, M; Mizuguchi, K; Honma, T; Ishida, T; Hirokawa, T; Akiyama, Y; Sekijima, M. A prospective compound screening contest identified broader inhibitors for Sirtuin 1 SCIENTIFIC REPORTS. 2019.12; 9 (1): ( PubMed, DOI )
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Yoshitaka Moriwaki, Mirai Yato, Tohru Terada, Seiji Saito, Noriyuki Nukui, Takumi Iwasaki, Tatsunari Nishi, Yuko Kawaguchi, Ken Okamoto, Takatoshi Arakawa, Chihaya Yamada, Shinya Fushinobu, Kentaro Shimizu. Understanding the molecular mechanism underlying the high catalytic activity of <i>p</i>-hydroxybenzoate hydroxylase mutants for producing gallic acid Biochemistry. 2019.10; 58 (45): 4543-4558. ( PubMed, DOI )
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Peng Lu, Yoshitaka Moriwaki, Mimin Zhang, Yukie Katayama, Yi Lu, Ken Okamoto, Tohru Terada, Kentaro Shimizu, Mengyao Wang, Takehiro Kamiya, Toru Fujiwara, Tomiko Asakura, Michio Suzuki, Etsuro Yoshimura, Koji Nagata. Functional characterisation of two ferric-ion coordination modes of TtFbpA, the periplasmic subunit of an ABC-type iron transporter from Thermus thermophilus HB8 Metallomics. 2019.10; 11 (12): 2078-2088. ( DOI )
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Chun Fang, Yoshitaka Moriwaki, Aikui Tian, Caihong Li, Kentaro Shimizu. Identifying Short Disorder-to-Order Binding Regions in Disordered Proteins with a Deep Convolutional Neural Network Method Journal of Bioinformatics and Computational Biology. 2018.11; 17 (1): 1950004. ( DOI )
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Identifying MoRFs in disordered proteins using enlarged conserved features 2018.03; 50-54. ( DOI )
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Saeko Yanaka, Yoshitaka Moriwaki, Kouhei Tsumoto, Kenji Sugase. Elucidation of potential sites for antibody engineering by fluctuation editing Scientific Reports. 2017.12; 7 (9597): ( DOI )
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Chiba, S; Ishida, T; Ikeda, K; Mochizuki, M; Teramoto, R; Taguchi, Y; Iwadate, M; Umeyama, H; Ramakrishnan, C; Thangakani, AM; Velmurugan, D; Gromiha, MM; Okuno, T; Kato, K; Minami, S; Chikenji, G; Suzuki, SD; Yanagisawa, K; Shin, WH; Kihara, D; Yamamoto, KZ; Moriwaki, Y; Yasuo, N; Yoshino, R; Zozulya, S; Borysko, P; Stavniichuk, R; Honma, T; Hirokawa, T; Akiyama, Y; Sekijima, M. An iterative compound screening contest method for identifying target protein inhibitors using the tyrosine-protein kinase Yes SCIENTIFIC REPORTS. 2017.09; 7 12038. ( PubMed, DOI )
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森脇由隆. AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから JSBi Bioinformatics Review. 2022.11; 3 (2): ( DOI )
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若林孝俊, 若林孝俊, 本間大翔, 森脇由隆, 塩谷七洋, 茂田巧, 磯部一樹, 岡澤敦司, 太田大策, 寺田透, 清水謙多郎, 水谷正治, 滝川浩郷, 杉本幸裕. Dirigent domain含有タンパク質によるorobancholの立体選択的生合成機構 植物の生長調節. 2023; 58 (Supplement):
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Ryosuke Miyata, Yoshitaka Moriwaki, Tohru Terada, Kentaro Shimizu. Prediction and analysis of antifreeze proteins Heliyon. 2021.09; 7 (9): e07953. ( DOI )
書籍等出版物 【 表示 ／ 非表示 】
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富井健太郎,石谷隆一郎,大上雅史,大貫隼,岡崎圭一,木原大亮,栗栖源嗣,小林直也,齋藤裕,寺田透,西羽美,森脇由隆,山口秀輝,山守優,于健,力丸健太郎. AlphaFold時代の構造バイオインフォマティクス実践ガイド : 今日からできる!構造データの基本操作から相互作用の推定、タンパク質デザインまで. 羊土社, 2024.11 第2章-3, 第3章-1 (ISBN : 978-4-7581-2276-4)
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森脇 由隆. 化学 2022年 02月号. 化学同人, 2022.01 世界最強のタンパク質構造予測ソフトウェア AlphaFold2
講演・口頭発表等 【 表示 ／ 非表示 】
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森脇由隆. 予測構造と計算で酵素の機能を解明できる時代へ. Science Tokyo 設立記念 ノーベル賞授賞式前日に考える：AIが変える創薬とタンパク質構造予測の最前線 2024.12.09
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森脇由隆. AlphaFoldによってさらに発展するタンパク質の計算科学. 第51回構造活性相関シンポジウム 2023.11.20
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森脇由隆. AlphaFold2を使い尽くそう！ ～今さら聞けない、何ができる？どう生かす？！. "未来へのバイオ技術"勉強会「テクニカルシリーズⅡ AlphaFold2が与えた実験構造生物学への衝撃」 2022.05.25
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小野田浩宜, 上海老師, 石谷隆一郎, 仙石 徹, 森脇由隆. AlphaFoldがもたらす分子生物学への影響. 第44回日本分子生物学会年会 2021.12.01
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森脇由隆. 「GTR基礎講座Ⅱ」GTR院生企画 "-集まれ面白研究者- タンパク質立体構造予測ツール「Alphafold2」が作る未来". 名古屋大学卓越大学院プログラムGTR院生企画 2021.11.12
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森脇由隆. 微生物・植物の研究分野に訪れるAlphaFold2の波及効果. 2021年日本バイオインフォマティクス学会年会・第10回生命医薬情報学連合大会 2021.09.28
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森脇由隆. AlphaFoldが作り出した新時代の生物学. 2024年ノーベル物理学賞、ノーベル化学賞、 AIで自然科学はどう変わったのか、どう変わるのか 2024.11.24
担当授業科目(学外) 【 表示 ／ 非表示 】
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タンパク質構造と 分子シミュレーションから生化学を考察する，東京農業大学
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有機合成化学，東京大学
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計算生命科学の基礎9（1.3 タンパク質の立体構造予測－AlphaFold以前と以後－），神戸大学
社会貢献活動 【 表示 ／ 非表示 】
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AI新時代 光と影，読売新聞社，読売新聞，関連分野 日本出遅れ，2024年10月11日
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2024年ノーベル化学賞：タンパク質の設計と構造予測に貢献した3氏に，日経サイエンス，https://www.nikkei-science.com/?p=74092，2024年10月10日
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What's next for AlphaFold and the AI protein-folding revolution，Nature，Nature，2022年04月13日