基本情報

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石谷　隆一郎(イシタニ　リュウイチロウ)

ISHITANI RYUICHIRO


職名

教授
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経歴(学内) 【 表示 ／ 非表示 】

  • 2024年01月
    -
    2024年09月
    東京医科歯科大学 難治疾患研究所 バイオデータ科学研究部門 計算創薬科学分野 教授
  • 2024年10月
    -
    現在
    東京科学大学 教育研究組織 総合研究院 難治研・バイオデータ科学研究部門 計算創薬科学分野 教授
  • 2024年10月
    -
    現在
    東京科学大学 教育研究組織 大学院 生命理工医療科学専攻・統合分子疾患科学講座 計算創薬科学分野 教授
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研究テーマ 【 表示 ／ 非表示 】

  • １炭素代謝酵素によるミトコンドリア制御を標的とする革新的治療法の開発，2024年09月 - 2027年09月

  • 有機分子の排出にかかわる膜輸送体の構造生物学，2017年04月 - 2020年03月

  • 数理解析に基づくMAPKシグナルと生命機能制御機構の解明，2016年06月 - 2021年03月

  • 物理刺激で制御される膜蛋白質の分子機構の解明，2016年04月 - 2021年03月

  • 有機酸生産の効率化へ向けた有機酸排出トランスポーターの構造と機能の解析，2016年04月 - 2019年03月

  • 多剤排出輸送体の構造生物学，2013年04月 - 2017年03月

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論文・総説 【 表示 ／ 非表示 】

  1. Ishitani, R; Takemoto, M; Tomii, K. Protein ligand binding site prediction using graph transformer neural network PLOS ONE. 2024.08; 19 (8): e0308425. ( PubMed, DOI )

  2. Molecular Design Method Using a Reversible Tree Representation of Chemical Compounds and Deep Reinforcement Learning. 2022.09; 62 (17): 4032-4048. ( PubMed, DOI )

  3. Towards universal neural network potential for material discovery applicable to arbitrary combination of 45 elements. 2022.05; 13 (1): 2991. ( PubMed, DOI )

  4. Lateral access mechanism of LPA receptor probed by molecular dynamics simulation. 2022; 17 (2): e0263296. ( PubMed, DOI )

  5. Time-resolved serial femtosecond crystallography reveals early structural changes in channelrhodopsin. 2021.03; 10 ( PubMed, DOI )

  6. Structural biology of the multidrug and toxic compound extrusion superfamily transporters. 2020.12; 1862 (12): 183154. ( PubMed, DOI )

  7. Cryo-EM structure of the volume-regulated anion channel LRRC8D isoform identifies features important for substrate permeation. 2020.05; 3 (1): 240. ( PubMed, DOI )

  8. Identification of Potent In Vivo Autotaxin Inhibitors that Bind to Both Hydrophobic Pockets and Channels in the Catalytic Domain. 2020.03; 63 (6): 3188-3204. ( PubMed, DOI )

  9. Crystal structure of Drosophila Piwi. 2020.02; 11 (1): 858. ( PubMed, DOI )

  10. Author Correction: Structural basis for the drug extrusion mechanism by a MATE multidrug transporter. 2020.02; 578 (7794): E19. ( PubMed, DOI )

  11. Cryo-EM structure of the human L-type amino acid transporter 1 in complex with glycoprotein CD98hc. 2019.06; 26 (6): 510-517. ( PubMed, DOI )

  12. Structural basis for oligomerization of the prokaryotic peptide transporter PepTSo2. 2019.05; 75 (Pt 5): 348-358. ( PubMed, DOI )

  13. Structural basis for the promiscuous PAM recognition by Corynebacterium diphtheriae Cas9. 2019.04; 10 (1): 1968. ( PubMed, DOI )

  14. Crystal structure of plant vacuolar iron transporter VIT1. 2019.03; 5 (3): 308-315. ( PubMed, DOI )

  15. Structural Basis of H+-Dependent Conformational Change in a Bacterial MATE Transporter. 2019.02; 27 (2): 293-301. ( PubMed, DOI )

  16. Cap-specific terminal N 6-methylation of RNA by an RNA polymerase II-associated methyltransferase. 2019.01; 363 (6423): ( PubMed, DOI )

  17. Crystal structure of the Agrobacterium tumefaciens type VI effector-immunity complex. 2018.12; 74 (Pt 12): 810-816. ( PubMed, DOI )

  18. Vibrational and Molecular Properties of Mg2+ Binding and Ion Selectivity in the Magnesium Channel MgtE. 2018.10; 122 (42): 9681-9696. ( PubMed, DOI )

  19. Structural insights into cGAMP degradation by Ecto-nucleotide pyrophosphatase phosphodiesterase 1. 2018.10; 9 (1): 4424. ( PubMed, DOI )

  20. An Atomistic Model of a Precursor State of Light-Induced Channel Opening of Channelrhodopsin. 2018.10; 115 (7): 1281-1291. ( PubMed, DOI )

  21. Free Energy Landscape for the Entire Transport Cycle of Triose-Phosphate/Phosphate Translocator. 2018.09; 26 (9): 1284-1296. ( PubMed, DOI )

  22. Engineered CRISPR-Cas9 nuclease with expanded targeting space. 2018.09; 361 (6408): 1259-1262. ( PubMed, DOI )

  23. Cryo-EM structures of the human volume-regulated anion channel LRRC8. 2018.09; 25 (9): 797-804. ( PubMed, DOI )

  24. Functional roles of Mg2+ binding sites in ion-dependent gating of a Mg2+ channel, MgtE, revealed by solution NMR. 2018.04; 7 ( PubMed, DOI )

  25. Structural basis for xenobiotic extrusion by eukaryotic MATE transporter. 2017.11; 8 (1): 1633. ( PubMed, DOI )

  26. Structure of the triose-phosphate/phosphate translocator reveals the basis of substrate specificity. 2017.10; 3 (10): 825-832. ( PubMed, DOI )

  27. Structural insights into the competitive inhibition of the ATP-gated P2X receptor channel. 2017.10; 8 (1): 876. ( PubMed, DOI )

  28. Structural insights into ligand recognition by the lysophosphatidic acid receptor LPA6. 2017.08; 548 (7667): 356-360. ( PubMed, DOI )

  29. Structural Basis for the Canonical and Non-canonical PAM Recognition by CRISPR-Cpf1. 2017.08; 67 (4): 633-645. ( PubMed, DOI )

  30. Structural Basis for the Altered PAM Recognition by Engineered CRISPR-Cpf1. 2017.07; 67 (1): 139-147. ( PubMed, DOI )

  31. ATP-dependent modulation of MgtE in Mg2+ homeostasis. 2017.07; 8 (1): 148. ( PubMed, DOI )

  32. Cyclic GMP-AMP as an Endogenous Second Messenger in Innate Immune Signaling by Cytosolic DNA. 2017.06; 86 541-566. ( PubMed, DOI )

  33. Structural insights into the nucleotide base specificity of P2X receptors. 2017.03; 7 45208. ( PubMed, DOI )

  34. Crystal Structure of the Minimal Cas9 from Campylobacter jejuni Reveals the Molecular Diversity in the CRISPR-Cas9 Systems. 2017.03; 65 (6): 1109-1121. ( PubMed, DOI )

  35. Correction: Breakpoint Cluster Region-Mediated Inflammation Is Dependent on Casein Kinase II. 2017.01; 198 (2): 971. ( PubMed, DOI )

  36. 石谷 隆一郎. キャリアデザイン談話室(14)プランド・ハップンスタンス理論のすすめ—An Encouragement of Planned Happenstance Theory 生物物理 / 日本生物物理学会 編. 2022.12; 62 (6): 367-369.

  37. 石谷 隆一郎. リウマチ性疾患診療・研究における人工知能(AI)の関わり ディープラーニングの創薬応用 日本リウマチ学会総会・学術集会プログラム・抄録集. 2020.08; 64回 200. ( 医中誌 )

  38. 石谷 隆一郎. ディープラーニングの創薬応用 日本薬理学会年会要旨集. 2019; 92 3-CS4-3. ( DOI )

  39. 石谷 隆一郎. 異分野連携が拓くシグナル伝達と疾患研究のフロンティア 炎症応答に関わる因子の構造生物学 日本生化学会大会プログラム・講演要旨集. 2018.09; 91回 [3S05a-07]. ( 医中誌 )

  40. 小田 和正, 大石 賢実, 谷口 怜哉, 西澤 知宏, 石谷 隆一郎, 濡木 理. 長波長励起型チャネルロドプシン、Chrimsonの構造解析 生命科学系学会合同年次大会. 2017.12; 2017年度 [3P-0104]. ( 医中誌 )

  41. 糟谷 豪, 山浦 利章, Ma Xiao-Bo, 中村 凌煕, 武本 瑞貴, 南雲 啓充, 田中 英一, 堂前 直, 中根 崇智, Yu Ye, 石谷 隆一郎, 松崎 修, 服部 素之, 濡木 理. ATP作動性チャネルP2X受容体における競合阻害機構の構造基盤 生命科学系学会合同年次大会. 2017.12; 2017年度 [2P-0098]. ( 医中誌 )

  42. 石谷 隆一郎. 膜輸送体の分子構造を観る : アミノ酸排出輸送体YddGのX線結晶構造解析—Structure and function of amino-acid exporter YddG—第5土曜特集 生命現象を観る : 革新的な構造生命科学が観せてくれる世界 ; X線 医学のあゆみ. 2017.07; 262 (5): 335-341. ( 医中誌 )

  43. 石谷 隆一郎. 【生命現象を観る-革新的な構造生命科学が観せてくれる世界】膜輸送体の分子構造を観る　アミノ酸排出輸送体YddGのX線結晶構造解析 医学のあゆみ. 2017.07; 262 (5): 335-341. ( 医中誌 )

  44. 松田憲之, 荻原禅, 渡辺藍子, 齋藤未怜, 森脇由隆, 石谷隆一郎, 小迫英尊. 遺伝性潜性パーキンソン病の原因因子DJ-1の分子機能の解明とそのオルガネラ機能に関する考察 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2024; 47th

  45. 渡辺藍子, 齋藤未怜, 森脇由隆, 石谷隆一郎, 松田憲之. パーキンソン病の原因因子DJ-1が持つcPGA分解酵素活性の分子機構 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2024; 47th

  46. 田中良樹, 氏原一哉, 坂井直樹, 山田悠介, 武本瑞貴, 森脇寛智, 佐藤匡史, STANFIELD Joshua Kyle, 梅本直, 平田邦生, 引田理英, 石谷隆一郎, 加藤龍一, 千田俊哉, 山本雅貴, 力丸健太郎, 西ヶ谷有輝. 抵抗性変異に有効な新規ALS阻害型除草剤の創出 日本農薬学会大会講演要旨集(CD-ROM). 2023; 48th

  47. 石谷隆一郎, 石谷隆一郎. 深層学習からみたAlphaFold CBI学会講演会. 2022; 434th

  48. 田中良樹, 氏原一哉, 坂井直樹, 山田悠介, 武本瑞貴, 森脇寛智, 佐藤匡史, STANFIELD JK, 平田邦生, 竹下浩平, 引田理英, 石谷隆一郎, 加藤龍一, 千田俊哉, 山本雅貴, 力丸健太郎, 西ヶ谷有輝. タンパク質立体構造情報を利用した新規ALS阻害型除草剤の探索 日本結晶学会年会講演要旨集. 2022; 2022

  49. 田中良樹, 氏原一哉, 坂井直樹, 山田悠介, 武本瑞貴, 森脇寛智, 佐藤匡史, STANFIELD JK, 平田邦生, 竹下浩平, 引田理英, 石谷隆一郎, 加藤龍一, 千田俊哉, 山本雅貴, 力丸健太郎, 西ヶ谷有輝. タンパク質立体構造情報を利用した新規ALS阻害型除草剤の探索 構造活性相関シンポジウム講演要旨集(CD-ROM). 2022; 50th

  50. 田中良樹, 氏原一哉, 坂井直樹, 武本瑞貴, 森脇寛智, 佐藤匡史, STANFIELD JK, 平田邦生, 竹下浩平, 石谷隆一郎, 山本雅貴, 力丸健太郎, 西ヶ谷有輝. タンパク質立体構造情報を利用した新規ALS阻害型除草剤の探索 日本農薬学会大会講演要旨集(CD-ROM). 2022; 47th

  51. 石谷隆一郎, 石谷隆一郎, 武本瑞貴. 構造生物学と深層学習からみたAlphaFold 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2021; 44th

  52. 小野田浩宜, 石谷隆一郎, 仙石徹, 森脇由隆. AlphaFoldがもたらす分子生物学への影響 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2021; 44th

  53. 山口そのみ, 大江彰, 西田知訓, 山下恵太郎, 鍛治屋麻子, 平野清一, 松本直樹, 石谷隆一郎, 齋藤都暁, 塩見春彦, 西増弘志, 濡木理, 塩見美喜子. ショウジョウバエ由来Piwiの結晶構造解析 日本細胞生物学会大会(Web). 2019; 71st

  54. Taniguchi Reiya, Inoue Asuka, Sayama Misa, Yamashita Keitaro, Hirata Kunio, Yoshida Masahito, Nakada-Nakura Yoshiko, Otani Yuko, Kato Hideaki, Nishizawa Tomohiro, Doi Takayuki, Ohwada Tomohiko, Ishitani Ryuichiro, Aoki Junken, Nureki Osamu. Toward Structural Understanding of Ligand Recognition by Lysophosphatidic Acid Receptor Lpa6 PROTEIN SCIENCE. 2018.11; 27 235-236.

  55. 的場京子, 川本晃大, 福田昌弘, 長村怜奈, 西澤知宏, 宮崎直幸, 石谷隆一郎, 岩崎憲治, 濡木理, 高木淳一. 膜蛋白質の高分解能構造解析を目指した“salipro法”実用性の検討 日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集. 2018; 18th

  56. 中根俊博, 平野清一, 山野峻, 中根崇智, 石谷隆一郎, 西増弘志, 濡木理. B.laterosporus由来Cas9の結晶構造 日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集. 2018; 18th

  57. 島田寛人, 草木迫司, 西澤知宏, 日野智也, 石谷隆一郎, 濡木理. クライオ電子顕微鏡によるTRPV3の構造解析 日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集. 2018; 18th

  58. 中根俊博, 平野清一, 山野峻, 中根崇智, 石谷隆一郎, 西増弘志, 濡木理. B.laterosporus由来Cas9の結晶構造 日本結晶学会年会講演要旨集. 2017; 2017

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講演・口頭発表等 【 表示 ／ 非表示 】

  1. Nakamura Ryoki, Kasuya Go, Takemoto Mizuki, Hattori Motoyuki, Ishitani Ryuichiro, Nureki Osamu. MDシミュレーションを用いたATP作動性イオンチャネルP2Xにおける競合的阻害剤TNP-ATPの作用機序の解明(MD simulation of ATP-gated P2X receptors reveals the inhibitory mechanism of a competitive antagonist TNP-ATP). 生物物理 2017.08.01

  2. 石谷 隆一郎. リウマチ性疾患診療・研究における人工知能(AI)の関わり　ディープラーニングの創薬応用. 日本リウマチ学会総会・学術集会プログラム・抄録集 2020.08.01

  3. 石谷 隆一郎. 異分野連携が拓くシグナル伝達と疾患研究のフロンティア　炎症応答に関わる因子の構造生物学. 日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 2018.09.01

  4. 小田 和正, 大石 賢実, 谷口 怜哉, 西澤 知宏, 石谷 隆一郎, 濡木 理. 長波長励起型チャネルロドプシン、Chrimsonの構造解析. 生命科学系学会合同年次大会 2017.12.01

  5. 糟谷 豪, 山浦 利章, Ma Xiao-Bo, 中村 凌煕, 武本 瑞貴, 南雲 啓充, 田中 英一, 堂前 直, 中根 崇智, Yu Ye, 石谷 隆一郎, 松崎 修, 服部 素之, 濡木 理. ATP作動性チャネルP2X受容体における競合阻害機構の構造基盤. 生命科学系学会合同年次大会 2017.12.01

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Works 【 表示 ／ 非表示 】

  • CueMol: Molecular Visualization Framework，コンピュータソフト，2000年01月 - 現在

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社会貢献活動 【 表示 ／ 非表示 】

  • コンピューターを使って薬のもとを作る，公益財団法人文京アカデミー，2024年10月25日

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