Riku Egami, Toshiya Kokaji, Atsushi Hatano, Katsuyuki Yugi, Miki Eto, Keigo Morita, Satoshi Ohno, Masashi Fujii, Ken-Ichi Hironaka, Saori Uematsu, Akira Terakawa, Yunfan Bai, Yifei Pan, Takaho Tsuchiya, Haruka Ozaki, Hiroshi Inoue, Shinsuke Uda, Hiroyuki Kubota, Yutaka Suzuki, Masaki Matsumoto, Keiichi I Nakayama, Akiyoshi Hirayama, Tomoyoshi Soga, Shinya Kuroda. Trans-omic analysis reveals obesity-associated dysregulation of inter-organ metabolic cycles between the liver and skeletal muscle. iScience. 2021.03; 24 (3): 102217. ( PubMed, DOI )

Toshiya Kokaji, Atsushi Hatano, Yuki Ito, Katsuyuki Yugi, Miki Eto, Keigo Morita, Satoshi Ohno, Masashi Fujii, Ken-Ichi Hironaka, Riku Egami, Akira Terakawa, Takaho Tsuchiya, Haruka Ozaki, Hiroshi Inoue, Shinsuke Uda, Hiroyuki Kubota, Yutaka Suzuki, Kazutaka Ikeda, Makoto Arita, Masaki Matsumoto, Keiichi I Nakayama, Akiyoshi Hirayama, Tomoyoshi Soga, Shinya Kuroda. Transomics analysis reveals allosteric and gene regulation axes for altered hepatic glucose-responsive metabolism in obesity. Sci Signal. 2020.12; 13 (660): ( PubMed, DOI )

Satoshi Ohno, Lake-Ee Quek, James R Krycer, Katsuyuki Yugi, Akiyoshi Hirayama, Satsuki Ikeda, Futaba Shoji, Kumi Suzuki, Tomoyoshi Soga, David E James, Shinya Kuroda. Kinetic Trans-omic Analysis Reveals Key Regulatory Mechanisms for Insulin-Regulated Glucose Metabolism in Adipocytes. iScience. 2020.09; 23 (9): 101479. ( PubMed, DOI )

Lake-Ee Quek, James R Krycer, Satoshi Ohno, Katsuyuki Yugi, Daniel J Fazakerley, Richard Scalzo, Sarah D Elkington, Ziwei Dai, Akiyoshi Hirayama, Satsuki Ikeda, Futaba Shoji, Kumi Suzuki, Jason W Locasale, Tomoyoshi Soga, David E James, Shinya Kuroda. Dynamic 13C Flux Analysis Captures the Reorganization of Adipocyte Glucose Metabolism in Response to Insulin. iScience. 2020.02; 23 (2): 100855. ( PubMed, DOI )

Rate-oriented trans-omics: integration of multiple omic data on the basis of reaction kinetics 2019.06; 15 109-120.

James R Krycer, Katsuyuki Yugi, Akiyoshi Hirayama, Daniel J Fazakerley, Lake-Ee Quek, Richard Scalzo, Satoshi Ohno, Mark P Hodson, Satsuki Ikeda, Futaba Shoji, Kumi Suzuki, Westa Domanova, Benjamin L Parker, Marin E Nelson, Sean J Humphrey, Nigel Turner, Kyle L Hoehn, Gregory J Cooney, Tomoyoshi Soga, Shinya Kuroda, David E James. Dynamic Metabolomics Reveals that Insulin Primes the Adipocyte for Glucose Metabolism. Cell Rep. 2017.12; 21 (12): 3536-3547. ( PubMed, DOI )

Takanori Sano, Kentaro Kawata, Satoshi Ohno, Katsuyuki Yugi, Hiroaki Kakuda, Hiroyuki Kubota, Shinsuke Uda, Masashi Fujii, Katsuyuki Kunida, Daisuke Hoshino, Atsushi Hatano, Yuki Ito, Miharu Sato, Yutaka Suzuki, Shinya Kuroda. Selective control of up-regulated and down-regulated genes by temporal patterns and doses of insulin. Sci Signal. 2016.11; 9 (455): ra112. ( PubMed, DOI )

Kento Tokuyama, Satoshi Ohno, Katsunori Yoshikawa, Takashi Hirasawa, Shotaro Tanaka, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu. Increased 3-hydroxypropionic acid production from glycerol, by modification of central metabolism in Escherichia coli. Microbial Cell Factories. 2014.05; 13 64. ( PubMed, DOI )

Satoshi Ohno, Hiroshi Shimizu, Chikara Furusawa. FastPros: screening of reaction knockout strategies for metabolic engineering. Bioinformatics. 2014.04; 30 (7): 981-987. ( PubMed, DOI )

Nobutaka Nakashima, Satoshi Ohno, Katsunori Yoshikawa, Hiroshi Shimizu, Tomohiro Tamura. A vector library for silencing central carbon metabolism genes with antisense RNAs in Escherichia coli. Applied and Environmental Microbiology. 2014.01; 80 (2): 564-573. ( PubMed, DOI )

Satoshi Ohno, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu. In silico screening of triple reaction knockout Escherichia coli strains for overproduction of useful metabolites. J Biosci Bioeng. 2013.02; 115 (2): 221-228. ( PubMed, DOI )

代謝フラックスの定量によるトランスオミクスネットワークの理解 2022;

大腸菌による有用物質生産に向けた 3 重反応破壊の in silico スクリーニング (2014 生物工学論文賞) 2015;

Trans-omic analysis reveals opposite metabolic dysregulation between feeding and fasting in liver associated with obesity 2024.03; 27 (3): 109121. ( DOI )

麻生 啓文, 大野 聡, 清水 秀幸. プラスミドDNAの宿主細菌を予測するツールの開発. 第46回日本分子生物学会年会 2023.11.23

大野 聡, 古澤 力, 清水 浩. 微生物育種に向けた多重遺伝子破壊のin silicoスクリーニング. 生物工学若手研究者の集い（若手会）夏のセミナー2014 2014.07.12

中新井田, 悠太, 清水 秀幸, 大野 聡, 徳毛 花菜, 尾上 弘光, 岡田 尚樹, 中倉 俊祐, 朝岡 亮, 木内 良明. 機械学習を用いた緑内障・白内障同時手術後の視力予測. 第4回日本眼科AI学会総会 2023.11.23

Satoshi Ohno, Saori Uematsu, Shinya Kuroda. OMELET: Multi-omics-based metabolic flux inference for understanding obesity-associated dysregulatory mechanisms in liver glucose metabolism.. Metabolic Engineering 15 2023.06.12

植松沙織, 大野聡, 黒田真也. Omics-based label-free metabolic flux inference reveals dysregulation of glucose metabolism in liver associated with obesity. 2021年日本バイオインフォマティクス学会・第10回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2021) 2021.09.27

大野聡, 黒田真也. 脂肪細胞におけるインスリン依存性糖代謝の速度論的トランスオミクス解析. 日本プロテオーム学会 2021年大会 2021.07.21

大野聡. 脂肪細胞におけるインスリン依存性糖代謝の速度論的トランスオミクス解析. 質量インフォマティクス研究会 2021年ワークショップ 2021.06.10

大野聡, 黒田真也. インスリン刺激下の脂肪細胞における速度論的トランスオミクス解析. 第51回化学工学会秋季大会 2020.09.26

Satoshi Ohno, Lake-Ee Quek, James R. Krycer, Katsuyuki Yugi, Akiyoshi Hirayama, Tomoyoshi Soga, David E. James, Shinya Kuroda. Metabolic flux changes over time and the regulatory mechanisms in insulin-stimulated adipocytes. The 20th International Conference on Systems Biology (ICSB 2019) 2019.11.02

大野聡, 平山明由, 曽我朋義, David James, 黒田真也. Regulation of metabolic fluxes in adipocytes with insulin. 第13回メタボロームシンポジウム 2019.10.18

大野聡, 黒田真也. インスリン刺激下の脂肪細胞の代謝フラックスおよびその調節の数理解析. 第四回生活習慣病とがんの代謝栄養メカニズム研究会 2019.03.19

Satoshi Ohno, Lake-Ee Quek, James R. Krycer, Katsuyuki Yugi, Akiyoshi Hirayama, Tomoyoshi Soga, David E. James, Shinya Kuroda. 13C-based dynamic metabolic flux analysis in insulin-stimulated adipocyte cell lines and systematic evaluation of regulation on the metabolism,. Metabolic Engineering 12 2018.06.25

大野聡. 代謝システムの理解と応用に向けた数理解析. 日本生物工学会 バイオインフォマティクス相談部会 第一回勉強会 2017.08.10

Satoshi Ohno, James Krycer, Katsuyuki Yugi, Lake E. Quek, Akiyoshi Hirayama, Tomoyoshi Soga, Shinya Kuroda, David E. James. Metabolic flux analysis in insulin-stimulated adipocytes form temporal patterns of intracellular metabolome data. Metabolic Engineering XI 2016.06.27

徳山 健斗, 大野 聡, 吉川 勝徳, 古澤 力, 清水 浩. 代謝予測に基づいた3HP高生産大腸菌の構築. 日本農芸化学会2014年度大会 2015.03.27

Kento Tokuyama, Satoshi Ohno, Katsunori Yoshikawa, Takashi Hirasawa, Shotaro Tanaka, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu. Increased 3-hydroxypropionic acid production from glycerol based on the genome-scale metabolic simulation in Escherichia coli. Metabolic Engineering X 2014.06.16

大野 聡, 古澤 力, 清水 浩. 代謝シミュレーションを用いた、微生物によるものづくりのための多重遺伝子破壊探索手法の開発. 生命情報科学若手の会 第5回研究会 2014.02.18

大野 聡. 代謝シミュレーションを用いた、微生物によるものづくりのための多重遺伝子破壊探索手法の開発. 八大学博士学生交流フォーラム第5回研究会 2013.11.08

大野 聡, 古澤 力, 清水 浩. in silicoスクリーニングにより代謝物質生産が予測された大腸菌多重遺伝子破壊株の特徴解析. 生物工学会第65回大会 2013.09.14

徳山 健斗, 田中 章太郎, 大野 聡, 吉川 勝徳, 古澤 力, 清水 浩. 大腸菌によるグリセロールからの3-ヒドロキシプロピオン酸生産. 日本農芸化学会2013年度大会 2013.03.24

大野 聡, 古澤 力, 清水 浩. FastPros: 有用物質生産性向上に向けた多重遺伝子破壊のin silico スクリーニング. 生物工学会第64回大会 2012.10.23

Satoshi Ohno, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu. FastPros: Efficient screening algorithm of gene knockouts for useful compound production using genome-scale metabolic model. KAIST-OSAKA U Symposium 2012 2012.08.10

Satoshi Ohno, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu. FastPros: Screening method of multiple gene knockout for microbial production using genome-scale metabolic model. Metabolic Engineering IX 2012.06.04

大野 聡, 古澤 力, 清水 浩. 代謝シミュレーションを用いた有用物質生産性を向上させる複数遺伝子破壊の予測アルゴリズム開発. 生物工学会第63回大会 2011.09.26

大野 聡, 古澤 力, 田中 章太郎, 平沢 敬, 清水 浩. 大腸菌のゲノムスケール代謝モデルによる有用物質生産位向けた代謝予測. 生物工学会第62回大会 2010.10.27