基本情報

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花園　祐矢(ハナゾノ　ユウヤ)

HANAZONO Yuya


職名

准教授
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出身学校 【 表示 ／ 非表示 】

  • 京都大学  理学部  2009年03月  卒業

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出身大学院 【 表示 ／ 非表示 】

  • 京都大学  理学研究科  化学専攻  修士課程  2011年03月  修了

  • 京都大学  理学研究科  化学専攻  博士課程  2014年03月  修了

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取得学位 【 表示 ／ 非表示 】

  • 博士（理学）  

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経歴(学内) 【 表示 ／ 非表示 】

  • 2021年07月
    -
    2022年04月
    東京医科歯科大学 難治疾患研究所 先端分子医学研究部門 分子構造情報学 助教
  • 2021年07月
    -
    現在
    東京医科歯科大学 大学院医歯学総合研究科 生命理工学系専攻 生命理工学講座 分子構造情報学 助教
  • 2022年05月
    -
    2024年01月
    東京医科歯科大学 難治疾患研究所 バイオデータ科学研究部門 分子構造情報学分野 助教
  • 2024年02月
    -
    現在
    東京医科歯科大学 難治疾患研究所 バイオデータ科学研究部門 分子構造情報学分野 准教授
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経歴(学外) 【 表示 ／ 非表示 】

  • 2014年04月
    -
    2015年03月
    日本学術振興会 特別研究員(PD)
  • 2015年04月
    -
    2018年03月
    京都大学 大学院理学研究科化学専攻 特定研究員
  • 2018年04月
    -
    2020年03月
    東北大学 大学院情報科学研究科 学術研究員
  • 2020年04月
    -
    2021年06月
    量子科学技術研究開発機構 量子生命科学領域 博士研究員
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研究分野 【 表示 ／ 非表示 】

  • 構造生物化学

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競争的資金等の研究課題 【 表示 ／ 非表示 】

  • 高分解能X線および中性子線回折による高電位鉄硫黄タンパク質の酸化還元反応の理解

    文部科学省/日本学術振興会 : 2020年 - 2021年

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論文・総説 【 表示 ／ 非表示 】

  1. Yuya Hanazono, Yu Hirano, Taro Tamada, Kunio Miki. Description of peptide bond planarity from high-resolution neutron crystallography Biophysics and Physicobiology. 2023.09; 20 (3): e200035.

  2. Hanazono Yuya, Hirano Yu, Takeda Kazuki, Kusaka Katsuhiro, Tamada Taro, Miki Kunio. Revisiting the concept of peptide bond planarity in an iron-sulfur protein by neutron structure analysis SCIENCE ADVANCES. 2022.05; 8 (20): eabn2276. ( PubMed, DOI )

  3. Lensink MF, Brysbaert G, Mauri T, Nadzirin N, Velankar S, Chaleil RAG, Clarence T, Bates PA, Kong R, Liu B, Yang G, Liu M, Shi H, Lu X, Chang S, Roy RS, Quadir F, Liu J, Cheng J, Antoniak A, Czaplewski C, GiełdoŃ A, Kogut M, Lipska AG, Liwo A, Lubecka EA, Maszota-Zieleniak M, Sieradzan AK, Ślusarz R, Wesołowski PA, ZiĘba K, Del Carpio Muñoz CA, Ichiishi E, Harmalkar A, Gray JJ, Bonvin AMJJ, Ambrosetti F, Honorato RV, Jandova Z, Jiménez-García B, Koukos PI, Van Keulen S, Van Noort CW, Réau M, Roel-Touris J, Kotelnikov S, Padhorny D, Porter KA, Alekseenko A, Ignatov M, Desta I, Ashizawa R, Sun Z, Ghani U, Hashemi N, Vajda S, Kozakov D, Rosell M, Rodríguez-Lumbreras LA, Fernandez-Recio J, Karczynska A, Grudinin S, Yan Y, Li H, Lin P, Huang SY, Christoffer C, Terashi G, Verburgt J, Sarkar D, Aderinwale T, Wang X, Kihara D, Nakamura T, Hanazono Y, Gowthaman R, Guest JD, Yin R, Taherzadeh G, Pierce BG, Barradas-Bautista D, Cao Z, Cavallo L, Oliva R, Sun Y, Zhu S, Shen Y, Park T, Woo H, Yang J, Kwon S, Won J, Seok C, Kiyota Y, Kobayashi S, Harada Y, Takeda-Shitaka M, Kundrotas PJ, Singh A, Vakser IA, DapkŪnas J, Olechnovič K, Venclovas Č, Duan R, Qiu L, Zhang S, Zou X, Wodak SJ. Prediction of protein assemblies, the next frontier: The CASP14-CAPRI experiment. Proteins. 2021.12; 89 (12): 1800-1823. ( PubMed, DOI )

  4. Yosuke Inoue, Yuya Hanazono, Kentaro Noi, Akihiro Kawamoto, Masato Kimatsuka, Ryuhei Harada, Kazuki Takeda, Ryoichi Kita, Natsuki Iwamasa, Kyoka Shibata, Keiichi Noguchi, Yasuteru Shigeta, Keiichi Namba, Teru Ogura, Kunio Miki, Kyosuke Shinohara, Masafumi Yohda. Split conformation of Chaetomium thermophilum Hsp104 disaggregase. Structure. 2021.07; 29 (7): 721-730. ( PubMed, DOI )

  5. Yuya Hanazono, Kazuki Takeda, Kunio Miki. Characterization of perdeuterated high-potential iron-sulfur protein with high-resolution X-ray crystallography. Proteins. 2020.02; 88 (2): 251-259. ( PubMed, DOI )

  6. Yang Tai, Kiyofumi Takaba, Yuya Hanazono, Hoang Anh Dao, Kunio Miki, Kazuki Takeda. X-ray crystallographic studies on the hydrogen isotope effects of green fluorescent protein at sub-ångström resolutions. Acta Crystallogr D Struct Biol. 2019.12; 75 (12): 1096-1106. ( PubMed, DOI )

  7. Kiyofumi Takaba, Yang Tai, Haruhiko Eki, Hoang-Anh Dao, Yuya Hanazono, Kazuya Hasegawa, Kunio Miki, Kazuki Takeda. Subatomic resolution X-ray structures of green fluorescent protein. IUCrJ. 2019.05; 6 (3): 387-400. ( PubMed, DOI )

  8. Yuya Hanazono, Kazuki Takeda, Kunio Miki. Co-translational folding of α-helical proteins: structural studies of intermediate-length variants of the λ repressor. FEBS Open Bio. 2018.08; 8 (8): 1312-1321. ( PubMed, DOI )

  9. Hiraku Ohno, Kazuki Takeda, Satomi Niwa, Tomotaka Tsujinaka, Yuya Hanazono, Yu Hirano, Kunio Miki. Crystallographic characterization of the high-potential iron-sulfur protein in the oxidized state at 0.8 Å resolution. PLoS One. 2017.05; 12 (5): e0178183. ( PubMed, DOI )

  10. Yuya Hanazono, Kazuki Takeda, Kunio Miki. Structural studies of the N-terminal fragments of the WW domain: Insights into co-translational folding of a beta-sheet protein. Sci Rep. 2016.10; 6 34654. ( PubMed, DOI )

  11. Yuya Hanazono, Kazuki Takeda, Kunio Miki. Characterization of the Nqo5 subunit of bacterial complex I in the isolated state. FEBS Open Bio. 2016.06; 6 (7): 687-695. ( PubMed, DOI )

  12. Yuya Hanazono, Kazuki Takeda, Satomi Niwa, Masahito Hibi, Naoya Takahashi, Tamotsu Kanai, Haruyuki Atomi, Kunio Miki. Crystal structures of chitin binding domains of chitinase from Thermococcus kodakarensis KOD1. FEBS Lett. 2016.01; 590 (2): 298-304. ( PubMed, DOI )

  13. Yuya Hanazono, Kazuki Takeda, Toshihiko Oka, Tetsuya Abe, Taichi Tomonari, Nobuhiko Akiyama, Yoshiki Aikawa, Masafumi Yohda, Kunio Miki. Nonequivalence observed for the 16-meric structure of a small heat shock protein, SpHsp16.0, from Schizosaccharomyces pombe. Structure. 2013.02; 21 (2): 220-228. ( PubMed, DOI )

  14. Yuya Hanazono, Kazuki Takeda, Masafumi Yohda, Kunio Miki. Structural studies on the oligomeric transition of a small heat shock protein, StHsp14.0. J Mol Biol. 2012.09; 422 (1): 100-108. ( PubMed, DOI )

  15. Kazuki Takeda, Takuro Hayashi, Tetsuya Abe, Yu Hirano, Yuya Hanazono, Masafumi Yohda, Kunio Miki. Dimer structure and conformational variability in the N-terminal region of an archaeal small heat shock protein, StHsp14.0. J Struct Biol. 2011.04; 174 (1): 92-99. ( PubMed, DOI )

  16. 花園祐矢. 高分解能中性子構造解析によるペプチド平面の再検討 生物物理. 2023.08; 63 (4): 205-206.

  17. 花園祐矢,平野優,玉田太郎,三木邦夫. 高分解能中性子構造から明らかになったタンパク質中のペプチド結合における新しい描像 日本結晶学会誌. 2022.08; 64 (3):

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講演・口頭発表等 【 表示 ／ 非表示 】

  1. Yuya Hanazono, Yu Hirano, Nobutoshi Ito, Taro Tamada, Kunio Miki. Fine structure analysis of protein: Unraveling molecular details through ultra-high-resolution X-ray and neutron crystallography. The 18th International Symposium of the Institute Network for Biomedical Sciences 2023.10.06

  2. Yuya Hanazono, Yu Hirano, Kazuki Takeda, Katsuhiro Kusaka, Taro Tamada, Kunio Miki. High-resolution structure of an electron-transfer protein by neutron crystallography. The 4th International Forum on Quantum Metrology and Sensing 2021.12.08 on-line

  3. Hafumi Nishi, Yuya Hanazono, Kengo Kinoshita. Comprehensive analysis of genetic variations on human SLC transporters. The 29th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and the 20th European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB2021) 2021.07.25 on-line

  4. 花園祐矢, 平野優, 竹田一旗, 日下勝弘, 玉田太郎, 三木邦夫. ペプチド結合の非平面性の解明：高分解能中性子結晶構造解析による新視点. 2023年度量子ビームサイエンスフェスタ 2024.03.06 水戸

  5. 花園祐矢. 超高分解能X線構造解析と高分解能中性子構造解析. バイオインタラクション研究会 第19回ワークショップ 2022.12.12 東京

  6. 花園祐矢,平野優,竹田一旗,日下勝弘,玉田太郎,三木邦夫. 高分解能中性子構造から明らかになったペプチド結合の非平面性. 令和4年度日本結晶学会年会 2022.11.26 西宮

  7. 平野優,花園祐矢,竹田一旗,日下勝弘,玉田太郎,三木邦夫. 高分解能中性子結晶構造解析によるペプチド結合平面性の再検証. 第22回日本中性子学会年会 2022.10.27 千葉

  8. 花園祐矢,平野優,竹田一旗,日下勝弘,玉田太郎,三木邦夫. 高分解能中性子構造解析によるペプチド結合の平面性の再検討. 第60回日本生物物理学会年会 2022.09.28 函館

  9. 花園祐矢，平野優，竹田一旗，日下勝弘，玉田太郎，三木邦夫. 高分解能中性子構造解析により明らかになるペプチド結合の非平面性. 第22回日本蛋白質科学会年会 2022.06.08 つくば

  10. 花園祐矢，平野優，竹田一旗，日下勝弘，玉田太郎，三木邦夫. 高分解能立体構造解析から得られたタンパク質中のペプチド結合における新しい描像. 量子生命科学会第4回大会 2022.05.26 神戸

  11. 大森 聡, 花園 祐矢, 西 羽美, 木下 賢吾. 分子動力学シミュレーションによって明らかになったSLC26A9塩化物イオントランスポーターのゲート運動機構. 第59回日本生物物理学会年会 2021.11.27 オンライン開催

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受賞学術賞 【 表示 ／ 非表示 】

  • Travel Fellowship Awards (花園祐矢)，IUPAB/NanoLSI Workshop on Computational Biophysics of Atomic Force Microscopy，2022年09月

  • 若手招待講演賞 (花園祐矢)，日本生物物理学会，2022年09月

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担当授業科目(学内) 【 表示 ／ 非表示 】

  • 分子構造学特論，2022年 - 現在

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