基本情報

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笹川 洋平(ササガワ ヨウヘイ)

SASAGAWA Youhei


職名

准教授

ホームページ

https://www.nikaidolab.org/

経歴(学内) 【 表示 / 非表示

  • 2021年04月
    -
    現在
    東京医科歯科大学 難治疾患研究所 ゲノム応用医学研究部門 ゲノム機能情報分野 准教授

経歴(学外) 【 表示 / 非表示

  • 2010年04月
    -
    2013年03月
    理化学研究所発生再生科学総合研究センター 機能ゲノミクスユニット 基礎科学特別研究員
  • 2013年04月
    -
    2018年03月
    理化学研究所情報基盤センター バイオインフォマティクス研究開発ユニット 上級センター研究員
  • 2018年04月
    -
    2019年03月
    理化学研究所生命機能科学研究センター バイオインフォマティクス研究開発ユニット 上級研究員
  • 2019年04月
    -
    2021年03月
    理化学研究所生命機能科学研究センター バイオインフォマティクス研究開発チーム 上級研究員
  • 2019年06月
    -
    現在
    株式会社ナレッジパレット 顧問

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研究分野 【 表示 / 非表示

  • 分子生物学

 

研究テーマ 【 表示 / 非表示

  • 逆転写酵素による鋳型非依存的な塩基付与の法則の理解と完全長cDNA合成の精緻化,2019年04月 - 2022年03月

競争的資金等の研究課題 【 表示 / 非表示

  • 逆転写酵素による鋳型非依存的な塩基付与の法則の理解と完全長cDNA合成の精緻化

    文部科学省/日本学術振興会

論文・総説 【 表示 / 非表示

  • Satoru Ishihara, Yohei Sasagawa, Takeru Kameda, Hayato Yamashita, Mana Umeda, Naoe Kotomura, Masayuki Abe, Yohei Shimono, Itoshi Nikaido. Local states of chromatin compaction at transcription start sites control transcription levels Nuclei Acids Research. 2021.07; gkab587 ( DOI )

  • Tomoyo Sawada, Thomas E. Chater, Yohei Sasagawa, Mika Yoshimura, Noriko Fujimori-Tonou, Kaori Tanaka, Kynon J. M. Benjamin, Apuã C. M. Paquola, Jennifer A. Erwin, Yukiko Goda, Itoshi Nikaido, Tadafumi Kato. Developmental excitation-inhibition imbalance underlying psychoses revealed by single-cell analyses of discordant twins-derived cerebral organoids Molecular Psychiatry. 2020.08; ( DOI )

  • Elisabetta Mereu, Atefeh Lafzi, Catia Moutinho, Christoph Ziegenhain, Davis J. McCarthy, Adrián Álvarez-Varela, Eduard Batlle, Sagar, Dominic Grün, Julia K. Lau, Stéphane C. Boutet, Chad Sanada, Aik Ooi, Robert C. Jones, Kelly Kaihara, Chris Brampton, Yasha Talaga, Yohei Sasagawa, Kaori Tanaka, Tetsutaro Hayashi, Caroline Braeuning, Cornelius Fischer, Sascha Sauer, Timo Trefzer, Christian Conrad, Xian Adiconis, Lan T. Nguyen, Aviv Regev, Joshua Z. Levin, Swati Parekh, Aleksandar Janjic, Lucas E. Wange, Johannes W. Bagnoli, Wolfgang Enard, Marta Gut, Rickard Sandberg, Itoshi Nikaido, Ivo Gut, Oliver Stegle, Holger Heyn. Benchmarking single-cell RNA-sequencing protocols for cell atlas projects Nature Biotechnology. 2020.06; 38 (6): 747-755. ( DOI )

  • Seiji Shiozawa, Mayutaka Nakajima, Junko Okahara, Yoko Kuortaki, Fumihiko Kisa, Sho Yoshimatsu, Mari Nakamura, Ikuko Koya, Mika Yoshimura, Yohei Sasagawa, Itoshi Nikaido, Erika Sasaki, Hideyuki Okano. Primed to naïve-like conversion of the common marmoset embryonic stem cells. Stem cells and development. 2020.03; ( PubMed, DOI )

  • Yohei SASAGAWA, Tetsutaro HAYASHI, Itoshi NIKAIDO. Strategies for Converting RNA to Amplifiable cDNA for Single-Cell RNA Sequencing Methods In: Suzuki Y. (eds) Single Molecule and Single Cell Sequencing. Advances in Experimental Medicine and Biology. 2019.04; 1129 1-17. ( DOI )

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書籍等出版物 【 表示 / 非表示

  • 二階堂 愛, 笹川 洋平, 團野 宏樹. シングルセル解析でなにがわかるか (DOJIN BIOSCIENCE SERIES). 2020.07 【Part2 シングルセルでみる生命】 4章 シングルセルトランスクリプトーム

  • 笹川 洋平, 二階堂 愛. バイオイノベーションに向けて~バイオテクノロジーの新技術からの新しい視点~. シーエムシー出版, 2019.03 第1章 分子バーコードの視点から 2 1細胞RNAシーケンス法を支えるバーコード配列技術とcDNA分子変換技術

  • 笹川洋平, 二階堂 愛. 実験医学別冊 次世代シークエンス解析スタンダード NGSのポテンシャルを活かしきるWET&DRY. 羊土社, 2014.08 Ⅳ プロトコールトランスクリプトーム・転写制御, 2 1細胞から遺伝子発現を網羅的にみる Quartz-Seq

  • 團野宏樹, 笹川洋平, 二階堂 愛. 次世代シークエンス解析スタンダード NGSのポテンシャルを活かしきるWET&DRY. 羊土社, 2014.08 Ⅲプロトコール エピゲノム, B DNAメチル化解析, 2 メチル化結合タンパク質でDNAメチル化領域を濃縮する MBD-seq法 (ISBN : 9784758101912)

  • 笹川洋平, 二階堂 愛, 上田泰己. ゲノム医学・生命科学研究 総集編 ポストゲノムの10年は何をもたらしたか. 羊土社, 2013.09 第1章 次世代ゲノムテクノロジーの登場とその未来 6.1細胞RNA-Seq法の最前線と今後の展開 (ISBN : 9784758103336)

講演・口頭発表等 【 表示 / 非表示

  • 笹川 洋平. 実験技術開発におけるデジタル化の現状と取り組み. ジャパンリンクセンター「対話・共創の場」(第7回)〜コロナ禍を背景とした研究のデジタル化ソリューションに向けて〜 2021.01.21 web mtg

  • 笹川 洋平. 実験技術開発における研究データ公開の役割について. 2020年度第1回J-STAGEセミナー「ジャーナルから見た研究データ:研究データ公開の意義」 2020.08.28

  • 笹川 洋平, 山根 万里子, 米田 宏, 中川 真一, 二階堂 愛. Whole transcriptome-based screeningによる創薬の加速. 第10回スクリーニング学研究会 2019.11.22 タワーホール船堀

  • 笹川 洋平. 1細胞RNAシーケンス法における反応原理の理解に基づくデータの評価方法の紹介. シングルセルゲノム研究会2019 2019.08.30

  • 笹川 洋平. 高出力型1細胞RNAシーケンス法Quartz-Seq2の開発と 最新の技術動向. 第60回日本生化学会中国・四国支部例会 2019.05.17

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担当授業科目(学内) 【 表示 / 非表示

  • 疾患生命科学特論 2021 -1細胞オミックス実験技術-,2021年