基本情報

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笹川　洋平(ササガワ　ヨウヘイ)

SASAGAWA Youhei


職名

准教授

ホームページ

https://www.nikaidolab.org/

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経歴(学内) 【 表示 ／ 非表示 】

  • 2021年04月
    -
    2022年04月
    東京医科歯科大学 難治疾患研究所 ゲノム応用医学研究部門 ゲノム機能情報分野 准教授
  • 2022年05月
    -
    現在
    東京医科歯科大学 難治疾患研究所 バイオデータ科学研究部門 ゲノム機能情報分野 准教授
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経歴(学外) 【 表示 ／ 非表示 】

  • 2010年04月
    -
    2013年03月
    理化学研究所発生再生科学総合研究センター 機能ゲノミクスユニット 基礎科学特別研究員
  • 2013年04月
    -
    2018年03月
    理化学研究所情報基盤センター バイオインフォマティクス研究開発ユニット 上級センター研究員
  • 2018年04月
    -
    2019年03月
    理化学研究所生命機能科学研究センター バイオインフォマティクス研究開発ユニット 上級研究員
  • 2019年04月
    -
    2021年03月
    理化学研究所生命機能科学研究センター バイオインフォマティクス研究開発チーム 上級研究員
  • 2019年06月
    -
    現在
    株式会社ナレッジパレット 顧問
  • 2021年04月
    -
    現在
    東京医科歯科大学難治疾患研究所 ゲノム機能情報分野 准教授
  • 2021年05月
    -
    現在
    特定国立研究開発法人理化学研究所 生命機能科学研究センター バイオインフォマティクス研究開発チーム 客員研究員

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研究分野 【 表示 ／ 非表示 】

  • 分子生物学

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研究テーマ 【 表示 ／ 非表示 】

  • 高精度シングルオルガノイドシーケンスの確立，2024年02月 - 2025年03月

  • 逆転写酵素による鋳型非依存的な塩基付与の法則の理解と完全長cDNA合成の精緻化，2019年04月 - 2022年03月

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競争的資金等の研究課題 【 表示 ／ 非表示 】

  • 逆転写酵素による鋳型非依存的な塩基付与の法則の理解と完全長cDNA合成の精緻化

    文部科学省/日本学術振興会

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論文・総説 【 表示 ／ 非表示 】

  1. Yasuyuki Shima, Henrik Skibbe, Yohei Sasagawa, Noriko Fujimori, Yoshimi Iwayama, Ayako Isomura-Matoba, Minoru Yano, Takumi Ichikawa, Itoshi Nikaido, Nobutaka Hattori, Tadafumi Kato. Distinctiveness and continuity in transcriptome and connectivity in the anterior-posterior axis of the paraventricular nucleus of the thalamus Cell Reports. 2023.10; 42 (10): ( DOI )

  2. Ogura Nao, Sasagawa Yohei, Ito Tasuku, Tameshige Toshiaki, Kawai Satomi, Sano Masaki, Doll Yuki, Iwase Akira, Kawamura Ayako, Suzuki Takamasa, Nikaido Itoshi, Sugimoto Keiko, Ikeuchi Momoko. WUSCHEL-RELATED HOMEOBOX 13 suppresses de novo shoot regeneration via cell fate control of pluripotent callus SCIENCE ADVANCES. 2023.07; 9 (27): eadg6983. ( PubMed, DOI )

  3. Takada Hitomi, Sasagawa Yohei, Yoshimura Mika, Tanaka Kaori, Iwayama Yoshimi, Hayashi Tetsutaro, Isomura-Matoba Ayako, Nikaido Itoshi, Kurisaki Akira. Single-cell transcriptomics uncovers EGFR signaling-mediated gastric progenitor cell differentiation in stomach homeostasis NATURE COMMUNICATIONS. 2023.06; 14 (1): 3750. ( PubMed, DOI )

  4. Lin Chia-Wen, Septyaningtrias Dian E., Chao Hsu-Wen, Konda Mikiko, Atarashi Koji, Takeshita Kozue, Tamada Kota, Nomura Jun, Sasagawa Yohei, Tanaka Kaori, Nikaido Itoshi, Honda Kenya, McHugh Thomas J., Takumi Toru. A common epigenetic mechanism across different cellular origins underlies systemic immune dysregulation in an idiopathic autism mouse model MOLECULAR PSYCHIATRY. 2022.05; 27 (8): 3343-3354. ( PubMed, DOI )

  5. Satoru Ishihara, Yohei Sasagawa, Takeru Kameda, Hayato Yamashita, Mana Umeda, Naoe Kotomura, Masayuki Abe, Yohei Shimono, Itoshi Nikaido. Local states of chromatin compaction at transcription start sites control transcription levels Nuclei Acids Research. 2021.07; gkab587 (14): 8007-8023. ( PubMed, DOI )

  6. Tomoyo Sawada, Thomas E. Chater, Yohei Sasagawa, Mika Yoshimura, Noriko Fujimori-Tonou, Kaori Tanaka, Kynon J. M. Benjamin, Apuã C. M. Paquola, Jennifer A. Erwin, Yukiko Goda, Itoshi Nikaido, Tadafumi Kato. Developmental excitation-inhibition imbalance underlying psychoses revealed by single-cell analyses of discordant twins-derived cerebral organoids Molecular Psychiatry. 2020.08; 25 (11): 2695-2711. ( PubMed, DOI )

  7. Seiji Shiozawa, Mayutaka Nakajima, Junko Okahara, Yoko Kuortaki, Fumihiko Kisa, Sho Yoshimatsu, Mari Nakamura, Ikuko Koya, Mika Yoshimura, Yohei Sasagawa, Itoshi Nikaido, Erika Sasaki, Hideyuki Okano. Primed to naïve-like conversion of the common marmoset embryonic stem cells. Stem cells and development. 2020.03; 29 (12): 761-773. ( PubMed, DOI )

  8. Yohei SASAGAWA, Tetsutaro HAYASHI, Itoshi NIKAIDO. Strategies for Converting RNA to Amplifiable cDNA for Single-Cell RNA Sequencing Methods In: Suzuki Y. (eds) Single Molecule and Single Cell Sequencing. Advances in Experimental Medicine and Biology. 2019.04; 1129 1-17. ( PubMed, DOI )

  9. Tetsutaro Hayashi, Haruka Ozaki, Yohei Sasagawa, Mana Umeda, Hiroki Danno, Itoshi Nikaido. Single-cell full-length total RNA sequencing uncovers dynamics of recursive splicing and enhancer RNAs Nature Communications. 2018.12; 9 (1): 619. ( PubMed, DOI )

  10. Hideki Kobayashi, Takahiko Nagahama, Wataru Arai, Yohei Sasagawa, Mana Umeda, Tetsutaro Hayashi, Itoshi Nikaido, Hiromi Watanabe, Kazumasa Oguri, Hiroshi Kitazato, Kantaro Fujioka, Yukari Kido, Hideto Takami. Polysaccharide hydrolase of the hadal zone amphipods Hirondellea gigas Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry. 2018.04; 82 (7): 1123-1133. ( PubMed, DOI )

  11. Yohei Sasagawa, Hiroki Danno, Hitomi Takada, Masashi Ebisawa, Kaori Tanaka, Tetsutaro Hayashi, Akira Kurisaki, Itoshi Nikaido. Quartz-Seq2: A high-throughput single-cell RNA-sequencing method that effectively uses limited sequence reads Genome Biology. 2018.03; 19 (1): 29. ( PubMed, DOI )

  12. Muhchyi Chai, Tsukasa Sanosaka, Hironobu Okuno, Zhi Zhou, Ikuko Koya, Satoe Banno, Tomoko Andoh-Noda, Yoshikuni Tabata, Rieko Shimamura, Tetsutaro Hayashi, Masashi Ebisawa, Yohei Sasagawa, Itoshi Nikaido, Hideyuki Okano, Jun Kohyama. Chromatin remodeler CHD7 regulates the stem cell identity of human neural progenitors Genes and Development. 2018.01; 32 (2): 165-180. ( PubMed, DOI )

  13. Haiyang Hu, Masahiro Uesaka, Song Guo, Kotaro Shimai, Tsai-Ming Lu, Fang Li, Satoko Fujimoto, Masato Ishikawa, Shiping Liu, Yohei Sasagawa, Guojie Zhang, Shigeru Kuratani, Jr-Kai Yu, Takehiro G. Kusakabe, Philipp Khaitovich, Naoki Irie. Constrained vertebrate evolution by pleiotropic genes NATURE ECOLOGY & EVOLUTION. 2017.11; 1 (11): 1722-1730. ( DOI )

  14. Okumura Akinori, Hayashi Tetsutaro, Ebisawa Masashi, Yoshimura Mika, Sasagawa Yohei, Nikaido Itoshi, Umesono Yoshihiko, Mochii Makoto. Cell type-specific transcriptome analysis unveils secreted signaling molecule genes expressed in apical epithelial cap during appendage regeneration DEVELOPMENT GROWTH & DIFFERENTIATION. 2019.12; 61 (9): 447-456. ( PubMed, DOI )

  15. Elisabetta Mereu, Atefeh Lafzi, Catia Moutinho, Christoph Ziegenhain, Davis J. McCarthy, Adrián Álvarez-Varela, Eduard Batlle, Sagar, Dominic Grün, Julia K. Lau, Stéphane C. Boutet, Chad Sanada, Aik Ooi, Robert C. Jones, Kelly Kaihara, Chris Brampton, Yasha Talaga, Yohei Sasagawa, Kaori Tanaka, Tetsutaro Hayashi, Caroline Braeuning, Cornelius Fischer, Sascha Sauer, Timo Trefzer, Christian Conrad, Xian Adiconis, Lan T. Nguyen, Aviv Regev, Joshua Z. Levin, Swati Parekh, Aleksandar Janjic, Lucas E. Wange, Johannes W. Bagnoli, Wolfgang Enard, Marta Gut, Rickard Sandberg, Itoshi Nikaido, Ivo Gut, Oliver Stegle, Holger Heyn. Benchmarking single-cell RNA-sequencing protocols for cell atlas projects Nature Biotechnology. 2020.06; 38 (6): 747-755. ( PubMed, DOI )

  16. Sasagawa Y, Nikaido I, Hayashi T, Danno H, Uno KD, Imai T, Ueda HR. Quartz-Seq: a highly reproducible and sensitive single-cell RNA sequencing method, reveals non-genetic gene-expression heterogeneity. Genome Biology. 2013.04; 14 (4): R31. ( PubMed, DOI )

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書籍等出版物 【 表示 ／ 非表示 】

  1. 笹川 洋平 . 【1細胞解析技術】高出力1細胞RNA-seq法の動向 . (株)ニュー・サイエンス社 , 2023.06 高出力1細胞RNA-seq法の動向

  2. 笹川 洋平, 二階堂 愛. バイオイノベーションに向けて～バイオテクノロジーの新技術からの新しい視点～. シーエムシー出版, 2019.03 第1章 分子バーコードの視点から 2 1細胞RNAシーケンス法を支えるバーコード配列技術とcDNA分子変換技術

  3. 團野宏樹, 笹川洋平, 二階堂 愛. 次世代シークエンス解析スタンダード NGSのポテンシャルを活かしきるWET&DRY. 羊土社, 2014.08 Ⅲプロトコール エピゲノム, B DNAメチル化解析, 2 メチル化結合タンパク質でDNAメチル化領域を濃縮する MBD-seq法 (ISBN : 9784758101912)

  4. 笹川洋平, 二階堂 愛, 上田泰己. ゲノム医学・生命科学研究 総集編 ポストゲノムの10年は何をもたらしたか. 羊土社, 2013.09 第1章 次世代ゲノムテクノロジーの登場とその未来 6.１細胞RNA-Seq法の最前線と今後の展開 (ISBN : 9784758103336)

  5. 二階堂 愛, 笹川 洋平, 團野 宏樹. シングルセル解析でなにがわかるか (DOJIN BIOSCIENCE SERIES). 2020.07 【Part2 シングルセルでみる生命】 4章 シングルセルトランスクリプトーム

  6. 笹川洋平, 二階堂 愛. 実験医学別冊 次世代シークエンス解析スタンダード NGSのポテンシャルを活かしきるWET&DRY. 羊土社, 2014.08 Ⅳ プロトコールトランスクリプトーム・転写制御, 2 １細胞から遺伝子発現を網羅的にみる Quartz-Seq

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講演・口頭発表等 【 表示 ／ 非表示 】

  1. Yohei SASAGAWA. Single-cell RNA sequencing methods ~Quartz-Seq and next technology~. Expanding Frontiers of Genome Science II 2015.01.21

  2. 笹川 洋平. 多拠点連携して 高出力トランスクリプトームデータを生産する. Laboratory Automation 勉強会 2022.6 2022.06.24

  3. 笹川 洋平. 1細胞RNAシーケンス法Quartz-Seq2の開発と表現型スクリーニング法への応用. ギルソン社ピペットマン生誕50周年記念 研究フォーラム 2022.06.15

  4. 笹川 洋平. 実験技術開発におけるデジタル化の現状と取り組み. ジャパンリンクセンター「対話・共創の場」（第7回）〜コロナ禍を背景とした研究のデジタル化ソリューションに向けて〜 2021.01.21 web mtg

  5. 笹川 洋平. 実験技術開発における研究データ公開の役割について. 2020年度第1回J-STAGEセミナー「ジャーナルから見た研究データ：研究データ公開の意義」 2020.08.28

  6. 笹川 洋平, 山根 万里子, 米田 宏, 中川 真一, 二階堂 愛. Whole transcriptome-based screeningによる創薬の加速. 第10回スクリーニング学研究会 2019.11.22 タワーホール船堀

  7. 笹川 洋平. 1細胞RNAシーケンス法における反応原理の理解に基づくデータの評価方法の紹介. シングルセルゲノム研究会2019 2019.08.30

  8. 笹川 洋平. 高出力型1細胞RNAシーケンス法Quartz-Seq2の開発と 最新の技術動向. 第60回日本生化学会中国・四国支部例会 2019.05.17

  9. 笹川 洋平, 田中 かおり, 二階堂 愛. 超多検体RNA-seq法の表現型スクリーニングへの応用. 第9回スクリーニング学研究会 2018.11.30

  10. 笹川 洋平, 田中 かおり, 二階堂 愛. 高出力型1細胞RNA-seq法Quartz-Seq2の開発と超多検体への応用. 第41回日本分子生物学会年会 2018.11.28

  11. 笹川 洋平, 團野 宏樹, 海老澤 昌史, 林 哲太郎, 梅田 茉奈, 二階堂 愛. Flow cytometryを用いた高出力1細胞RNA-seq 法Quartz-Seq2の開発とそれを支えるKAPA Hyper Prep. NGS現場の会 第五回研究会 2017.05.22

  12. 笹川 洋平, 團野 宏樹, 海老澤 昌史, 林 哲太郎, 梅田 茉奈, 二階堂 愛. Flow cytometryを用いた高出力1細胞RNA-seq 法Quartz-Seq2の開発とそれを支えるKAPA Hyper Prep. NGS現場の会 第五回研究会 2017.05.22

  13. 笹川 洋平. 細胞の不均一性を高精度に判別する1 細胞Quartz-Seq 法の紹介 (2). 日本学術振興会ゲノムテクノロジー第164委員会 2013.11.08

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その他業績 【 表示 ／ 非表示 】

  • 最前線で胃を守れ ～胃粘膜を保護する幹細胞分化制御のしくみを解明～，2023年06月

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担当授業科目(学内) 【 表示 ／ 非表示 】

  • 疾患生命科学特論 2024 -1細胞オミックス実験技術- ，2024年

  • 疾患生命科学特論 2023 -1細胞オミックス実験技術- ，2023年

  • 疾患生命科学特論 2022 -1細胞オミックス実験技術- ，2022年

  • 疾患生命科学特論 2021 -1細胞オミックス実験技術-，2021年

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