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二階堂 愛(ニカイドウ イトシ)

NIKAIDO Itoshi


職名

教授

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バイオインフォマティクス、ゲノム科学

出身大学院 【 表示 / 非表示

  • 横浜市立大学  生体超分子システム科学  博士課程  2004年03月  修了

取得学位 【 表示 / 非表示

  • 博士 (理学)  横浜市立大学

経歴(学内) 【 表示 / 非表示

  • 2020年04月
    -
    2022年04月
    東京医科歯科大学 難治疾患研究所 ゲノム応用医学研究部門 ゲノム機能情報分野 教授
  • 2020年04月
    -
    現在
    東京医科歯科大学 大学院医歯学総合研究科 生命理工医療科学専攻 統合分子疾患科学講座 ゲノム機能情報分野 教授
  • 2022年05月
    -
    現在
    東京医科歯科大学 難治疾患研究所 バイオデータ科学研究部門 ゲノム機能情報分野 教授

経歴(学外) 【 表示 / 非表示

  • 2004年04月
    -
    2006年05月
    埼玉医科大学ゲノム医学研究センター ゲノム科学部門 研究員
  • 2006年06月
    -
    2013年03月
    理化学研究所発生・再生科学研究センター 機能ゲノミクスユニット 研究員
  • 2013年04月
    -
    2018年03月
    理化学研究所情報基盤センター バイオインフォマティクス研究開発ユニット ユニットリーダー
  • 2017年06月
    -
    2018年03月
    理化学研究所多細胞システム形成研究センター 一細胞オミックス研究ユニット ユニットリーダー (兼務)
  • 2018年04月
    -
    2019年03月
    理化学研究所生命機能科学研究センター バイオインフォマティクス研究開発ユニット ユニットリーダー
  • 2018年06月
    -
    2020年03月
    筑波大学グローバル教育院ライフイノベーション学位プログラム 生物情報領域 教授 (協働大学院)
  • 2019年04月
    -
    現在
    理化学研究所 生命機能科学研究センター バイオインフォマティクス研究開発チーム チームリーダー
  • 2020年04月
    -
    現在
    国立大学法人 筑波大学 システム情報工学研究群 ライフイノベーション(生物情報)学位プログラム 教授 (協働大学院)
  • 2020年04月
    -
    現在
    国立大学法人 東京医科歯科大学 難治疾患研究所 ゲノム応用医学部門 ゲノム機能情報分野 教授

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所属学協会 【 表示 / 非表示

  • 日本分子生物学会

  • 日本再生医療学会

委員歴 【 表示 / 非表示

  • 2017年
    -
    現在
    国立研究開発法人 科学技術振興機構(JST) バイオサイエンスデータベースセンター基盤技術分科会委員
  • 2018年
    -
    現在
    情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 DNAデータ研究利用委員会
  • 2018年10月
    -
    現在
    国立研究開発法人 科学技術振興機構(JST) CREST・さきがけ複合研究領域 ”ゲノムスケールのDNA設計・合成による細胞制御技術の創出” 領域アドバイザー

研究分野 【 表示 / 非表示

  • システムゲノム科学

 

論文・総説 【 表示 / 非表示

  1. Mishina Tappei, Tabata Namine, Hayashi Tetsutaro, Yoshimura Mika, Umeda Mana, Mori Masashi, Ikawa Yayoi, Hamada Hiroshi, Nikaido Itoshi, Kitajima Tomoya S.. Single-oocyte transcriptome analysis reveals aging-associated effects influenced by life stage and calorie restriction AGING CELL. 2021.07; e13428. ( PubMed, DOI )

  2. Ishihara S, Sasagawa Y, Kameda T, Yamashita H, Umeda M, Kotomura N, Abe M, Shimono Y, Nikaido I. Local states of chromatin compaction at transcription start sites control transcription levels. Nucleic acids research. 2021.07; ( PubMed, DOI )

  3. Yamada A, Hirasawa T, Nishimura K, Shimura C, Kogo N, Fukuda K, Kato M, Yokomori M, Hayashi T, Umeda M, Yoshimura M, Iwakura Y, Nikaido I, Itohara S, Shinkai Y. Derepression of inflammation-related genes link to microglia activation and neural maturation defect in a mouse model of Kleefstra syndrome. iScience. 2021.07; 24 (7): 102741. ( PubMed, DOI )

  4. Morita Ritsuko, Sanzen Noriko, Sasaki Hiroko, Hayashi Tetsutaro, Umeda Mana, Yoshimura Mika, Yamamoto Takaki, Shibata Tatsuo, Abe Takaya, Kiyonari Hiroshi, Furuta Yasuhide, Nikaido Itoshi, Fujiwara Hironobu. Tracing the origin of hair follicle stem cells NATURE. 2021.06; ( DOI )

  5. 二階堂 愛. High-throughput Transcriptome Analysis for Building Cell Atlas(和訳中) 日本循環器学会学術集会抄録集. 2021.03; 85回 ME08-4. ( 医中誌 )

  6. Sawada Tomoyo, Chater Thomas E., Sasagawa Yohei, Yoshimura Mika, Fujimori-Tonou Noriko, Tanaka Kaori, Benjamin Kynon J. M., Paquola Apua C. M., Erwin Jennifer A., Goda Yukiko, Nikaido Itoshi, Kato Tadafumi. Developmental excitation-inhibition imbalance underlying psychoses revealed by single-cell analyses of discordant twins-derived cerebral organoids MOLECULAR PSYCHIATRY. 2020.08; 25 (11): 2695-2711. ( PubMed, DOI )

  7. Mereu Elisabetta, Lafzi Atefeh, Moutinho Catia, Ziegenhain Christoph, McCarthy Davis J., Alvarez-Varela Adrian, Batlle Eduard, Sagar, Gruen Dominic, Lau Julia K., Boutet Stephane C., Sanada Chad, Ooi Aik, Jones Robert C., Kaihara Kelly, Brampton Chris, Talaga Yasha, Sasagawa Yohei, Tanaka Kaori, Hayashi Tetsutaro, Braeuning Caroline, Fischer Cornelius, Sauers Sascha, Trefzer Timo, Conrad Christian, Adiconis Xian, Nguyen Lan T., Regev Aviv, Levin Joshua Z., Parekh Swati, Janjic Aleksandar, Wange Lucas E., Bagnoli Johannes W., Enard Wolfgang, Gut Marta, Sandberg Rickard, Nikaido Itoshi, Gut Ivo, Stegle Oliver, Heyn Holger. Benchmarking single-cell RNA-sequencing protocols for cell atlas projects NATURE BIOTECHNOLOGY. 2020.06; 38 (6): 747-+. ( PubMed, DOI )

  8. Michida Hiroki, Imoto Hiroaki, Shinohara Hisaaki, Yumoto Noriko, Seki Masahide, Umeda Mana, Hayashi Tetsutaro, Nikaido Itoshi, Kasukawa Takeya, Suzuki Yutaka, Okada-Hatakeyama Mariko. The Number of Transcription Factors at an Enhancer Determines Switch-like Gene Expression CELL REPORTS. 2020.06; 31 (9): 107724. ( PubMed, DOI )

  9. Shiozawa Seiji, Nakajima Mayutaka, Okahara Junko, Kuortaki Yoko, Kisa Fumihiko, Yoshimatsu Sho, Nakamura Mari, Koya Ikuko, Yoshimura Mika, Sasagawa Yohei, Nikaido Itoshi, Sasaki Erika, Okano Hideyuki. Primed to Naive-Like Conversion of the Common Marmoset Embryonic Stem Cells STEM CELLS AND DEVELOPMENT. 2020.06; 29 (12): 761-773. ( PubMed, DOI )

  10. Ochiai Hiroshi, Hayashi Tetsutaro, Umeda Mana, Yoshimura Mika, Harada Akihito, Shimizu Yukiko, Nakano Kenta, Saitoh Noriko, Liu Zhe, Yamamoto Takashi, Okamura Tadashi, Ohkawa Yasuyuki, Kimura Hiroshi, Nikaido Itoshi. Genome-wide kinetic properties of transcriptional bursting in mouse embryonic stem cells SCIENCE ADVANCES. 2020.06; 6 (25): eaaz6699. ( PubMed, DOI )

  11. Ozaki Haruka, Hayashi Tetsutaro, Umeda Mana, Nikaido Itoshi. Millefy: visualizing cell-to-cell heterogeneity in read coverage of single-cell RNA sequencing datasets BMC GENOMICS. 2020.03; 21 (1): 177. ( PubMed, DOI )

  12. Matsumoto H, Hayashi T, Ozaki H, Tsuyuzaki K, Umeda M, Iida T, Nakamura M, Okano H, Nikaido I. An NMF-based approach to discover overlooked differentially expressed gene regions from single-cell RNA-seq data. NAR genomics and bioinformatics. 2020.03; 2 (1): lqz020. ( PubMed, DOI )

  13. Tsuyuzaki Koki, Sato Hiroyuki, Sato Kenta, Nikaido Itoshi. Benchmarking principal component analysis for large-scale single-cell RNA-sequencing GENOME BIOLOGY. 2020.01; 21 (1): 9. ( PubMed, DOI )

  14. Okumura Akinori, Hayashi Tetsutaro, Ebisawa Masashi, Yoshimura Mika, Sasagawa Yohei, Nikaido Itoshi, Umesono Yoshihiko, Mochii Makoto. Cell type-specific transcriptome analysis unveils secreted signaling molecule genes expressed in apical epithelial cap during appendage regeneration DEVELOPMENT GROWTH & DIFFERENTIATION. 2019.12; 61 (9): 447-456. ( PubMed, DOI )

  15. Hirotaka Matsumoto, Tetsutaro Hayashi, Haruka Ozaki, Koki Tsuyuzaki, Mana Umeda, Tsuyoshi Iida, Masaya Nakamura, Hideyuki Okano, Itoshi Nikaido. A NMF based approach to discover overlooked differentially expressed gene regions from single-cell RNA-seq NAR Genomics and Bioinformatics. 2019.12; 2 (1): lqz020.

  16. Sato Kenta, Tsuyuzaki Koki, Shimizu Kentaro, Nikaido Itoshi. CellFishing.jl: an ultrafast and scalable cell search method for single-cell RNA sequencing GENOME BIOLOGY. 2019.02; 20 (1): 31. ( PubMed, DOI )

  17. Sasagawa Yohei, Hayashi Tetsutaro, Nikaido Itoshi. Strategies for Converting RNA to Amplifiable cDNA for Single-Cell RNA Sequencing Methods SINGLE MOLECULE AND SINGLE CELL SEQUENCING. 2019; 1129 1-17. ( PubMed, DOI )

  18. 加藤 忠史, 澤田 知世, チェイター・トーマス , 笹川 洋平, 芳村 美佳, 藤森 典子, 田中 かおり, 合田 裕紀子, 二階堂 愛. iPS細胞を用いた精神・神経疾患研究の現状:創薬への期待 統合失調感情障害双極型に関して不一致な一卵性双生児におけるiPS細胞由来神経細胞および脳オーガノイドの表現型差異(Current status of research on neuropsychiatric disorders using iPS cells: potentiol for drug development Phenotypic discordance of iPS cells-derived neurons/cerebral organoids between monozygotic twins discordant for schizoaffective bipolar disorder) 日本臨床精神神経薬理学会・日本神経精神薬理学会合同年会プログラム・抄録集. 2018.11; 28回・48回 124. ( 医中誌 )

  19. Sasagawa Yohei, Danno Hiroki, Takada Hitomi, Ebisawa Masashi, Tanaka Kaori, Hayashi Tetsutaro, Kurisaki Akira, Nikaido Itoshi. Quartz-Seq2: a high-throughput single-cell RNA-sequencing method that effectively uses limited sequence reads GENOME BIOLOGY. 2018.03; 19 (1): 29. ( PubMed, DOI )

  20. Hayashi Tetsutaro, Ozaki Haruka, Sasagawa Yohei, Umeda Mana, Danno Hiroki, Nikaido Itoshi. Single-cell full-length total RNA sequencing uncovers dynamics of recursive splicing and enhancer RNAs NATURE COMMUNICATIONS. 2018.02; 9 (1): 619. ( PubMed, DOI )

  21. Chai MuhChyi, Sanosaka Tsukasa, Okuno Hironobu, Zhou Zhi, Koya Ikuko, Banno Satoe, Andoh-Noda Tomoko, Tabata Yoshikuni, Shimamura Rieko, Hayashi Tetsutaro, Ebisawa Masashi, Sasagawa Yohei, Nikaido Itoshi, Okano Hideyuki, Kohyama Jun. Chromatin remodeler CHD7 regulates the stem cell identity of human neural progenitors GENES & DEVELOPMENT. 2018.01; 32 (2): 165-180. ( PubMed, DOI )

  22. Kobayashi Hideki, Nagahama Takahiko, Arai Wataru, Sasagawa Yohei, Umeda Mana, Hayashi Tetsutaro, Nikaido Itoshi, Watanabe Hiromi, Oguri Kazumasa, Kitazato Hiroshi, Fujioka Kantaro, Kido Yukari, Takami Hideto. Polysaccharide hydrolase of the hadal zone amphipods Hirondellea gigas BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY. 2018; 82 (7): 1123-1133. ( PubMed, DOI )

  23. Tsuyuzaki K, Nikaido I. Biological Systems as Heterogeneous Information Networks: A Mini-review and Perspectives HeteroNAM’18. WSDM2018. 2018;

  24. Tsuyuzaki K, Nikaido I. Biological Systems as Heterogeneous Information Networks: A Mini-review and Perspectives HeteroNAM’18. WSDM2018. 2018;

  25. 森田 梨津子, 三千 典子, 林 哲太郎, 梅田 茉奈, 芳村 美佳, 二階堂 愛, 阿部 高也, 清成 寛, 古田 泰秀, 藤原 裕展. 毛包幹細胞の起源と誘導メカニズムの解明 生命科学系学会合同年次大会. 2017.12; 2017年度 [4P2T16-0817)].

  26. Matsumoto Hirotaka, Kiryu Hisanori, Furusawa Chikara, Ko Minoru S. H., Ko Shigeru B. H., Gouda Norio, Hayashi Tetsutaro, Nikaido Itoshi. SCODE: an efficient regulatory network inference algorithm from single-cell RNA-Seq during differentiation BIOINFORMATICS. 2017.08; 33 (15): 2314-2321. ( PubMed, DOI )

  27. Sasagawa Yohei, Nikaido Itoshi, Hayashi Tetsutaro, Danno Hiroki, Uno Kenichiro D., Imai Takeshi, Ueda Hiroki R.. Quartz-Seq: a highly reproducible and sensitive single-cell RNA sequencing method, reveals non-genetic gene-expression heterogeneity (vol 14, R31, 2013) GENOME BIOLOGY. 2017.01; 18 (1): 9. ( PubMed, DOI )

  28. 小杉 孝嗣, 笹川 洋平, 渡辺 直子, 二階堂 愛. 転写ネットワーク変化を網羅的に同定するシークエンス技術の開発 日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集. 2015.12; 88回・38回 [3P0819].

  29. G. Morota, F. Penagaricano, J. L. Petersen, D. C. Ciobanu, K. Tsuyuzaki, I. Nikaido. An application of MeSH enrichment analysis in livestock ANIMAL GENETICS. 2015.08; 46 (4): 381-387. ( PubMed, DOI )

  30. Koki Tsuyuzaki, Gota Morota, Manabu Ishii, Takeru Nakazato, Satoru Miyazaki, Itoshi Nikaido. MeSH ORA framework: R/Bioconductor packages to support MeSH over-representation analysis BMC BIOINFORMATICS. 2015.02; 16 45. ( PubMed, DOI )

  31. Kenjiro Adachi, Itoshi Nikaido, Hiroshi Ohta, Satoshi Ohtsuka, Hiroki Ura, Mitsutaka Kadota, Teruhiko Wakayama, Hiroki R. Ueda, Hitoshi Niwa. Context-Dependent Wiring of Sox2 Regulatory Networks for Self-Renewal of Embryonic and Trophoblast Stem Cells MOLECULAR CELL. 2013.11; 52 (3): 380-392. ( PubMed, DOI )

  32. Yohei Sasagawa, Itoshi Nikaido, Tetsutaro Hayashi, Hiroki Danno, Kenichiro D. Uno, Takeshi Imai, Hiroki R Ueda. Quartz-Seq: A highly reproducible and sensitive single-cell RNA sequencing method, reveals nongenetic gene-expression heterogeneity Genome Biology. 2013.04; 14 (4): R31. ( PubMed, DOI )

  33. Nobuo Yoshimoto, Akiko Kida, Xu Jie, Masaya Kurokawa, Masumi Iijima, Tomoaki Niimi, Andres D. Maturana, Itoshi Nikaido, Hiroki R. Ueda, Kenji Tatematsu, Katsuyuki Tanizawa, Akihiko Kondo, Ikuo Fujii, Shun'ichi Kuroda. An automated system for high-throughput single cell-based breeding SCIENTIFIC REPORTS. 2013.02; 3 1191. ( PubMed, DOI )

  34. Yuko Okamura-Oho, Kazuro Shimokawa, Satoko Takemoto, Asami Hirakiyama, Sakiko Nakamura, Yuki Tsujimura, Masaomi Nishimura, Takeya Kasukawa, Koh-hei Masumoto, Itoshi Nikaido, Yasufumi Shigeyoshi, Hiroki R. Ueda, Gang Song, James Gee, Ryutaro Himeno, Hideo Yokota. Transcriptome Tomography for Brain Analysis in the Web-Accessible Anatomical Space PLOS ONE. 2012.09; 7 (9): e45373. ( PubMed, DOI )

  35. Takeya Kasukawa, Koh-hei Masumoto, Itoshi Nikaido, Mamoru Nagano, Kenichiro D. Uno, Kaori Tsujino, Carina Hanashima, Yasufumi Shigeyoshi, Hiroki R. Ueda. Quantitative Expression Profile of Distinct Functional Regions in the Adult Mouse Brain PLOS ONE. 2011.08; 6 (8): e23228. ( PubMed, DOI )

  36. Yoshimi Tokuzawa, Ken Yagi, Yzumi Yamashita, Yutaka Nakachi, Itoshi Nikaido, Hidemasa Bono, Yuichi Ninomiya, Yukiko Kanesaki-Yatsuka, Masumi Akita, Hiromi Motegi, Shigeharu Wakana, Tetsuo Noda, Fred Sablitzky, Shigeki Arai, Riki Kurokawa, Toru Fukuda, Takenobu Katagiri, Christian Schoenbach, Tatsuo Suda, Yosuke Mizuno, Yasushi Okazaki. Id4, a New Candidate Gene for Senile Osteoporosis, Acts as a Molecular Switch Promoting Osteoblast Differentiation PLOS GENETICS. 2010.07; 6 (7): e1001019. ( PubMed, DOI )

  37. Keiichiro Suzuki, Fumi Ohbayashi, Itoshi Nikaido, Akihiko Okuda, Haruyoshi Takaki, Yasushi Okazaki, Kohnosuke Mitani. Integration of exogenous DNA into mouse embryonic stem cell chromosomes shows preference into genes and frequent modification at junctions CHROMOSOME RESEARCH. 2010.02; 18 (2): 191-201. ( PubMed, DOI )

  38. Yutaka Nakachi, Ken Yagi, Itoshi Nikaido, Hidemasa Bono, Mio Tonouchi, Christian Schonbach, Yasushi Okazaki. Identification of novel PPAR gamma target genes by integrated analysis of ChIP-on-chip and microarray expression data during adipocyte differentiation BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS. 2008.07; 372 (2): 362-366. ( DOI )

  39. Nikaido, I, C Saito, A Wakamoto, Y Tomaru, T Arakawa, Y Hayashizaki, Y Okazaki. EICO (Expression-based Imprint Candidate Organizer): finding disease-related imprinted genes NUCLEIC ACIDS RESEARCH. 2004.01; 32 D548-D551. ( PubMed, DOI )

  40. H Bono, K Yagi, T Kasukawa, Nikaido, I, N Tominaga, R Miki, Y Mizuno, Y Tomaru, H Goto, H Nitanda, D Shimizu, H Makino, T Morita, J Fujiyama, T Sakai, T Shimoji, DA Hume, Y Hayashizaki, Y Okazaki. Systematic expression profiling of the mouse transcriptome using RIKEN cDNA microarrays GENOME RESEARCH. 2003.06; 13 (6B): 1318-1323. ( PubMed, DOI )

  41. L Nikaido, C Saito, Y Mizuno, M Meguro, H Bono, M Kadomura, T Kono, GA Morris, PA Lyons, M Oshimura, Y Hayashizaki, Y Okazaki. Discovery of imprinted transcripts in the mouse transcriptome using large-scale expression profiling GENOME RESEARCH. 2003.06; 13 (6B): 1402-1409. ( PubMed, DOI )

  42. Hidemasa Bono, Itoshi Nikaido, Takeya Kasukawa, Takahiro Arakawa, Piero Carninci, Jun Kawai, Yoshihide Hayashizaki, Yasushi Okazaki. Comprehensive analysis of the mouse metabolone based on the transcriptome Genome Research. 2003.06; 13 (6 B): 1345-1349. ( PubMed, DOI )

  43. Y Okazaki, M Furuno, T Kasukawa, J Adachi, H Bono, S Kondo, Nikaido, I, N Osato, R Saito, H Suzuki, Yamanaka, I, H Kiyosawa, K Yagi, Y Tomaru, Y Hasegawa, A Nogami, C Schonbach, T Gojobori, R Baldarelli, DP Hill, C Bult, DA Hume, J Quackenbush, LM Schriml, A Kanapin, H Matsuda, S Batalov, KW Beisel, JA Blake, D Bradt, Brusic, V, C Chothia, LE Corbani, S Cousins, E Dalla, TA Dragani, CF Fletcher, A Forrest, KS Frazer, T Gaasterland, M Gariboldi, C Gissi, A Godzik, J Gough, S Grimmond, S Gustincich, N Hirokawa, IJ Jackson, ED Jarvis, A Kanai, H Kawaji, Y Kawasawa, RM Kedzierski, BL King, A Konagaya, Kurochkin, IV, Y Lee, B Lenhard, PA Lyons, DR Maglott, L Maltais, L Marchionni, L McKenzie, H Miki, T Nagashima, K Numata, T Okido, WJ Pavan, G Pertea, G Pesole, N Petrovsky, R Pillai, JU Pontius, D Qi, S Ramachandran, T Ravasi, JC Reed, DJ Reed, J Reid, BZ Ring, M Ringwald, A Sandelin, C Schneider, CAM Semple, M Setou, K Shimada, R Sultana, Y Takenaka, MS Taylor, RD Teasdale, M Tomita, R Verardo, L Wagner, C Wahlestedt, Y Wang, Y Watanabe, C Wells, LG Wilming, A Wynshaw-Boris, M Yanagisawa, Yang, I, L Yang, Z Yuan, M Zavolan, Y Zhu, A Zimmer, P Carninci, N Hayatsu, T Hirozane-Kishikawa, H Konno, M Nakamura, N Sakazume, K Sato, T Shiraki, K Waki, J Kawai, K Aizawa, T Arakawa, S Fukuda, A Hara, W Hashizume, K Imotani, Y Ishii, M Itoh, Kagawa, I, A Miyazaki, K Sakai, D Sasaki, K Shibata, A Shinagawa, A Yasunishi, M Yoshino, R Waterston, ES Lander, J Rogers, E Birney, Y Hayashizaki. Analysis of the mouse transcriptome based on functional annotation of 60,770 full-length cDNAs NATURE. 2002.12; 420 (6915): 563-573. ( PubMed, DOI )

  44. Y Mizuno, Y Sotomaru, Y Katsuzawa, T Kono, M Meguro, M Oshimura, J Kawai, Y Tomaru, H Kiyosawa, Nikaido, I, H Amanuma, Y Hayashizaki, Y Okazaki. Asb4, Ata3, and Dcn are novel imprinted genes identified by high-throughput screening using RIKEN cDNA microarray BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS. 2002.02; 290 (5): 1499-1505. ( PubMed, DOI )

  45. J Kawai, A Shinagawa, K Shibata, M Yoshino, M Itoh, Y Ishii, T Arakawa, A Hara, Y Fukunishi, H Konno, J Adachi, S Fukuda, K Aizawa, M Izawa, K Nishi, H Kiyosawa, S Kondo, Yamanaka, I, T Saito, Y Okazaki, T Gojobori, H Bono, T Kasukawa, R Saito, K Kadota, H Matsuda, M Ashburner, S Batalov, T Casavant, W Fleischmann, T Gaasterland, C Gissi, B King, H Kochiwa, P Kuehl, S Lewis, Y Matsuo, Nikaido, I, G Pesole, J Quackenbush, LM Schriml, F Staubli, R Suzuki, M Tomita, L Wagner, T Washio, K Sakai, T Okido, M Furuno, H Aono, R Baldarelli, G Barsh, J Blake, D Boffelli, N Bojunga, P Carninci, MF de Bonaldo, MJ Brownstein, C Bult, C Fletcher, M Fujita, M Gariboldi, S Gustincich, D Hill, M Hofmann, DA Hume, M Kamiya, NH Lee, P Lyons, L Marchionni, J Mashima, J Mazzarelli, P Mombaerts, P Nordone, B Ring, M Ringwald, Rodriguez, I, N Sakamoto, H Sasaki, K Sato, C Schonbach, T Seya, Y Shibata, KF Storch, H Suzuki, K Toyo-oka, KH Wang, C Weitz, C Whittaker, L Wilming, A Wynshaw-Boris, K Yoshida, Y Hasegawa, H Kawaji, S Kohtsuki, Y Hayashizaki. Functional annotation of a full-length mouse cDNA collection NATURE. 2001.02; 409 (6821): 685-690. ( PubMed, DOI )

  46. Nikaido, I, E Asamizu, M Nakajima, Y Nakamura, N Saga, S Tabata. Generation of 10,154 expressed sequence tags from a leafy gametophyte of a marine red alga, Porphyra yezoensis DNA RESEARCH. 2000.06; 7 (3): 223-227. ( PubMed, DOI )

  47. 二階堂 愛. 単一細胞RNAシーケンス解析 臨床免疫・アレルギー科. 2021.10; 76 (4): 426-431. ( 医中誌 )

  48. 二階堂 愛. 【1細胞解析-技術と応用】技術 1細胞トランスクリプトームデータの解析技術 医学のあゆみ. 2021.03; 276 (10): 961-966. ( 医中誌 )

  49. 二階堂愛. 1細胞トランスクリプトームデータの解析技術 医学のあゆみ. 2021.03;

  50. 二階堂 愛. ヒト細胞アトラス構築のための1細胞トランスクリプトーム技術 日本臨床免疫学会総会プログラム・抄録集. 2020.10; 48回 82. ( 医中誌 )

  51. 二階堂 愛. Quartz-Seq2 ヒト細胞アトラス時代の高精度1細胞RNAシーケンス法 再生医療. 2020.05; 19 (2): 138-141. ( 医中誌 )

  52. 笹川 洋平, 田中 かおり, 林 哲太郎, 二階堂 愛. 1細胞RNA解析で世界最高成績 -国際的な性能比較研究で証明- 2020.04;

  53. 二階堂 愛. 【シングルセルゲノミクス 組織の機能、病態が1細胞レベルで見えてきた!】(第3章)技術開発 シングルセルゲノム情報解析の基盤技術 実験医学. 2019.12; 37 (20): 3498-3501. ( 医中誌 )

  54. 二階堂 愛. 【シングルセルゲノミクス 組織の機能、病態が1細胞レベルで見えてきた!】(第3章)技術開発 進歩を続ける1細胞トランスクリプトーム計測法 実験医学. 2019.12; 37 (20): 3491-3496. ( 医中誌 )

  55. 林 哲太郎, 二階堂 愛. 生化学・分子生物学 1細胞RNAシーケンス法における遺伝子全長被覆度と網羅度の役割 医学のあゆみ. 2019.07; 270 (3): 258-260. ( 医中誌 )

  56. 林哲太郎, 二階堂愛. 1細胞RNAシーケンス法における遺伝子全長被覆度と網羅度の役割 医学のあゆみ. 2019; 270 (3): 258-260.

  57. 二階堂愛, 二階堂愛. シングルセルゲノム情報解析の基盤技術 実験医学. 2019; 37 (20): 3498-3501.

  58. 二階堂愛, 二階堂愛. 進歩を続ける1細胞トランスクリプトーム計測法 実験医学. 2019; 37 (20): 3491-3496.

  59. 二階堂 愛. 新しいゲノム科学と生化学 1細胞トランスクリプトームのための生化学 日本生化学会大会プログラム・講演要旨集. 2018.09; 91回 [2S01a-01]. ( 医中誌 )

  60. 二階堂 愛, 林 哲太郎, 尾崎 遼, 梅田 茉奈. JAPANESE AUTHOR シングルセル解析の新たな計測技術を開発 Natureダイジェスト. 2018.05; 15 (5): 22-25.

  61. 笹川 洋平, 團野 宏樹, 二階堂 愛. (プレスリリース) 数千個の1細胞からRNA量と種類を正確に計測 -細胞機能を網羅的・高精度・低コストに同定可能に- 2018.03;

  62. 二階堂 愛. 1細胞トランスクリプトーム技術の最先端 Medical Science Digest. 2018.01; 44 (1): 5-6. ( 医中誌 )

  63. 落合博, 落合博, 梅田茉奈, 林哲太郎, 芳村美佳, 原田哲仁, 大川恭行, 山本卓, 二階堂愛. マウス胚性幹細胞における遺伝子発現量多様性の制御機構の包括的解析 日本生化学会大会(Web). 2018; 91st [3S08m-03].

  64. 飯田 剛, 神山 淳, 名越 慈人, 辻 収彦, 二階堂 愛, 佐野坂 司, 西村 空也, 小林 喜臣, 松本 守雄, 岡野 栄之, 中村 雅也. 脊髄損傷に対する細胞移植治療 安全かつ有効なヒトiPS細胞由来神経幹細胞の条件 日本整形外科学会雑誌. 2017.08; 91 (8): S1587. ( 医中誌 )

  65. 梅田 茉奈, 林 哲太郎, 笹川 洋平, 二階堂 愛. 効果的なstranded RNA-Seq用ライブラリー調製キット 選定評価試験 ~ Embryonic stem cel(l ES cell)およびPrimitive endoderm cel(l PrE cell) を用いたrRNA depletion RNA-Seq ~ Application Note NIPPON Genetics. 2017.07;

  66. 松本 拡高, 二階堂 愛. 【日常化するシングルセル遺伝子発現解析】網羅的な1細胞発現から知識を取り出すデータ解析技術の新展開 細胞. 2017.05; 49 (6): 273-276. ( 医中誌 )

  67. 二階堂 愛. 微量サンプルを用いたオミックス解析 RamDA-seq あらゆるRNAの完全長を捉える1細胞total RNAシーケンス法 日本細胞生物学会大会講演要旨集. 2017.05; 69回 24. ( 医中誌 )

  68. 團野 宏樹, 二階堂 愛. 実験講座 1細胞トランスクリプトーム解析の高出力化と自動化 生体の科学. 2017.04; 68 (2): 178-184. ( 医中誌 )

  69. 飯田剛, 神山淳, 名越慈人, 辻収彦, 二階堂愛, 佐野坂司, 西村空也, 小林喜臣, 松本守雄, 岡野栄之, 中村雅也. 脊髄損傷に対する細胞移植治療-安全かつ有効なヒトiPS細胞由来神経幹細胞の条件- 日本整形外科学会雑誌. 2017; 91 (8): S1587.

  70. 林哲太郎, 尾崎遼, 笹川洋平, 團野宏樹, 梅田茉奈, 二階堂愛. 1細胞トータルRNAシーケンス法は,発生生物学の「ゆらぎ」解析にパラダイムシフトをもたらすのか? 日本生化学会大会(Web). 2017; 90th [3PW15-1].

  71. 團野宏樹, 笹川洋平, 二階堂愛. 高出力1細胞トランスクリプトーム解析の展開と多細胞生物学 日本生化学会大会(Web). 2017; 90th [3AW05-7].

  72. 二階堂愛. RamDA-seq:あらゆるRNAの全長を1細胞レベルで検出するRNAシーケンス法 日本生化学会大会(Web). 2017; 90th [2AS14-2].

  73. 二階堂愛. RamDA-seq:あらゆるRNAの完全長を捉える1細胞total RNAシーケンス法 日本細胞生物学会大会(Web). 2017; 69th 24.

  74. 二階堂愛. 超高精度1細胞RNA-seqを実現する生化学 日本生化学会大会(Web). 2016; 89th [2S03-4].

  75. 林 哲太郎, 二階堂 愛. 「フローサイトメーターを用いた1細胞遺伝子発現解析の実際 実験医学別冊「新版 フローサイトメトリー もっと幅広く使いこなせる!」. 2016; 275-283.

  76. 林 哲太郎, 二階堂 愛. 1細胞採取法としてのフローサイトメトリーと関連技術-1細 胞遺伝子発現解析の観点から 実験医学別冊「新版 フローサイトメトリー もっと幅広く使いこなせる!」. 2016; 267-274.

  77. 二階堂愛. ncRNA研究をはじめよう 3. 1細胞からのlncRNAの網羅的計測 実験医学. 2015; 33 (20): 3385-3389.

  78. 露崎弘毅, 師田郷太, 師田郷太, 石井学, 仲里猛留, 宮崎智, 二階堂愛. 文献注釈情報MeSHを利用した網羅的な遺伝子の機能アノテーションパッケージ 日本生化学会大会(Web). 2015; 88th [3W24-3].

  79. 二階堂愛. Quartz-Seq RamDAによる非ポリA mRNAの1細胞発現解析 日本生化学会大会(Web). 2015; 88th [2W16-5].

  80. 二階堂愛. 1細胞からすべてのRNAを計測するシーケンス技術の現在と展望 日本生化学会大会(Web). 2014; 87th [1S05p-5].

  81. 二階堂 愛. NGS現場の会 第三回研究会開催にあたって 次世代シークエンサーのその先に : シークエンス技術の現在と未来を考える 細胞工学. 2013; 32 (8): 893-897.

  82. 近藤 滋, 二階堂愛, 愛, ート作成. 話題提供「生物学における理論の有用性」 (進化とネットワーク) (離散力学系の分子細胞生物学への応用数理) 数理解析研究所講究録. 2010.07; 1698 152-161.

  83. 佐野 雅己, 藤本 仰一, 小林 徹也, 二階堂 愛, ート作成者. パネルディスカッション (差異・パターン形成と拡散方程式の現在)(生物学的時間とスケール変換) (離散力学系の分子細胞生物学への応用数理) 数理解析研究所講究録. 2010.07; 1698 51-54.

  84. 二階堂愛, 愛, ノート作成. パネルディスカッション : まとめ (離散力学系の分子細胞生物学への応用数理) 数理解析研究所講究録. 2010.07; 1698 232-236.

  85. 泰地 真弘人, 二階堂 愛, ノ. パネルディスカッション (タンパク質構造と進化と情報幾何) (離散力学系の分子細胞生物学への応用数理) 数理解析研究所講究録. 2010.07; 1698 229-231.

  86. 二階堂愛. 遺伝子発現とChIP-seqデータの統合による転写制御ネットワークの同定 生化学. 2010; 83回・33回 1W20-4.

  87. 二階堂愛, 二階堂愛. 超多検体オミクスによる細胞特性の計測 日本再生医療学会総会(Web). 2021; 20th

  88. 森田梨津子, 三千典子, 佐々木弘子, 林哲太郎, 梅田茉奈, 芳村美佳, 山本尚貴, 柴田達夫, 阿部高也, 清成寛, 古田泰秀, 古田泰秀, 二階堂愛, 二階堂愛, 藤原裕展. 毛包幹細胞の発生起源と誘導過程 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2020; 43rd

  89. 二階堂愛. ヒト細胞アトラス時代の高出力1細胞RNA-seq解析技術 日本再生医療学会総会(Web). 2020; 19th

  90. 亀田健, 亀田健, 鈴木美穂, 二階堂愛, 粟津暁紀, 冨樫祐一, 冨樫祐一. DNAの化学修飾と遺伝子発現制御 システム制御情報学会研究発表講演会講演論文集(CD-ROM). 2020; 64th

  91. 大川真澄, 大川真澄, 佐藤天平, 林哲太郎, 二階堂愛, 二階堂愛, 二階堂愛. マウス小腸における老化が細胞構成比および遺伝子に与える影響とその領域特異性 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2020; 43rd

  92. 高田仁実, 笹川洋平, 芳村美佳, 田中かおり, 二階堂愛, 栗崎晃. 胃の恒常性維持を司る幹細胞分化制御機構の解析 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2020; 43rd

  93. 石原悟, 笹川洋平, 亀田健, 亀田健, 山下隼人, 琴村直恵, 阿部真之, 下野洋平, 二階堂愛. 転写開始点でのクロマチンの部分凝集は遺伝子の転写量と負の相関を示す 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2019; 42nd

  94. 小林英城, 長濱統彦, 荒井渉, 笹川洋平, 梅田茉奈, 林哲太郎, 二階堂愛, 渡部裕美, 小栗一将, 北里洋, 藤岡勘太郎, 木戸ゆかり, 高見英人. 超深海性ヨコエビ,カイコウオオソコエビの糖質分解酵素遺伝子の解析 日本生物工学会大会講演要旨集. 2018; 70th

  95. 林哲太郎, 梅田茉奈, 尾崎遼, 笹川洋平, 二階堂愛. RamDA-seqがもたらす1細胞RNAシーケンス法の新たな展望 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2018; 41st

  96. 笹川洋平, 田中かおり, 二階堂愛. 高出力型1細胞RNA-seq法Quartz-Seq2の開発と超多検体への応用 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2018; 41st

  97. 石原悟, 笹川洋平, 琴村直恵, 山下隼人, 山下隼人, 鏡裕行, 阿部真之, 二階堂愛. ヌクレオソーム間での会合の違いでクロマチンを分画する 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2018; 41st

  98. 二階堂愛. 細胞集団の不均質性を1細胞・全遺伝子解像度で高速で高精度に測定するオミクス技術 日本再生医療学会総会(Web). 2018; 17th

  99. 二階堂愛. 1細胞トランスクリプトームのための生化学 日本生化学会大会(Web). 2018; 91st

  100. 小林英城, 荒井渉, 高見秀人, 笹川洋平, 梅田茉奈, 林哲太郎, 二階堂愛. 超深海性ヨコエビが保有する多糖分解酵素の遺伝子解析 ブルーアース要旨集. 2017; 2017

  101. 二階堂愛. RamDA-seq:1細胞完全長Total RNAシーケンス法 日本人類遺伝学会大会プログラム・抄録集. 2017; 62nd

  102. 二階堂愛. RamDA-seq:Pre-mRNA/ncRNAの全長を1細胞レベルで検出するRNAシーケンス法 日本核酸医薬学会年会講演要旨集. 2017; 3rd

  103. 二階堂愛. 亜集団特異的発現マーカーを1細胞・全遺伝子解像度で探索するためのRNAシーケンス技術 再生医療. 2016; 15

  104. 六峰弘晃, 六峰弘晃, 二階堂愛, 内匠透, 三澤日出巳. アンジェルマン症候群モデルマウスの大脳皮質におけるRNA-seq解析 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2016; 39th

  105. 笹川洋平, 海老澤昌史, 團野宏樹, 林哲太郎, 二階堂愛. セルソーターを用いたハイスループット1細胞RNA-seq法Quartz-Seq2の開発 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2016; 39th

  106. 林哲太郎, 笹川洋平, 尾崎遼, 團野宏樹, 梅田茉奈, 二階堂愛. RamDA-seq:完全長を捉える新規1細胞トータルRNAシーケンス法 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2016; 39th

  107. 二階堂愛. 生命科学研究を加速するためのAIを計測と計算の融合から考える 第15回産総研・産技連LS-BT合同研究発表会要旨集,2016. 2016;

  108. 林誠, 林誠, 岩崎佳子, 海老澤昌史, 芳村美佳, 林哲太郎, 笹川洋平, 二階堂愛, 吉崎悟朗. 1細胞RNAseqを用いた魚類精原幹細胞マーカーの探索 日本水産学会大会講演要旨集. 2016; 2016

  109. 二階堂愛, 笹川洋平. 1細胞RNA-Seqを用いた幹細胞の細胞状態ゆらぎの理解に向けて 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2013; 36th

  110. 水野洋介, 二階堂愛, 岡崎康司. マイクロアレイを用いた生活習慣病関連遺伝子の解明-発現マッピングとeQTLマッピングの可能性- 遺伝子医学MOOK DNAチップ/マイクロアレイ臨床応用の実際 (メディカル ドゥ). 2008.06; (10): 228-233.

  111. 山下泉, 八木研, 水野洋介, 徳澤佳美, 二階堂愛, 仲地豊, 八塚由紀子, 二宮裕一, 坊農秀雅, 須田立雄, 岡崎康司. Id4は骨芽細胞分化と脂肪細胞分化のクロストークを制御する因子である 生化学. 2008;

  112. 二階堂愛, 美野輪治, 八木研, 桜庭喜行, 坊農秀雅, 権藤洋一, 野田哲生, 城石俊彦, 林崎良英, 岡崎康司. 肝臓トランスクリプトームと血清脂質マーカーの情報を統合した連鎖解析による疾患遺伝子の発見 日本分子生物学会年会講演要旨集. 2005; 28th

  113. 仲地豊, 二階堂愛, 八木研, 登内未緒, 坊農秀雅, 岡崎康司. ChIP on chipによるゲノムスケールでの転写因子結合領域探索の試み 日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集. 2004; 27th

  114. 二階堂愛, 八木研, 坊農秀雅, 岡崎康司. ジェネティクスとトランスクリプトームの統合による脂質代謝の遺伝子ネットワークの解明 日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集. 2004; 27th

  115. 八木研, 近藤大輔, 二階堂愛, 加野浩一郎, 岡崎康司. 成熟脂肪細胞由来の前駆脂肪細胞株DFAT-D1の樹立 日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集. 2004; 27th

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書籍等出版物 【 表示 / 非表示

  1. 竹山, 春子, 細川, 正人. シングルセル解析でなにがわかるか. 化学同人, 2020.07 シングルセルトランスクリプトーム (ISBN : 9784759817348)

  2. 小林, 徹也. 定量生物学 : 生命現象を定量的に理解するために. 化学同人, 2018.08 Part 4: 定量生物学と技術. 14章DNAシーケンスと定量生物学 (ISBN : 9784759817300)

  3. 中内 啓光, 清田 純. 新版 フローサイトメトリー もっと幅広く使いこなせる! 〜マルチカラー解析も、ソーティングも、もう悩まない! (実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ). 羊土社, 2016.09 (ISBN : 4758101965)

  4. 塩見 美喜子, 中川 真一, 浅原 弘嗣. 実験医学増刊 Vol.33 No.20 ノンコーディングRNAテキストブック〜最新の医学・創薬研究、方法論とマイルストーン論文200報. 羊土社, 2015.12 (ISBN : 4758103518)

  5. 清水厚志, 坊農秀雅. 次世代シークエンサーDRY解析教本 (細胞工学別冊). 学研メディカル秀潤社, 2015.10 (ISBN : 4780909201)

  6. 二階堂 愛. 次世代シークエンス解析スタンダード〜NGSのポテンシャルを活かしきるWET&DRY. 羊土社, 2014.08 (ISBN : 4758101914)

  7. 荒引 健, 石田 基広, 高橋 康介, 林 真広, 二階堂 愛. R言語上級ハンドブック. シーアンドアール研究所, 2013.09 (ISBN : 486354135X)

  8. オープンバイオ研究会. オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス. 東京電機大学出版局, 2008.03 (ISBN : 4501622601)

  9. R. ジェントルマン, V.J. カリー, W. フーバー, R.A. イリザリー, S. ドュドイト, 荒川和晴, 粕川雄也, 川路英哉, 河野 信, 神田将和, 鈴木治夫, 田中伸也, 中尾光輝, 長嶋剛史, 二階堂 愛, 宮本真理. RとBioconductorを用いたバイオインフォマティクス. シュプリンガー・ジャパン株式会社, 2007.07 (ISBN : 4431734643)

  10. マウント デービッド W, 岡崎 康司, 坊農 秀雅. バイオインフォマティクス ゲノム配列から機能解析へ 第2版. メディカル・サイエンス・インターナショナル, 2005.12 (ISBN : 4895924262)

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講演・口頭発表等 【 表示 / 非表示

  1. Itoshi NIKAIDO. High-throughput transcriptome methods for building human cell atlas. The 5th Symposium of the inter-university Research Network for the trans-omics Medicine - The future of transc-omics in the age of COVID-19. Web 2021.01.22

  2. Itoshi NIKAIDO. RamDA-seq: A Full-length Total RNA-sequencing at a Single-cell. EMBO Single-cell Biology Workshop 2019.03.20

  3. Itoshi NIKAIDO. RamDA-seq: A Full-length Total RNA-sequencing at a Single-cell. EMBO Single-cell Biology Workshop 2019.03.20

  4. Itoshi NIKAIDO. Single-cell full-length RNA sequencing uncovers dynamics of recursive splicing and enhancer RNA. 41th Annual Meeting of the molecular biology society of Japan 2018.11.28

  5. Itoshi NIKAIDO. Single-cell full-length RNA sequencing uncovers dynamics of recursive splicing and enhancer RNA. 41th Annual Meeting of the molecular biology society of Japan 2018.11.28

  6. Itoshi NIKAIDO. RamDA-seq: A Single-cell Full-length Total RNA Sequencing Uncovers Dynamics of Various Functional RNAs. Single Cell Science Symposium 2018 2018.10.09

  7. Itoshi NIKAIDO. RamDA-seq: A Single-cell Full-length Total RNA Sequencing Uncovers Dynamics of Various Functional RNAs. Single Cell Science Symposium 2018 2018.10.09

  8. 森田 梨津子, 三千 典子, 林 哲太郎, 梅田 茉奈, 芳村 美佳, 二階堂 愛, 阿部 高也, 清成 寛, 古田 泰秀, 藤原 裕展. 毛包幹細胞の起源と誘導メカニズムの解明. 生命科学系学会合同年次大会 2017.12.01

  9. 森田 梨津子, 三千 典子, 林 哲太郎, 梅田 茉奈, 芳村 美佳, 二階堂 愛, 阿部 高也, 清成 寛, 古田 泰秀, 藤原 裕展. 毛包幹細胞の起源と誘導メカニズムの解明. 生命科学系学会合同年次大会 2017.12

  10. 森田 梨津子, 三千 典子, 林 哲太郎, 梅田 茉奈, 芳村 美佳, 二階堂 愛, 阿部 高也, 清成 寛, 古田 泰秀, 藤原 裕展. 毛包幹細胞の起源と誘導メカニズムの解明. 生命科学系学会合同年次大会 2017.12

  11. Itoshi NIKAIDO. A highly quantitative single-cell transcriptome method for realization of effective regenerative medicine. 2nd Kumamoto IRCMS Symposium 2017.10.31

  12. Itoshi NIKAIDO. A highly quantitative single-cell transcriptome method for realization of effective regenerative medicine. 2nd Kumamoto IRCMS Symposium 2017.10.31

  13. Itoshi NIKAIDO. Disassembling regionalization of neuroectoderm by single-cell RNA-sequencing analysis. The 12th International Workshop on Advanced Genomics 2017.06.27

  14. Itoshi NIKAIDO. Disassembling regionalization of neuroectoderm by single-cell RNA-sequencing analysis. The 12th International Workshop on Advanced Genomics 2017.06.27

  15. Haruka Ozaki, Tetsutaro Hayashi, Itoshi Nikaido. Single-cell enhancer RNA analysis in mouse embryonic stem cells using RamDA-seq. ISMB/ECCB 2017 2017.06.21

  16. Haruka Ozaki, Tetsutaro Hayashi, Itoshi Nikaido. Single-cell enhancer RNA analysis in mouse embryonic stem cells using RamDA-seq. ISMB/ECCB 2017 2017.06.21

  17. Haruka Ozaki, Tetsutaro Hayashi, Yohei Sasagawa, Hiroki Danno, Mana Umeda, Itoshi Nikaido. Single-cell enhancer RNA analysis in mouse embryonic stem cells. NIG International Symposium 2017.05.27

  18. Haruka Ozaki, Tetsutaro Hayashi, Yohei Sasagawa, Hiroki Danno, Mana Umeda, Itoshi Nikaido. Single-cell enhancer RNA analysis in mouse embryonic stem cells. NIG International Symposium 2017.05.27

  19. Haruka Ozaki, Itoshi Nikaido. ATAC2NET: A pipeline for reconstructing gene regulatory network based on ATAC-Seq data. 15th European Conference on Computational Biology (ECCB 2016) 2016.09.03

  20. Haruka Ozaki, Itoshi Nikaido. ATAC2NET: A pipeline for reconstructing gene regulatory network based on ATAC-Seq data. 15th European Conference on Computational Biology (ECCB 2016) 2016.09.03

  21. 小杉 孝嗣, 笹川 洋平, 渡辺 直子, 二階堂 愛. 転写ネットワーク変化を網羅的に同定するシークエンス技術の開発. 日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集 2015.12

  22. 小杉 孝嗣, 笹川 洋平, 渡辺 直子, 二階堂 愛. 転写ネットワーク変化を網羅的に同定するシークエンス技術の開発. 日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集 2015.12

  23. 二階堂愛. 高出力マルチオミクスによる細胞特性計測の深化. 令和3年度AMED再生・細胞医療・遺伝子治療研究開発交流会 2021.09.08

  24. 二階堂愛. 大規模トランスクリプトーム解析技術による再生医療研究. 第三回再生学異分野融合研究会 2021.08.24

  25. 二階堂愛. Large-scale transcriptome analysis method for building human cell atlas. 第85回日本循環器学会学術集会 2021.03.27

  26. 二階堂愛. ヒト細胞アトラス時代の高出力1細胞RNA-seq解析技術. 第20回日本再生医療学会総会 2021.03.11 web

  27. 二階堂愛. 細胞特性を理解するための大規模トランスクリプトーム技術. 定例医工学フォーラム. Web. 2021.02.10

  28. 二階堂愛. 超多検体オミクスによる細胞特性の計測. 令和2年度AMED再生・細胞医療・遺伝子治療公開シンポジウム 2021.02.03

  29. 二階堂愛. 細胞アトラス構築を目指した大規模トランスクリプトーム解析法. 日本人類遺伝学会第65回大会 2020.11.18

  30. 二階堂愛. 生産性向上のための研究生活の自動化. Laboratory Automation Developers Conference 2020 2020.10.02

  31. 二階堂 愛. ヒト細胞アトラス構築のための1細胞トランスクリプトーム技術. 日本臨床免疫学会総会プログラム・抄録集 2020.10

  32. 二階堂愛. ヒト細胞アトラス時代のトランスクリプトーム計測. 御茶ノ水眼アレルギー研究会 2020.09.09

  33. 二階堂愛. ヒト細胞アトラス時代の高出力1細胞RNA-seq解析技術. 第19回日本再生医療学会総会 2020.03.12

  34. 二階堂愛. ヒト細胞アトラス時代の高出力1細胞RNA-seq解析技術. 第19回日本再生医療学会総会 2020.03.12

  35. 二階堂愛. ヒト細胞アトラス時代の1細胞トランスクリプトーム解析. 横浜市立大学先端医科学研究センター共同利用・共同研究拠点「マルチオミックスによる遺伝子発現制御の先端的医学共同研究拠点」シンポジウム 2020.02.13

  36. 二階堂愛. 細胞多様性を明らかにするゲノム科学と情報科学. 文部科学省 科学研究費補助金 新学術領域研究(研究領域提案型)細胞社会ダイバーシティーの統合的解明と制御 第五回公開シンポジウム. 東京 2020.01.29

  37. 笹川 洋平, 山根 万里子, 米田 宏, 中川 真一, 二階堂 愛. Whole transcriptome-based screeningによる創薬の加速. 第10回スクリーニング学研究会 2019.11.22

  38. 二階堂愛. 1細胞ゲノム科学と情報科学によるヒトの健康の理解. 理研イブニングセミナー 2019.11.20

  39. 二階堂愛. 1細胞ゲノム科学と情報科学によるヒトの健康の理解. 理研イブニングセミナー 2019.11.20

  40. 二階堂愛. 高出力1細胞トランスクリプトーム解析の最前線. 研究集会 – 皮膚科学と数理科学の接点 – 2019.10.04

  41. 二階堂愛. 高出力1細胞トランスクリプトーム解析の最前線. 研究集会 – 皮膚科学と数理科学の接点 – 2019.10.04

  42. 二階堂愛. 1細胞から生命を理解するためになにをしてきたか?. シングルセルゲノミクス研究会 2019.08.30

  43. 二階堂愛. 1細胞から生命を理解するためになにをしてきたか?. シングルセルゲノミクス研究会 2019.08.30

  44. 石原悟, 笹川洋平, 亀田健, 亀田健, 山下隼人, 琴村直恵, 阿部真之, 下野洋平, 二階堂愛. 転写開始点でのクロマチンの部分凝集は遺伝子の転写量と負の相関を示す. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 2019

  45. 石原悟, 笹川洋平, 亀田健, 亀田健, 山下隼人, 琴村直恵, 阿部真之, 下野洋平, 二階堂愛. 転写開始点でのクロマチンの部分凝集は遺伝子の転写量と負の相関を示す. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 2019

  46. 二階堂愛. RamDA-seq: Total RNAの発現と全長構造を捉える1細胞RNAシーケンス法. 第77回日本癌学会学術総会 2018.09.27

  47. 二階堂愛. RamDA-seq: Total RNAの発現と全長構造を捉える1細胞RNAシーケンス法. 第77回日本癌学会学術総会 2018.09.27

  48. 二階堂愛. 1細胞トランスクリプトームのための生化学. 日本生化学会大会(Web) 2018.09.24

  49. 二階堂愛. 1細胞トランスクリプトームのための生化学. 日本生化学会大会(Web) 2018.09.24

  50. 二階堂愛. 1細胞トランスクリプトームとその情報解析技術の最前線. 生命医薬情報学連合大会 2018 年大会 (IIBMP2018) 2018.09.21

  51. 二階堂愛. 1細胞トランスクリプトームとその情報解析技術の最前線. 生命医薬情報学連合大会 2018 年大会 (IIBMP2018) 2018.09.21

  52. 落合 博, 梅田 茉奈, 林 哲太郎, 芳村 美佳, 原田 哲仁, 大川 恭行, 山本 卓, 二階堂 愛. クロマチンダイナミクスの統合的理解 マウス胚性幹細胞における遺伝子発現量多様性の制御機構の包括的解析. 日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 2018.09.01

  53. 落合 博, 梅田 茉奈, 林 哲太郎, 芳村 美佳, 原田 哲仁, 大川 恭行, 山本 卓, 二階堂 愛. クロマチンダイナミクスの統合的理解 マウス胚性幹細胞における遺伝子発現量多様性の制御機構の包括的解析. 日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 2018.09

  54. 落合 博, 梅田 茉奈, 林 哲太郎, 芳村 美佳, 原田 哲仁, 大川 恭行, 山本 卓, 二階堂 愛. クロマチンダイナミクスの統合的理解 マウス胚性幹細胞における遺伝子発現量多様性の制御機構の包括的解析. 日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 2018.09

  55. 二階堂愛. 1細胞トランスクリプトーム解析技術の最前線. 第5回包括的緩和医療科学学術研究会・第6回Tokyo疼痛緩和次世代研究会. 2018.08.26

  56. 二階堂愛. 1細胞トランスクリプトーム解析技術の最前線. 第5回包括的緩和医療科学学術研究会・第6回Tokyo疼痛緩和次世代研究会. 2018.08.26

  57. 小林英城, 長濱統彦, 荒井渉, 笹川洋平, 梅田茉奈, 林哲太郎, 二階堂愛, 渡部裕美, 小栗一将, 北里洋, 藤岡勘太郎, 木戸ゆかり, 高見英人. 超深海性ヨコエビ,カイコウオオソコエビの糖質分解酵素遺伝子の解析. 日本生物工学会大会講演要旨集 2018.08.07

  58. 小林英城, 長濱統彦, 荒井渉, 笹川洋平, 梅田茉奈, 林哲太郎, 二階堂愛, 渡部裕美, 小栗一将, 北里洋, 藤岡勘太郎, 木戸ゆかり, 高見英人. 超深海性ヨコエビ,カイコウオオソコエビの糖質分解酵素遺伝子の解析. 日本生物工学会大会講演要旨集 2018.08.07

  59. 二階堂愛. ライフサイエンス研究の生産性を向上させるオンデマンドクラウド. 国立情報学研究所学術情報基盤オープンフォーラム2018 2018.06.20

  60. 二階堂愛. ライフサイエンス研究の生産性を向上させるオンデマンドクラウド. 国立情報学研究所学術情報基盤オープンフォーラム2018 2018.06.20

  61. 林哲太郎, 梅田茉奈, 尾崎遼, 笹川洋平, 二階堂愛. RamDA-seqがもたらす1細胞RNAシーケンス法の新たな展望. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 2018

  62. 笹川洋平, 田中かおり, 二階堂愛. 高出力型1細胞RNA-seq法Quartz-Seq2の開発と超多検体への応用. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 2018

  63. 林哲太郎, 梅田茉奈, 尾崎遼, 笹川洋平, 二階堂愛. RamDA-seqがもたらす1細胞RNAシーケンス法の新たな展望. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 2018

  64. 石原悟, 笹川洋平, 琴村直恵, 山下隼人, 山下隼人, 鏡裕行, 阿部真之, 二階堂愛. ヌクレオソーム間での会合の違いでクロマチンを分画する. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 2018

  65. 笹川洋平, 田中かおり, 二階堂愛. 高出力型1細胞RNA-seq法Quartz-Seq2の開発と超多検体への応用. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 2018

  66. 石原悟, 笹川洋平, 琴村直恵, 山下隼人, 山下隼人, 鏡裕行, 阿部真之, 二階堂愛. ヌクレオソーム間での会合の違いでクロマチンを分画する. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 2018

  67. 林 哲太郎, 尾崎 遼, 笹川 洋平, 團野 宏樹, 梅田 茉奈, 二階堂 愛. ゆらぎが担う器官発生のしくみ 1細胞トータルRNAシーケンス法は、発生生物学の「ゆらぎ」解析にパラダイムシフトをもたらすのか?. 生命科学系学会合同年次大会 2017.12.01

  68. 團野 宏樹, 笹川 洋平, 二階堂 愛. 分子生物学的アプローチによる運動器研究の新展開 高出力1細胞トランスクリプトーム解析の展開と多細胞生物学. 生命科学系学会合同年次大会 2017.12.01

  69. 二階堂 愛. シングルセル解析が切り開く薬理学の新潮流 RamDA-seq あらゆるRNAの全長を1細胞レベルで検出するRNAシーケンス法. 生命科学系学会合同年次大会 2017.12.01

  70. 林 哲太郎, 尾崎 遼, 笹川 洋平, 團野 宏樹, 梅田 茉奈, 二階堂 愛. ゆらぎが担う器官発生のしくみ 1細胞トータルRNAシーケンス法は、発生生物学の「ゆらぎ」解析にパラダイムシフトをもたらすのか?. 生命科学系学会合同年次大会 2017.12

  71. 二階堂 愛. シングルセル解析が切り開く薬理学の新潮流 RamDA-seq あらゆるRNAの全長を1細胞レベルで検出するRNAシーケンス法. 生命科学系学会合同年次大会 2017.12

  72. 團野 宏樹, 笹川 洋平, 二階堂 愛. 分子生物学的アプローチによる運動器研究の新展開 高出力1細胞トランスクリプトーム解析の展開と多細胞生物学. 生命科学系学会合同年次大会 2017.12

  73. 林 哲太郎, 尾崎 遼, 笹川 洋平, 團野 宏樹, 梅田 茉奈, 二階堂 愛. ゆらぎが担う器官発生のしくみ 1細胞トータルRNAシーケンス法は、発生生物学の「ゆらぎ」解析にパラダイムシフトをもたらすのか?. 生命科学系学会合同年次大会 2017.12

  74. 二階堂 愛. シングルセル解析が切り開く薬理学の新潮流 RamDA-seq あらゆるRNAの全長を1細胞レベルで検出するRNAシーケンス法. 生命科学系学会合同年次大会 2017.12

  75. 團野 宏樹, 笹川 洋平, 二階堂 愛. 分子生物学的アプローチによる運動器研究の新展開 高出力1細胞トランスクリプトーム解析の展開と多細胞生物学. 生命科学系学会合同年次大会 2017.12

  76. 二階堂 愛. 微量サンプルを用いたオミックス解析 RamDA-seq あらゆるRNAの完全長を捉える1細胞total RNAシーケンス法. 日本細胞生物学会大会講演要旨集 2017.05

  77. 二階堂 愛. 微量サンプルを用いたオミックス解析 RamDA-seq あらゆるRNAの完全長を捉える1細胞total RNAシーケンス法. 日本細胞生物学会大会講演要旨集 2017.05

  78. 二階堂愛. RamDA-seq:あらゆるRNAの全長を1細胞レベルで検出するRNAシーケンス法. 日本生化学会大会(Web) 2017

  79. 二階堂愛. RamDA-seq:あらゆるRNAの完全長を捉える1細胞total RNAシーケンス法. 日本細胞生物学会大会(Web) 2017

  80. 二階堂愛. RamDA-seq:あらゆるRNAの全長を1細胞レベルで検出するRNAシーケンス法. 日本生化学会大会(Web) 2017

  81. 二階堂愛. RamDA-seq:あらゆるRNAの完全長を捉える1細胞total RNAシーケンス法. 日本細胞生物学会大会(Web) 2017

  82. 二階堂愛. Single-cell transcriptome analysis for realization of effective regenerative medicine. 第31回日本薬物動態学会 2016.10.13

  83. 二階堂愛. Single-cell transcriptome analysis for realization of effective regenerative medicine. 第31回日本薬物動態学会 2016.10.13

  84. 二階堂 愛. ゲノム解析と生化学 超高精度1細胞RNA-seqを実現する生化学. 日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 2016.09

  85. 二階堂 愛. ゲノム解析と生化学 超高精度1細胞RNA-seqを実現する生化学. 日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 2016.09

  86. 二階堂愛. 超高精度1細胞RNA-seqを実現する生化学. 日本生化学会大会(Web) 2016

  87. 二階堂愛. 超高精度1細胞RNA-seqを実現する生化学. 日本生化学会大会(Web) 2016

  88. 二階堂愛. Quartz-Seq RamDAによる非ポリA mRNAの1細胞発現解析. 日本生化学会大会(Web) 2015

  89. 二階堂愛. Quartz-Seq RamDAによる非ポリA mRNAの1細胞発現解析. 日本生化学会大会(Web) 2015

  90. 二階堂愛. 遺伝子発現とChIP-seqデータの統合による転写制御ネットワークの同定. 生化学 2010

  91. 二階堂愛. 遺伝子発現とChIP-seqデータの統合による転写制御ネットワークの同定. 生化学 2010

  92. 二階堂愛. RamDA-seq:1細胞完全長Total RNAシーケンス法. 日本人類遺伝学会大会プログラム・抄録集 2017

  93. 二階堂愛. RamDA-seq:1細胞完全長Total RNAシーケンス法. 日本人類遺伝学会大会プログラム・抄録集 2017

  94. 六峰弘晃, 六峰弘晃, 二階堂愛, 内匠透, 三澤日出巳. アンジェルマン症候群モデルマウスの大脳皮質におけるRNA-seq解析. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 2016

  95. 林哲太郎, 笹川洋平, 尾崎遼, 團野宏樹, 梅田茉奈, 二階堂愛. RamDA-seq:完全長を捉える新規1細胞トータルRNAシーケンス法. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 2016

  96. 笹川洋平, 海老澤昌史, 團野宏樹, 林哲太郎, 二階堂愛. セルソーターを用いたハイスループット1細胞RNA-seq法Quartz-Seq2の開発. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 2016

  97. 六峰弘晃, 六峰弘晃, 二階堂愛, 内匠透, 三澤日出巳. アンジェルマン症候群モデルマウスの大脳皮質におけるRNA-seq解析. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 2016

  98. 林哲太郎, 笹川洋平, 尾崎遼, 團野宏樹, 梅田茉奈, 二階堂愛. RamDA-seq:完全長を捉える新規1細胞トータルRNAシーケンス法. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 2016

  99. 笹川洋平, 海老澤昌史, 團野宏樹, 林哲太郎, 二階堂愛. セルソーターを用いたハイスループット1細胞RNA-seq法Quartz-Seq2の開発. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 2016

  100. 二階堂愛, 笹川洋平. 1細胞RNA-Seqを用いた幹細胞の細胞状態ゆらぎの理解に向けて. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 2013

  101. 二階堂愛, 笹川洋平. 1細胞RNA-Seqを用いた幹細胞の細胞状態ゆらぎの理解に向けて. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 2013

  102. 八木研, 近藤大輔, 二階堂愛, 加野浩一郎, 岡崎康司. 成熟脂肪細胞由来の前駆脂肪細胞株DFAT-D1の樹立. 日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集 2004

  103. 八木研, 近藤大輔, 二階堂愛, 加野浩一郎, 岡崎康司. 成熟脂肪細胞由来の前駆脂肪細胞株DFAT-D1の樹立. 日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集 2004

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担当授業科目(学内) 【 表示 / 非表示

  • ゲノム機能情報演習

  • 疾患生命科学特論

  • 主題別I・II「生命科学と技術」,2021年 - 現在

担当授業科目(学外) 【 表示 / 非表示

  • 遺伝子解析と機能ゲノミクス,筑波大学 理工情報生命学術院 システム情報工学研究群 ライフイノベーション(生物情報)学位プログラム

社会貢献活動 【 表示 / 非表示

  • 一細胞解析について,日本経済新聞,日経産業新聞,2022年05月23日 - 2022年06月28日

  • JST CRDS老化ロバストネスインタビュー,科学技術振興機構 研究開発戦略センター,2021年10月26日

  • 理化学研究所での研究室統括と研究センター運営,2020年04月01日 - 現在