基本情報

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二階堂 愛(ニカイドウ イトシ)

NIKAIDO Itoshi


職名

教授

ホームページ

https://nikaidolab.org/

研究分野・キーワード

バイオインフォマティクス、ゲノム科学

出身大学院 【 表示 / 非表示

  • 横浜市立大学  生体超分子システム科学  博士課程  2004年03月  修了

取得学位 【 表示 / 非表示

  • 博士 (理学)  横浜市立大学

経歴(学内) 【 表示 / 非表示

  • 2020年04月
    -
    現在
    東京医科歯科大学 難治疾患研究所 ゲノム応用医学研究部門 ゲノム機能情報分野 教授

経歴(学外) 【 表示 / 非表示

  • 2004年04月
    -
    2006年05月
    埼玉医科大学ゲノム医学研究センター ゲノム科学部門 研究員
  • 2006年06月
    -
    2013年03月
    理化学研究所発生・再生科学研究センター 機能ゲノミクスユニット 研究員
  • 2013年04月
    -
    2018年03月
    理化学研究所情報基盤センター バイオインフォマティクス研究開発ユニット ユニットリーダー
  • 2017年06月
    -
    2018年03月
    理化学研究所多細胞システム形成研究センター 一細胞オミックス研究ユニット ユニットリーダー (兼務)
  • 2018年04月
    -
    2019年03月
    理化学研究所生命機能科学研究センター バイオインフォマティクス研究開発ユニット ユニットリーダー

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所属学協会 【 表示 / 非表示

  • 日本分子生物学会

  • 日本再生医療学会

委員歴 【 表示 / 非表示

  • 2017年
    -
    現在
    国立研究開発法人 科学技術振興機構(JST) バイオサイエンスデータベースセンター基盤技術分科会委員
  • 2018年
    -
    現在
    情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 DNAデータ研究利用委員会
  • 2018年10月
    -
    現在
    国立研究開発法人 科学技術振興機構(JST) CREST・さきがけ複合研究領域 ”ゲノムスケールのDNA設計・合成による細胞制御技術の創出” 領域アドバイザー

研究分野 【 表示 / 非表示

  • システムゲノム科学

 

論文・総説 【 表示 / 非表示

  • Mishina Tappei, Tabata Namine, Hayashi Tetsutaro, Yoshimura Mika, Umeda Mana, Mori Masashi, Ikawa Yayoi, Hamada Hiroshi, Nikaido Itoshi, Kitajima Tomoya S.. Single-oocyte transcriptome analysis reveals aging-associated effects influenced by life stage and calorie restriction AGING CELL. 2021.07; e13428. ( PubMed, DOI )

  • Ishihara S, Sasagawa Y, Kameda T, Yamashita H, Umeda M, Kotomura N, Abe M, Shimono Y, Nikaido I. Local states of chromatin compaction at transcription start sites control transcription levels. Nucleic acids research. 2021.07; ( PubMed, DOI )

  • Yamada A, Hirasawa T, Nishimura K, Shimura C, Kogo N, Fukuda K, Kato M, Yokomori M, Hayashi T, Umeda M, Yoshimura M, Iwakura Y, Nikaido I, Itohara S, Shinkai Y. Derepression of inflammation-related genes link to microglia activation and neural maturation defect in a mouse model of Kleefstra syndrome. iScience. 2021.07; 24 (7): 102741. ( PubMed, DOI )

  • Morita Ritsuko, Sanzen Noriko, Sasaki Hiroko, Hayashi Tetsutaro, Umeda Mana, Yoshimura Mika, Yamamoto Takaki, Shibata Tatsuo, Abe Takaya, Kiyonari Hiroshi, Furuta Yasuhide, Nikaido Itoshi, Fujiwara Hironobu. Tracing the origin of hair follicle stem cells NATURE. 2021.06; ( DOI )

  • 二階堂 愛. High-throughput Transcriptome Analysis for Building Cell Atlas(和訳中) 日本循環器学会学術集会抄録集. 2021.03; 85回 ME08-4. ( 医中誌 )

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書籍等出版物 【 表示 / 非表示

  • 竹山, 春子, 細川, 正人. シングルセル解析でなにがわかるか. 化学同人, 2020.07 シングルセルトランスクリプトーム (ISBN : 9784759817348)

  • 小林, 徹也. 定量生物学 : 生命現象を定量的に理解するために. 化学同人, 2018.08 Part 4: 定量生物学と技術. 14章DNAシーケンスと定量生物学 (ISBN : 9784759817300)

  • 中内 啓光, 清田 純. 新版 フローサイトメトリー もっと幅広く使いこなせる! 〜マルチカラー解析も、ソーティングも、もう悩まない! (実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ). 羊土社, 2016.09 (ISBN : 4758101965)

  • 塩見 美喜子, 中川 真一, 浅原 弘嗣. 実験医学増刊 Vol.33 No.20 ノンコーディングRNAテキストブック〜最新の医学・創薬研究、方法論とマイルストーン論文200報. 羊土社, 2015.12 (ISBN : 4758103518)

  • 清水厚志, 坊農秀雅. 次世代シークエンサーDRY解析教本 (細胞工学別冊). 学研メディカル秀潤社, 2015.10 (ISBN : 4780909201)

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講演・口頭発表等 【 表示 / 非表示

  • 二階堂愛. 高出力マルチオミクスによる細胞特性計測の深化. 令和3年度AMED再生・細胞医療・遺伝子治療研究開発交流会 2021.09.08

  • 二階堂愛. 大規模トランスクリプトーム解析技術による再生医療研究. 第三回再生学異分野融合研究会 2021.08.24

  • 二階堂愛. Large-scale transcriptome analysis method for building human cell atlas. 第85回日本循環器学会学術集会 2021.03.27

  • 二階堂愛. ヒト細胞アトラス時代の高出力1細胞RNA-seq解析技術. 第20回日本再生医療学会総会 2021.03.11 web

  • 二階堂愛. 細胞特性を理解するための大規模トランスクリプトーム技術. 定例医工学フォーラム. Web. 2021.02.10

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担当授業科目(学内) 【 表示 / 非表示

  • ゲノム機能情報演習

  • 疾患生命科学特論

  • 主題別I・II「生命科学と技術」,2021年 - 現在

担当授業科目(学外) 【 表示 / 非表示

  • 遺伝子解析と機能ゲノミクス,筑波大学 理工情報生命学術院 システム情報工学研究群 ライフイノベーション(生物情報)学位プログラム