計算創薬科学分野

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  1. Ishitani, R; Takemoto, M; Tomii, K: Protein ligand binding site prediction using graph transformer neural network PLOS ONE. 2024.08; 19 (8): e0308425. ( PubMed , DOI )

  1. Molecular Design Method Using a Reversible Tree Representation of Chemical Compounds and Deep Reinforcement Learning. 2022.09; 62 (17): 4032-4048. ( PubMed , DOI )

  2. Towards universal neural network potential for material discovery applicable to arbitrary combination of 45 elements. 2022.05; 13 (1): 2991. ( PubMed , DOI )

  3. Lateral access mechanism of LPA receptor probed by molecular dynamics simulation. 2022; 17 (2): e0263296. ( PubMed , DOI )

  1. Time-resolved serial femtosecond crystallography reveals early structural changes in channelrhodopsin. 2021.03; 10 ( PubMed , DOI )

  1. Structural biology of the multidrug and toxic compound extrusion superfamily transporters. 2020.12; 1862 (12): 183154. ( PubMed , DOI )

  2. Cryo-EM structure of the volume-regulated anion channel LRRC8D isoform identifies features important for substrate permeation. 2020.05; 3 (1): 240. ( PubMed , DOI )

  3. Identification of Potent In Vivo Autotaxin Inhibitors that Bind to Both Hydrophobic Pockets and Channels in the Catalytic Domain. 2020.03; 63 (6): 3188-3204. ( PubMed , DOI )

  4. Author Correction: Structural basis for the drug extrusion mechanism by a MATE multidrug transporter. 2020.02; 578 (7794): E19. ( PubMed , DOI )

  5. Crystal structure of Drosophila Piwi. 2020.02; 11 (1): 858. ( PubMed , DOI )

  1. Cryo-EM structure of the human L-type amino acid transporter 1 in complex with glycoprotein CD98hc. 2019.06; 26 (6): 510-517. ( PubMed , DOI )

  2. Structural basis for oligomerization of the prokaryotic peptide transporter PepTSo2. 2019.05; 75 (Pt 5): 348-358. ( PubMed , DOI )

  3. Structural basis for the promiscuous PAM recognition by Corynebacterium diphtheriae Cas9. 2019.04; 10 (1): 1968. ( PubMed , DOI )

  4. Crystal structure of plant vacuolar iron transporter VIT1. 2019.03; 5 (3): 308-315. ( PubMed , DOI )

  5. Structural Basis of H+-Dependent Conformational Change in a Bacterial MATE Transporter. 2019.02; 27 (2): 293-301. ( PubMed , DOI )

  6. Cap-specific terminal N 6-methylation of RNA by an RNA polymerase II-associated methyltransferase. 2019.01; 363 (6423): ( PubMed , DOI )

  1. Crystal structure of the Agrobacterium tumefaciens type VI effector-immunity complex. 2018.12; 74 (Pt 12): 810-816. ( PubMed , DOI )

  2. Vibrational and Molecular Properties of Mg2+ Binding and Ion Selectivity in the Magnesium Channel MgtE. 2018.10; 122 (42): 9681-9696. ( PubMed , DOI )

  3. An Atomistic Model of a Precursor State of Light-Induced Channel Opening of Channelrhodopsin. 2018.10; 115 (7): 1281-1291. ( PubMed , DOI )

  4. Kato K, Nishimasu H, Oikawa D, Hirano S, Hirano H, Kasuya G, Ishitani R, Tokunaga F, Nureki O: Structural insights into cGAMP degradation by Ecto-nucleotide pyrophosphatase phosphodiesterase 1. Nature communications. 2018.10; 9 (1): 4424. ( PubMed , DOI )

  5. Engineered CRISPR-Cas9 nuclease with expanded targeting space. 2018.09; 361 (6408): 1259-1262. ( PubMed , DOI )

  6. Free Energy Landscape for the Entire Transport Cycle of Triose-Phosphate/Phosphate Translocator. 2018.09; 26 (9): 1284-1296. ( PubMed , DOI )

  7. Cryo-EM structures of the human volume-regulated anion channel LRRC8. 2018.09; 25 (9): 797-804. ( PubMed , DOI )

  8. Functional roles of Mg2+ binding sites in ion-dependent gating of a Mg2+ channel, MgtE, revealed by solution NMR. 2018.04; 7 ( PubMed , DOI )

  1. Structural basis for xenobiotic extrusion by eukaryotic MATE transporter. 2017.11; 8 (1): 1633. ( PubMed , DOI )

  2. Structural insights into the competitive inhibition of the ATP-gated P2X receptor channel. 2017.10; 8 (1): 876. ( PubMed , DOI )

  3. Structure of the triose-phosphate/phosphate translocator reveals the basis of substrate specificity. 2017.10; 3 (10): 825-832. ( PubMed , DOI )

  4. Structural insights into ligand recognition by the lysophosphatidic acid receptor LPA6. 2017.08; 548 (7667): 356-360. ( PubMed , DOI )

  5. Structural Basis for the Canonical and Non-canonical PAM Recognition by CRISPR-Cpf1. 2017.08; 67 (4): 633-645. ( PubMed , DOI )

  6. ATP-dependent modulation of MgtE in Mg2+ homeostasis. 2017.07; 8 (1): 148. ( PubMed , DOI )

  7. Structural Basis for the Altered PAM Recognition by Engineered CRISPR-Cpf1. 2017.07; 67 (1): 139-147. ( PubMed , DOI )

  8. Kato Kazuki, Omura Hiroki, Ishitani Ryuichiro, Nureki Osamu: Cyclic GMP-AMP as an Endogenous Second Messenger in Innate Immune Signaling by Cytosolic DNA. Annu Rev Biochem. 2017.06; 86 541-566. ( PubMed , DOI )

  9. Structural insights into the nucleotide base specificity of P2X receptors. 2017.03; 7 45208. ( PubMed , DOI )

  10. Crystal Structure of the Minimal Cas9 from Campylobacter jejuni Reveals the Molecular Diversity in the CRISPR-Cas9 Systems. 2017.03; 65 (6): 1109-1121. ( PubMed , DOI )

  11. Correction: Breakpoint Cluster Region-Mediated Inflammation Is Dependent on Casein Kinase II. 2017.01; 198 (2): 971. ( PubMed , DOI )

  1. 石谷 隆一郎: キャリアデザイン談話室(14)プランド・ハップンスタンス理論のすすめ—An Encouragement of Planned Happenstance Theory 生物物理 / 日本生物物理学会 編. 2022.12; 62 (6): 367-369.

  1. 石谷 隆一郎: リウマチ性疾患診療・研究における人工知能(AI)の関わり ディープラーニングの創薬応用 日本リウマチ学会総会・学術集会プログラム・抄録集. 2020.08; 64回 200. ( 医中誌 )

  1. 石谷 隆一郎: ディープラーニングの創薬応用 日本薬理学会年会要旨集. 2019; 92 3-CS4-3. ( DOI )

  1. 石谷 隆一郎: 異分野連携が拓くシグナル伝達と疾患研究のフロンティア 炎症応答に関わる因子の構造生物学 日本生化学会大会プログラム・講演要旨集. 2018.09; 91回 [3S05a-07]. ( 医中誌 )

  1. 小田 和正, 大石 賢実, 谷口 怜哉, 西澤 知宏, 石谷 隆一郎, 濡木 理: 長波長励起型チャネルロドプシン、Chrimsonの構造解析 生命科学系学会合同年次大会. 2017.12; 2017年度 [3P-0104]. ( 医中誌 )

  2. 糟谷 豪, 山浦 利章, Ma Xiao-Bo, 中村 凌煕, 武本 瑞貴, 南雲 啓充, 田中 英一, 堂前 直, 中根 崇智, Yu Ye, 石谷 隆一郎, 松崎 修, 服部 素之, 濡木 理: ATP作動性チャネルP2X受容体における競合阻害機構の構造基盤 生命科学系学会合同年次大会. 2017.12; 2017年度 [2P-0098]. ( 医中誌 )

  3. 石谷 隆一郎: 【生命現象を観る-革新的な構造生命科学が観せてくれる世界】膜輸送体の分子構造を観る　アミノ酸排出輸送体YddGのX線結晶構造解析 医学のあゆみ. 2017.07; 262 (5): 335-341. ( 医中誌 )

  4. 石谷 隆一郎: 膜輸送体の分子構造を観る : アミノ酸排出輸送体YddGのX線結晶構造解析—Structure and function of amino-acid exporter YddG—第5土曜特集 生命現象を観る : 革新的な構造生命科学が観せてくれる世界 ; X線 医学のあゆみ. 2017.07; 262 (5): 335-341. ( 医中誌 )

  1. 渡辺藍子, 齋藤未怜, 森脇由隆, 石谷隆一郎, 松田憲之: パーキンソン病の原因因子DJ-1が持つcPGA分解酵素活性の分子機構 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2024; 47th

  2. 松田憲之, 荻原禅, 渡辺藍子, 齋藤未怜, 森脇由隆, 石谷隆一郎, 小迫英尊: 遺伝性潜性パーキンソン病の原因因子DJ-1の分子機能の解明とそのオルガネラ機能に関する考察 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2024; 47th

  1. 田中良樹, 氏原一哉, 坂井直樹, 山田悠介, 武本瑞貴, 森脇寛智, 佐藤匡史, STANFIELD Joshua Kyle, 梅本直, 平田邦生, 引田理英, 石谷隆一郎, 加藤龍一, 千田俊哉, 山本雅貴, 力丸健太郎, 西ヶ谷有輝: 抵抗性変異に有効な新規ALS阻害型除草剤の創出 日本農薬学会大会講演要旨集(CD-ROM). 2023; 48th

  1. 田中良樹, 氏原一哉, 坂井直樹, 山田悠介, 武本瑞貴, 森脇寛智, 佐藤匡史, STANFIELD JK, 平田邦生, 竹下浩平, 引田理英, 石谷隆一郎, 加藤龍一, 千田俊哉, 山本雅貴, 力丸健太郎, 西ヶ谷有輝: タンパク質立体構造情報を利用した新規ALS阻害型除草剤の探索 構造活性相関シンポジウム講演要旨集(CD-ROM). 2022; 50th

  2. 田中良樹, 氏原一哉, 坂井直樹, 武本瑞貴, 森脇寛智, 佐藤匡史, STANFIELD JK, 平田邦生, 竹下浩平, 石谷隆一郎, 山本雅貴, 力丸健太郎, 西ヶ谷有輝: タンパク質立体構造情報を利用した新規ALS阻害型除草剤の探索 日本農薬学会大会講演要旨集(CD-ROM). 2022; 47th

  3. 田中良樹, 氏原一哉, 坂井直樹, 山田悠介, 武本瑞貴, 森脇寛智, 佐藤匡史, STANFIELD JK, 平田邦生, 竹下浩平, 引田理英, 石谷隆一郎, 加藤龍一, 千田俊哉, 山本雅貴, 力丸健太郎, 西ヶ谷有輝: タンパク質立体構造情報を利用した新規ALS阻害型除草剤の探索 日本結晶学会年会講演要旨集. 2022; 2022

  4. 石谷隆一郎, 石谷隆一郎: 深層学習からみたAlphaFold CBI学会講演会. 2022; 434th

  1. 小野田浩宜, 石谷隆一郎, 仙石徹, 森脇由隆: AlphaFoldがもたらす分子生物学への影響 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2021; 44th

  2. 石谷隆一郎, 石谷隆一郎, 武本瑞貴: 構造生物学と深層学習からみたAlphaFold 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2021; 44th

  1. 山口そのみ, 大江彰, 西田知訓, 山下恵太郎, 鍛治屋麻子, 平野清一, 松本直樹, 石谷隆一郎, 齋藤都暁, 塩見春彦, 西増弘志, 濡木理, 塩見美喜子: ショウジョウバエ由来Piwiの結晶構造解析 日本細胞生物学会大会(Web). 2019; 71st

  1. Taniguchi Reiya, Inoue Asuka, Sayama Misa, Yamashita Keitaro, Hirata Kunio, Yoshida Masahito, Nakada-Nakura Yoshiko, Otani Yuko, Kato Hideaki, Nishizawa Tomohiro, Doi Takayuki, Ohwada Tomohiko, Ishitani Ryuichiro, Aoki Junken, Nureki Osamu: Toward Structural Understanding of Ligand Recognition by Lysophosphatidic Acid Receptor Lpa6 PROTEIN SCIENCE. 2018.11; 27 235-236.

  2. 中根俊博, 平野清一, 山野峻, 中根崇智, 石谷隆一郎, 西増弘志, 濡木理: B.laterosporus由来Cas9の結晶構造 日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集. 2018; 18th

  3. 島田寛人, 草木迫司, 西澤知宏, 日野智也, 石谷隆一郎, 濡木理: クライオ電子顕微鏡によるTRPV3の構造解析 日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集. 2018; 18th

  4. 的場京子, 川本晃大, 福田昌弘, 長村怜奈, 西澤知宏, 宮崎直幸, 石谷隆一郎, 岩崎憲治, 濡木理, 高木淳一: 膜蛋白質の高分解能構造解析を目指した“salipro法”実用性の検討 日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集. 2018; 18th

  1. 中根俊博, 平野清一, 山野峻, 中根崇智, 石谷隆一郎, 西増弘志, 濡木理: B.laterosporus由来Cas9の結晶構造 日本結晶学会年会講演要旨集. 2017; 2017

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