ゲノム機能情報分野

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  1. Tsuyuzaki K, Ishii M, Nikaido I: Sctensor detects many-to-many cell-cell interactions from single cell RNA-sequencing data. BMC bioinformatics. 2023.11; 24 (1): 420. ( PubMed , DOI )

  2. Shima, Y; Skibbe, H; Sasagawa, Y; Fujimori, N; Iwayama, Y; Isomura-Matoba, A; Yano, M; Ichikawa, T; Nikaido, I; Hattori, N; Kato, T: Distinctiveness and continuity in transcriptome and connectivity in the anterior-posterior axis of the paraventricular nucleus of the thalamus CELL REPORTS. 2023.10; 42 (10): 113309. ( PubMed , DOI )

  3. Ogura Nao, Sasagawa Yohei, Ito Tasuku, Tameshige Toshiaki, Kawai Satomi, Sano Masaki, Doll Yuki, Iwase Akira, Kawamura Ayako, Suzuki Takamasa, Nikaido Itoshi, Sugimoto Keiko, Ikeuchi Momoko: WUSCHEL-RELATED HOMEOBOX 13 suppresses de novo shoot regeneration via cell fate control of pluripotent callus SCIENCE ADVANCES. 2023.07; 9 (27): eadg6983. ( PubMed , DOI )

  4. Tsuyuzaki Koki, Yamamoto Kentaro, Toyoshima Yu, Sato Hirofumi, Kanamori Manami, Teramoto Takayuki, Ishihara Takeshi, Iino Yuichi, Nikaido Itoshi: WormTensor: a clustering method for time-series whole-brain activity data from C. elegans BMC BIOINFORMATICS. 2023.06; 24 (1): 254. ( PubMed , DOI )

  5. Takada Hitomi, Sasagawa Yohei, Yoshimura Mika, Tanaka Kaori, Iwayama Yoshimi, Hayashi Tetsutaro, Isomura-Matoba Ayako, Nikaido Itoshi, Kurisaki Akira: Single-cell transcriptomics uncovers EGFR signaling-mediated gastric progenitor cell differentiation in stomach homeostasis NATURE COMMUNICATIONS. 2023.06; 14 (1): 3750. ( PubMed , DOI )

  6. nnTensor: An R package for non-negative matrix/tensor decomposition. 2023.04; ( DOI )

  7. Mwalilino Lusubilo, Yamane Mariko, Ishiguro Kei-ichiro, Usuki Shingo, Endoh Mitsuhiro, Niwa Hitoshi: The Role of Zfp352 in the regulation of transient expression of 2-cell specific genes in mouse embryonic stem cells Genes to Cells. 2023;

  1. Sano H, Nakamura A, Yamane M, Niwa H, Nishimura T, Araki K, Takemoto K, Ishiguro KI, Aoki H, Kato Y, Kojima M: The polyol pathway is an evolutionarily conserved system for sensing glucose uptake. PLoS biology. 2022.06; 20 (6): e3001678. ( PubMed , DOI )

  2. Wibisana Johannes N., Inaba Takehiko, Shinohara Hisaaki, Yumoto Noriko, Hayashi Tetsutaro, Umeda Mana, Ebisawa Masashi, Nikaido Itoshi, Sako Yasushi, Okada Mariko: Enhanced transcriptional heterogeneity mediated by NF-kappa B super-enhancers PLOS GENETICS. 2022.06; 18 (6): e1010235. ( PubMed , DOI )

  3. Herbig Maik, Isozaki Akihiro, Di Carlo Dino, Guck Jochen, Nitta Nao, Damoiseaux Robert, Kamikawaji Shogo, Suyama Eigo, Shintaku Hirofumi, Wu Angela Ruohao, Nikaido Itoshi, Goda Keisuke: Best practices for reporting throughput in biomedical research NATURE METHODS. 2022.06; 19 (6): 633-634. ( PubMed , DOI )

  4. Lin Chia-Wen, Septyaningtrias Dian E., Chao Hsu-Wen, Konda Mikiko, Atarashi Koji, Takeshita Kozue, Tamada Kota, Nomura Jun, Sasagawa Yohei, Tanaka Kaori, Nikaido Itoshi, Honda Kenya, McHugh Thomas J., Takumi Toru: A common epigenetic mechanism across different cellular origins underlies systemic immune dysregulation in an idiopathic autism mouse model MOLECULAR PSYCHIATRY. 2022.05; 27 (8): 3343-3354. ( PubMed , DOI )

  5. Yasuyuki Shima, Henrik Skibbe, Yohei Sasagawa, Noriko Fujimori, Itoshi Nikaido, Nobutaka Hattori, Tadafumi Kato: Distinctiveness and continuity in transcriptome and connectivity in the anterior-posterior axis of the paraventricular nucleus of thalamus bioRxiv (preprint). 2022.02; ( DOI )

  1. Yamada A, Hirasawa T, Nishimura K, Shimura C, Kogo N, Fukuda K, Kato M, Yokomori M, Hayashi T, Umeda M, Yoshimura M, Iwakura Y, Nikaido I, Itohara S, Shinkai Y: Derepression of inflammation-related genes link to microglia activation and neural maturation defect in a mouse model of Kleefstra syndrome. iScience. 2021.07; 24 (7): 102741. ( PubMed , DOI )

  2. Mishina Tappei, Tabata Namine, Hayashi Tetsutaro, Yoshimura Mika, Umeda Mana, Mori Masashi, Ikawa Yayoi, Hamada Hiroshi, Nikaido Itoshi, Kitajima Tomoya S.: Single-oocyte transcriptome analysis reveals aging-associated effects influenced by life stage and calorie restriction AGING CELL. 2021.07; e13428. ( PubMed , DOI )

  3. Ishihara S, Sasagawa Y, Kameda T, Yamashita H, Umeda M, Kotomura N, Abe M, Shimono Y, Nikaido I: Local states of chromatin compaction at transcription start sites control transcription levels. Nucleic acids research. 2021.07; ( PubMed , DOI )

  4. Morita Ritsuko, Sanzen Noriko, Sasaki Hiroko, Hayashi Tetsutaro, Umeda Mana, Yoshimura Mika, Yamamoto Takaki, Shibata Tatsuo, Abe Takaya, Kiyonari Hiroshi, Furuta Yasuhide, Nikaido Itoshi, Fujiwara Hironobu: Tracing the origin of hair follicle stem cells NATURE. 2021.06; ( DOI )

  5. 二階堂 愛: High-throughput Transcriptome Analysis for Building Cell Atlas(和訳中) 日本循環器学会学術集会抄録集. 2021.03; 85回 ME08-4. ( 医中誌 )

  6. Naganuma H, Miike K, Ohmori T, Tanigawa S, Ichikawa T, Yamane M, Eto M, Niwa H, Kobayashi A, Nishinakamura R: Molecular detection of maturation stages in the developing kidney. Developmental biology. 2021.02; 470 62-73. ( PubMed , DOI )

  1. Sawada Tomoyo, Chater Thomas E., Sasagawa Yohei, Yoshimura Mika, Fujimori-Tonou Noriko, Tanaka Kaori, Benjamin Kynon J. M., Paquola Apua C. M., Erwin Jennifer A., Goda Yukiko, Nikaido Itoshi, Kato Tadafumi: Developmental excitation-inhibition imbalance underlying psychoses revealed by single-cell analyses of discordant twins-derived cerebral organoids MOLECULAR PSYCHIATRY. 2020.08; 25 (11): 2695-2711. ( PubMed , DOI )

  2. Michida Hiroki, Imoto Hiroaki, Shinohara Hisaaki, Yumoto Noriko, Seki Masahide, Umeda Mana, Hayashi Tetsutaro, Nikaido Itoshi, Kasukawa Takeya, Suzuki Yutaka, Okada-Hatakeyama Mariko: The Number of Transcription Factors at an Enhancer Determines Switch-like Gene Expression CELL REPORTS. 2020.06; 31 (9): 107724. ( PubMed , DOI )

  3. Ochiai Hiroshi, Hayashi Tetsutaro, Umeda Mana, Yoshimura Mika, Harada Akihito, Shimizu Yukiko, Nakano Kenta, Saitoh Noriko, Liu Zhe, Yamamoto Takashi, Okamura Tadashi, Ohkawa Yasuyuki, Kimura Hiroshi, Nikaido Itoshi: Genome-wide kinetic properties of transcriptional bursting in mouse embryonic stem cells SCIENCE ADVANCES. 2020.06; 6 (25): eaaz6699. ( PubMed , DOI )

  4. Shiozawa Seiji, Nakajima Mayutaka, Okahara Junko, Kuortaki Yoko, Kisa Fumihiko, Yoshimatsu Sho, Nakamura Mari, Koya Ikuko, Yoshimura Mika, Sasagawa Yohei, Nikaido Itoshi, Sasaki Erika, Okano Hideyuki: Primed to Naive-Like Conversion of the Common Marmoset Embryonic Stem Cells STEM CELLS AND DEVELOPMENT. 2020.06; 29 (12): 761-773. ( PubMed , DOI )

  5. Mereu Elisabetta, Lafzi Atefeh, Moutinho Catia, Ziegenhain Christoph, McCarthy Davis J., Alvarez-Varela Adrian, Batlle Eduard, Sagar, Gruen Dominic, Lau Julia K., Boutet Stephane C., Sanada Chad, Ooi Aik, Jones Robert C., Kaihara Kelly, Brampton Chris, Talaga Yasha, Sasagawa Yohei, Tanaka Kaori, Hayashi Tetsutaro, Braeuning Caroline, Fischer Cornelius, Sauers Sascha, Trefzer Timo, Conrad Christian, Adiconis Xian, Nguyen Lan T., Regev Aviv, Levin Joshua Z., Parekh Swati, Janjic Aleksandar, Wange Lucas E., Bagnoli Johannes W., Enard Wolfgang, Gut Marta, Sandberg Rickard, Nikaido Itoshi, Gut Ivo, Stegle Oliver, Heyn Holger: Benchmarking single-cell RNA-sequencing protocols for cell atlas projects NATURE BIOTECHNOLOGY. 2020.06; 38 (6): 747-+. ( PubMed , DOI )

  6. Takemoto K, Tani N, Takada-Horisawa Y, Fujimura S, Tanno N, Yamane M, Okamura K, Sugimoto M, Araki K, Ishiguro KI: Meiosis-Specific C19orf57/4930432K21Rik/BRME1 Modulates Localization of RAD51 and DMC1 to DSBs in Mouse Meiotic Recombination. Cell reports. 2020.05; 31 (8): 107686. ( PubMed , DOI )

  7. Ozaki Haruka, Hayashi Tetsutaro, Umeda Mana, Nikaido Itoshi: Millefy: visualizing cell-to-cell heterogeneity in read coverage of single-cell RNA sequencing datasets BMC GENOMICS. 2020.03; 21 (1): 177. ( PubMed , DOI )

  8. Matsumoto H, Hayashi T, Ozaki H, Tsuyuzaki K, Umeda M, Iida T, Nakamura M, Okano H, Nikaido I: An NMF-based approach to discover overlooked differentially expressed gene regions from single-cell RNA-seq data. NAR genomics and bioinformatics. 2020.03; 2 (1): lqz020. ( PubMed , DOI )

  9. Ishiguro KI, Matsuura K, Tani N, Takeda N, Usuki S, Yamane M, Sugimoto M, Fujimura S, Hosokawa M, Chuma S, Ko MSH, Araki K, Niwa H: MEIOSIN Directs the Switch from Mitosis to Meiosis in Mammalian Germ Cells. Developmental cell. 2020.02; 52 (4): 429-445.e10. ( PubMed , DOI )

  10. Tsuyuzaki Koki, Sato Hiroyuki, Sato Kenta, Nikaido Itoshi: Benchmarking principal component analysis for large-scale single-cell RNA-sequencing GENOME BIOLOGY. 2020.01; 21 (1): 9. ( PubMed , DOI )

  11. Nasser H, Adhikary P, Abdel-Daim A, Noyori O, Panaampon J, Kariya R, Okada S, Ma W, Baba M, Takizawa H, Yamane M, Niwa H, Suzu S: Establishment of bone marrow-derived M-CSF receptor-dependent self-renewing macrophages. Cell death discovery. 2020; 6 63. ( PubMed , DOI )

  1. Hirotaka Matsumoto, Tetsutaro Hayashi, Haruka Ozaki, Koki Tsuyuzaki, Mana Umeda, Tsuyoshi Iida, Masaya Nakamura, Hideyuki Okano, Itoshi Nikaido: A NMF based approach to discover overlooked differentially expressed gene regions from single-cell RNA-seq NAR Genomics and Bioinformatics. 2019.12; 2 (1): lqz020.

  2. Okumura Akinori, Hayashi Tetsutaro, Ebisawa Masashi, Yoshimura Mika, Sasagawa Yohei, Nikaido Itoshi, Umesono Yoshihiko, Mochii Makoto: Cell type-specific transcriptome analysis unveils secreted signaling molecule genes expressed in apical epithelial cap during appendage regeneration DEVELOPMENT GROWTH & DIFFERENTIATION. 2019.12; 61 (9): 447-456. ( PubMed , DOI )

  3. Sato Kenta, Tsuyuzaki Koki, Shimizu Kentaro, Nikaido Itoshi: CellFishing.jl: an ultrafast and scalable cell search method for single-cell RNA sequencing GENOME BIOLOGY. 2019.02; 20 (1): 31. ( PubMed , DOI )

  4. Sasagawa Yohei, Hayashi Tetsutaro, Nikaido Itoshi: Strategies for Converting RNA to Amplifiable cDNA for Single-Cell RNA Sequencing Methods SINGLE MOLECULE AND SINGLE CELL SEQUENCING. 2019; 1129 1-17. ( PubMed , DOI )

  1. 加藤 忠史, 澤田 知世, チェイター・トーマス , 笹川 洋平, 芳村 美佳, 藤森 典子, 田中 かおり, 合田 裕紀子, 二階堂 愛: iPS細胞を用いた精神・神経疾患研究の現状:創薬への期待　統合失調感情障害双極型に関して不一致な一卵性双生児におけるiPS細胞由来神経細胞および脳オーガノイドの表現型差異(Current status of research on neuropsychiatric disorders using iPS cells: potentiol for drug development　Phenotypic discordance of iPS cells-derived neurons/cerebral organoids between monozygotic twins discordant for schizoaffective bipolar disorder) 日本臨床精神神経薬理学会・日本神経精神薬理学会合同年会プログラム・抄録集. 2018.11; 28回・48回 124. ( 医中誌 )

  2. Yamane M, Ohtsuka S, Matsuura K, Nakamura A, Niwa H: Overlapping functions of Krüppel-like factor family members: targeting multiple transcription factors to maintain the naïve pluripotency of mouse embryonic stem cells. Development (Cambridge, England). 2018.05; 145 (10): ( PubMed , DOI )

  3. Sasagawa Yohei, Danno Hiroki, Takada Hitomi, Ebisawa Masashi, Tanaka Kaori, Hayashi Tetsutaro, Kurisaki Akira, Nikaido Itoshi: Quartz-Seq2: a high-throughput single-cell RNA-sequencing method that effectively uses limited sequence reads GENOME BIOLOGY. 2018.03; 19 (1): 29. ( PubMed , DOI )

  4. Hayashi Tetsutaro, Ozaki Haruka, Sasagawa Yohei, Umeda Mana, Danno Hiroki, Nikaido Itoshi: Single-cell full-length total RNA sequencing uncovers dynamics of recursive splicing and enhancer RNAs NATURE COMMUNICATIONS. 2018.02; 9 (1): 619. ( PubMed , DOI )

  5. Chai MuhChyi, Sanosaka Tsukasa, Okuno Hironobu, Zhou Zhi, Koya Ikuko, Banno Satoe, Andoh-Noda Tomoko, Tabata Yoshikuni, Shimamura Rieko, Hayashi Tetsutaro, Ebisawa Masashi, Sasagawa Yohei, Nikaido Itoshi, Okano Hideyuki, Kohyama Jun: Chromatin remodeler CHD7 regulates the stem cell identity of human neural progenitors GENES & DEVELOPMENT. 2018.01; 32 (2): 165-180. ( PubMed , DOI )

  6. Tsuyuzaki K, Nikaido I: Biological Systems as Heterogeneous Information Networks: A Mini-review and Perspectives HeteroNAM’18. WSDM2018. 2018;

  7. Tsuyuzaki K, Nikaido I: Biological Systems as Heterogeneous Information Networks: A Mini-review and Perspectives HeteroNAM’18. WSDM2018. 2018;

  8. Kobayashi Hideki, Nagahama Takahiko, Arai Wataru, Sasagawa Yohei, Umeda Mana, Hayashi Tetsutaro, Nikaido Itoshi, Watanabe Hiromi, Oguri Kazumasa, Kitazato Hiroshi, Fujioka Kantaro, Kido Yukari, Takami Hideto: Polysaccharide hydrolase of the hadal zone amphipods Hirondellea gigas BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY. 2018; 82 (7): 1123-1133. ( PubMed , DOI )

  1. 森田 梨津子, 三千 典子, 林 哲太郎, 梅田 茉奈, 芳村 美佳, 二階堂 愛, 阿部 高也, 清成 寛, 古田 泰秀, 藤原 裕展: 毛包幹細胞の起源と誘導メカニズムの解明 生命科学系学会合同年次大会. 2017.12; 2017年度 [4P2T16-0817)].

  2. Haiyang Hu, Masahiro Uesaka, Song Guo, Kotaro Shimai, Tsai-Ming Lu, Fang Li, Satoko Fujimoto, Masato Ishikawa, Shiping Liu, Yohei Sasagawa, Guojie Zhang, Shigeru Kuratani, Jr-Kai Yu, Takehiro G. Kusakabe, Philipp Khaitovich, Naoki Irie: Constrained vertebrate evolution by pleiotropic genes NATURE ECOLOGY & EVOLUTION. 2017.11; 1 (11): 1722-1730. ( DOI )

  3. Matsumoto Hirotaka, Kiryu Hisanori, Furusawa Chikara, Ko Minoru S. H., Ko Shigeru B. H., Gouda Norio, Hayashi Tetsutaro, Nikaido Itoshi: SCODE: an efficient regulatory network inference algorithm from single-cell RNA-Seq during differentiation BIOINFORMATICS. 2017.08; 33 (15): 2314-2321. ( PubMed , DOI )

  4. Sasagawa Yohei, Nikaido Itoshi, Hayashi Tetsutaro, Danno Hiroki, Uno Kenichiro D., Imai Takeshi, Ueda Hiroki R.: Quartz-Seq: a highly reproducible and sensitive single-cell RNA sequencing method, reveals non-genetic gene-expression heterogeneity (vol 14, R31, 2013) GENOME BIOLOGY. 2017.01; 18 (1): 9. ( PubMed , DOI )

  1. Mariko Yamane, Setsuko Fujii, Satoshi Ohtsuka, Hitoshi Niwa: Zscan10 is dispensable for maintenance of pluripotency in mouse embryonic stem cells BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS. 2015.12; 468 (4): 826-831. ( PubMed , DOI )

  2. 小杉 孝嗣, 笹川 洋平, 渡辺 直子, 二階堂 愛: 転写ネットワーク変化を網羅的に同定するシークエンス技術の開発 日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集. 2015.12; 88回・38回 [3P0819].

  3. Masaki Kinoshita, Daisuke Shimosato, Mariko Yamane, Hitoshi Niwa: Sox7 is dispensable for primitive endoderm differentiation from mouse ES cells BMC DEVELOPMENTAL BIOLOGY. 2015.10; 15 37. ( PubMed , DOI )

  4. G. Morota, F. Penagaricano, J. L. Petersen, D. C. Ciobanu, K. Tsuyuzaki, I. Nikaido: An application of MeSH enrichment analysis in livestock ANIMAL GENETICS. 2015.08; 46 (4): 381-387. ( PubMed , DOI )

  5. Setsuko Fujii, Satomi Nishikawa-Torikai, Yoko Futatsugi, Yayoi Toyooka, Mariko Yamane, Satoshi Ohtsuka, Hitoshi Niwa: Nr0b1 is a negative regulator of Zscan4c in mouse embryonic stem cells SCIENTIFIC REPORTS. 2015.03; 5 9146. ( PubMed , DOI )

  6. Koki Tsuyuzaki, Gota Morota, Manabu Ishii, Takeru Nakazato, Satoru Miyazaki, Itoshi Nikaido: MeSH ORA framework: R/Bioconductor packages to support MeSH over-representation analysis BMC BIOINFORMATICS. 2015.02; 16 45. ( PubMed , DOI )

  1. Shunsuke Ito, Mariko Yamane, Satoshi Ohtsuka, Hitoshi Niwa: The C-terminal region of Xpc is dispensable for the transcriptional activity of Oct3/4 in mouse embryonic stem cells FEBS LETTERS. 2014.04; 588 (7): 1128-1135. ( PubMed , DOI )

  1. Kenjiro Adachi, Itoshi Nikaido, Hiroshi Ohta, Satoshi Ohtsuka, Hiroki Ura, Mitsutaka Kadota, Teruhiko Wakayama, Hiroki R. Ueda, Hitoshi Niwa: Context-Dependent Wiring of Sox2 Regulatory Networks for Self-Renewal of Embryonic and Trophoblast Stem Cells MOLECULAR CELL. 2013.11; 52 (3): 380-392. ( PubMed , DOI )

  2. Masaki Shigeta, Satoshi Ohtsuka, Satomi Nishikawa-Torikai, Mariko Yamane, Setsuko Fujii, Kazuhiro Murakami, Hitoshi Niwa: Maintenance of pluripotency in mouse ES cells without Trp53 Scientific Reports. 2013.10; 3 2944. ( PubMed , DOI )

  3. Nobuo Yoshimoto, Akiko Kida, Xu Jie, Masaya Kurokawa, Masumi Iijima, Tomoaki Niimi, Andres D. Maturana, Itoshi Nikaido, Hiroki R. Ueda, Kenji Tatematsu, Katsuyuki Tanizawa, Akihiko Kondo, Ikuo Fujii, Shun'ichi Kuroda: An automated system for high-throughput single cell-based breeding SCIENTIFIC REPORTS. 2013.02; 3 1191. ( PubMed , DOI )

  4. Tomoko Nakanishi, Rumiko Saito, Makoto Taniguchi, Haruka Oda, Atsumi Soma, Mayu Yasunaga, Mariko Yamane, Kenzo Sato: In Vivo Determination of Vitamin D Function Using Transgenic Mice Carrying a Human Osteocalcin Luciferase Reporter Gene BIOMED RESEARCH INTERNATIONAL. 2013; 2013 895706. ( PubMed , DOI )

  1. Naohiro Hori, Mariko Yamane, Kaori Kouno, Kenzo Sato: Induction of DNA Demethylation Depending on Two Sets of Sox2 and Adjacent Oct3/4 Binding Sites (Sox-Oct Motifs) within the Mouse H19/Insulin-like Growth Factor 2 (Igf2) Imprinted Control Region JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY. 2012.12; 287 (52): 44006-44016. ( PubMed , DOI )

  2. Yuko Okamura-Oho, Kazuro Shimokawa, Satoko Takemoto, Asami Hirakiyama, Sakiko Nakamura, Yuki Tsujimura, Masaomi Nishimura, Takeya Kasukawa, Koh-hei Masumoto, Itoshi Nikaido, Yasufumi Shigeyoshi, Hiroki R. Ueda, Gang Song, James Gee, Ryutaro Himeno, Hideo Yokota: Transcriptome Tomography for Brain Analysis in the Web-Accessible Anatomical Space PLOS ONE. 2012.09; 7 (9): e45373. ( PubMed , DOI )

  1. Takeya Kasukawa, Koh-hei Masumoto, Itoshi Nikaido, Mamoru Nagano, Kenichiro D. Uno, Kaori Tsujino, Carina Hanashima, Yasufumi Shigeyoshi, Hiroki R. Ueda: Quantitative Expression Profile of Distinct Functional Regions in the Adult Mouse Brain PLOS ONE. 2011.08; 6 (8): e23228. ( PubMed , DOI )

  1. Yoshimi Tokuzawa, Ken Yagi, Yzumi Yamashita, Yutaka Nakachi, Itoshi Nikaido, Hidemasa Bono, Yuichi Ninomiya, Yukiko Kanesaki-Yatsuka, Masumi Akita, Hiromi Motegi, Shigeharu Wakana, Tetsuo Noda, Fred Sablitzky, Shigeki Arai, Riki Kurokawa, Toru Fukuda, Takenobu Katagiri, Christian Schoenbach, Tatsuo Suda, Yosuke Mizuno, Yasushi Okazaki: Id4, a New Candidate Gene for Senile Osteoporosis, Acts as a Molecular Switch Promoting Osteoblast Differentiation PLOS GENETICS. 2010.07; 6 (7): e1001019. ( PubMed , DOI )

  2. Keiichiro Suzuki, Fumi Ohbayashi, Itoshi Nikaido, Akihiko Okuda, Haruyoshi Takaki, Yasushi Okazaki, Kohnosuke Mitani: Integration of exogenous DNA into mouse embryonic stem cell chromosomes shows preference into genes and frequent modification at junctions CHROMOSOME RESEARCH. 2010.02; 18 (2): 191-201. ( PubMed , DOI )

  1. Yutaka Nakachi, Ken Yagi, Itoshi Nikaido, Hidemasa Bono, Mio Tonouchi, Christian Schonbach, Yasushi Okazaki: Identification of novel PPAR gamma target genes by integrated analysis of ChIP-on-chip and microarray expression data during adipocyte differentiation BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS. 2008.07; 372 (2): 362-366. ( DOI )

  1. Nikaido, I, C Saito, A Wakamoto, Y Tomaru, T Arakawa, Y Hayashizaki, Y Okazaki: EICO (Expression-based Imprint Candidate Organizer): finding disease-related imprinted genes NUCLEIC ACIDS RESEARCH. 2004.01; 32 D548-D551. ( PubMed , DOI )

  1. Hidemasa Bono, Itoshi Nikaido, Takeya Kasukawa, Takahiro Arakawa, Piero Carninci, Jun Kawai, Yoshihide Hayashizaki, Yasushi Okazaki: Comprehensive analysis of the mouse metabolone based on the transcriptome Genome Research. 2003.06; 13 (6 B): 1345-1349. ( PubMed , DOI )

  2. L Nikaido, C Saito, Y Mizuno, M Meguro, H Bono, M Kadomura, T Kono, GA Morris, PA Lyons, M Oshimura, Y Hayashizaki, Y Okazaki: Discovery of imprinted transcripts in the mouse transcriptome using large-scale expression profiling GENOME RESEARCH. 2003.06; 13 (6B): 1402-1409. ( PubMed , DOI )

  3. H Bono, K Yagi, T Kasukawa, Nikaido, I, N Tominaga, R Miki, Y Mizuno, Y Tomaru, H Goto, H Nitanda, D Shimizu, H Makino, T Morita, J Fujiyama, T Sakai, T Shimoji, DA Hume, Y Hayashizaki, Y Okazaki: Systematic expression profiling of the mouse transcriptome using RIKEN cDNA microarrays GENOME RESEARCH. 2003.06; 13 (6B): 1318-1323. ( PubMed , DOI )

  1. Y Okazaki, M Furuno, T Kasukawa, J Adachi, H Bono, S Kondo, Nikaido, I, N Osato, R Saito, H Suzuki, Yamanaka, I, H Kiyosawa, K Yagi, Y Tomaru, Y Hasegawa, A Nogami, C Schonbach, T Gojobori, R Baldarelli, DP Hill, C Bult, DA Hume, J Quackenbush, LM Schriml, A Kanapin, H Matsuda, S Batalov, KW Beisel, JA Blake, D Bradt, Brusic, V, C Chothia, LE Corbani, S Cousins, E Dalla, TA Dragani, CF Fletcher, A Forrest, KS Frazer, T Gaasterland, M Gariboldi, C Gissi, A Godzik, J Gough, S Grimmond, S Gustincich, N Hirokawa, IJ Jackson, ED Jarvis, A Kanai, H Kawaji, Y Kawasawa, RM Kedzierski, BL King, A Konagaya, Kurochkin, IV, Y Lee, B Lenhard, PA Lyons, DR Maglott, L Maltais, L Marchionni, L McKenzie, H Miki, T Nagashima, K Numata, T Okido, WJ Pavan, G Pertea, G Pesole, N Petrovsky, R Pillai, JU Pontius, D Qi, S Ramachandran, T Ravasi, JC Reed, DJ Reed, J Reid, BZ Ring, M Ringwald, A Sandelin, C Schneider, CAM Semple, M Setou, K Shimada, R Sultana, Y Takenaka, MS Taylor, RD Teasdale, M Tomita, R Verardo, L Wagner, C Wahlestedt, Y Wang, Y Watanabe, C Wells, LG Wilming, A Wynshaw-Boris, M Yanagisawa, Yang, I, L Yang, Z Yuan, M Zavolan, Y Zhu, A Zimmer, P Carninci, N Hayatsu, T Hirozane-Kishikawa, H Konno, M Nakamura, N Sakazume, K Sato, T Shiraki, K Waki, J Kawai, K Aizawa, T Arakawa, S Fukuda, A Hara, W Hashizume, K Imotani, Y Ishii, M Itoh, Kagawa, I, A Miyazaki, K Sakai, D Sasaki, K Shibata, A Shinagawa, A Yasunishi, M Yoshino, R Waterston, ES Lander, J Rogers, E Birney, Y Hayashizaki: Analysis of the mouse transcriptome based on functional annotation of 60,770 full-length cDNAs NATURE. 2002.12; 420 (6915): 563-573. ( PubMed , DOI )

  2. Y Mizuno, Y Sotomaru, Y Katsuzawa, T Kono, M Meguro, M Oshimura, J Kawai, Y Tomaru, H Kiyosawa, Nikaido, I, H Amanuma, Y Hayashizaki, Y Okazaki: Asb4, Ata3, and Dcn are novel imprinted genes identified by high-throughput screening using RIKEN cDNA microarray BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS. 2002.02; 290 (5): 1499-1505. ( PubMed , DOI )

  1. J Kawai, A Shinagawa, K Shibata, M Yoshino, M Itoh, Y Ishii, T Arakawa, A Hara, Y Fukunishi, H Konno, J Adachi, S Fukuda, K Aizawa, M Izawa, K Nishi, H Kiyosawa, S Kondo, Yamanaka, I, T Saito, Y Okazaki, T Gojobori, H Bono, T Kasukawa, R Saito, K Kadota, H Matsuda, M Ashburner, S Batalov, T Casavant, W Fleischmann, T Gaasterland, C Gissi, B King, H Kochiwa, P Kuehl, S Lewis, Y Matsuo, Nikaido, I, G Pesole, J Quackenbush, LM Schriml, F Staubli, R Suzuki, M Tomita, L Wagner, T Washio, K Sakai, T Okido, M Furuno, H Aono, R Baldarelli, G Barsh, J Blake, D Boffelli, N Bojunga, P Carninci, MF de Bonaldo, MJ Brownstein, C Bult, C Fletcher, M Fujita, M Gariboldi, S Gustincich, D Hill, M Hofmann, DA Hume, M Kamiya, NH Lee, P Lyons, L Marchionni, J Mashima, J Mazzarelli, P Mombaerts, P Nordone, B Ring, M Ringwald, Rodriguez, I, N Sakamoto, H Sasaki, K Sato, C Schonbach, T Seya, Y Shibata, KF Storch, H Suzuki, K Toyo-oka, KH Wang, C Weitz, C Whittaker, L Wilming, A Wynshaw-Boris, K Yoshida, Y Hasegawa, H Kawaji, S Kohtsuki, Y Hayashizaki: Functional annotation of a full-length mouse cDNA collection NATURE. 2001.02; 409 (6821): 685-690. ( PubMed , DOI )

  1. Nikaido, I, E Asamizu, M Nakajima, Y Nakamura, N Saga, S Tabata: Generation of 10,154 expressed sequence tags from a leafy gametophyte of a marine red alga, Porphyra yezoensis DNA RESEARCH. 2000.06; 7 (3): 223-227. ( PubMed , DOI )

  1. 二階堂 愛: 【病理/組織画像評価法の潮流】単一細胞オミクスと生細胞イメージング Precision Medicine. 2023.07; 6 (8): 608-611. ( 医中誌 )

  2. 二階堂 愛: 【1細胞解析技術】総論　単一細胞オミクス研究の趨勢 細胞. 2023.06; 55 (7): 362-363. ( 医中誌 )

  3. 山根万里子: 転写開始点近傍の配列情報から分化の一方向性に寄与する因子を同定する 実験医学. 2023.06; (2023年7月号):

  4. Nishimura Hiromi, Ikawa Yayoi, Kajikawa Eriko, Shimizu-Mizuno Natsumi, Hiver Sylvain, Tabata-Okamoto Namine, Mori Masashi, Kitajima Tomoya, Hayashi Tetsutaro, Yoshimura Mika, Umeda Mana, Nikaido Itoshi, Kurokawa Mineo, Watanabe Toshio, Hamada Hiroshi: Maternal epigenetic factors in embryonic and postnatal development GENES TO CELLS. 2023.04; ( PubMed , DOI )

  1. 中面 哲也, 鈴木 利宙, 塚本 信夫, 下村 真菜美, 二階堂 愛, 林 哲太郎, 松阪 諭, 益田 泰輔: 【臨床実装が進む　次世代がんバイオマーカー　新規の検出技術、AIが加速するリキッドバイオプシーとその先の診断モダリティ】(第2章)新たながん診断モダリティと検出技術　血中循環がん細胞のシングルセル解析による診断・予防法の開発 実験医学. 2022.06; 40 (10): 1537-1544. ( 医中誌 )

  2. Amorim Sabrina T., Tsuyuzaki Koki, Nikaido Itoshi, Morota Gota: Improved MeSH analysis software tools for farm animals ANIMAL GENETICS. 2022.02; 53 (1): 171-172. ( PubMed , DOI )

  1. Yamada Ayumi, Hirasawa Takae, Nishimura Kayako, Shimura Chikako, Kogo Naomi, Fukuda Kei, Kato Madoka, Yokomori Masaki, Hayashi Tetsutaro, Umeda Mana, Yoshimura Mika, Iwakura Yoichiro, Nikaido Itoshi, Itohara Shigeyoshi, Shinkai Yoichi: Derepression of inflammation-related genes link to microglia activation and neural maturation defect in a mouse model of Kleefstra syndrome (vol 24, 102741, 2021) ISCIENCE. 2021.11; 24 (11): 103253. ( PubMed , DOI )

  2. 二階堂 愛: 単一細胞RNAシーケンス解析 臨床免疫・アレルギー科. 2021.10; 76 (4): 426-431. ( 医中誌 )

  3. 二階堂 愛: 【1細胞解析-技術と応用】技術　1細胞トランスクリプトームデータの解析技術 医学のあゆみ. 2021.03; 276 (10): 961-966. ( 医中誌 )

  4. 二階堂愛: 1細胞トランスクリプトームデータの解析技術 医学のあゆみ. 2021.03;

  1. 二階堂 愛: ヒト細胞アトラス構築のための1細胞トランスクリプトーム技術 日本臨床免疫学会総会プログラム・抄録集. 2020.10; 48回 82. ( 医中誌 )

  2. 二階堂 愛: Quartz-Seq2　ヒト細胞アトラス時代の高精度1細胞RNAシーケンス法 再生医療. 2020.05; 19 (2): 138-141. ( 医中誌 )

  3. 笹川 洋平, 田中 かおり, 林 哲太郎, 二階堂 愛: 1細胞RNA解析で世界最高成績 －国際的な性能比較研究で証明－ 2020.04;

  4. 笹川 洋平, 田中 かおり, 林 哲太郎, 二階堂 愛: 1細胞RNA解析で世界最高成績 －国際的な性能比較研究で証明－ 2020.04;

  1. 二階堂 愛: 【シングルセルゲノミクス　組織の機能、病態が1細胞レベルで見えてきた!】(第3章)技術開発　シングルセルゲノム情報解析の基盤技術 実験医学. 2019.12; 37 (20): 3498-3501. ( 医中誌 )

  2. 二階堂 愛: 【シングルセルゲノミクス　組織の機能、病態が1細胞レベルで見えてきた!】(第3章)技術開発　進歩を続ける1細胞トランスクリプトーム計測法 実験医学. 2019.12; 37 (20): 3491-3496. ( 医中誌 )

  3. 林 哲太郎, 二階堂 愛: 生化学・分子生物学　1細胞RNAシーケンス法における遺伝子全長被覆度と網羅度の役割 医学のあゆみ. 2019.07; 270 (3): 258-260. ( 医中誌 )

  4. 林哲太郎, 二階堂愛: 1細胞RNAシーケンス法における遺伝子全長被覆度と網羅度の役割 医学のあゆみ. 2019; 270 (3): 258-260.

  5. 二階堂愛, 二階堂愛: 進歩を続ける1細胞トランスクリプトーム計測法 実験医学. 2019; 37 (20): 3491-3496.

  6. 二階堂愛, 二階堂愛: シングルセルゲノム情報解析の基盤技術 実験医学. 2019; 37 (20): 3498-3501.

  1. 二階堂 愛: 新しいゲノム科学と生化学　1細胞トランスクリプトームのための生化学 日本生化学会大会プログラム・講演要旨集. 2018.09; 91回 [2S01a-01]. ( 医中誌 )

  2. 二階堂 愛, 林 哲太郎, 尾崎 遼, 梅田 茉奈: JAPANESE AUTHOR シングルセル解析の新たな計測技術を開発 Natureダイジェスト. 2018.05; 15 (5): 22-25.

  3. 笹川 洋平, 團野 宏樹, 二階堂 愛: (プレスリリース) 数千個の1細胞からRNA量と種類を正確に計測 －細胞機能を網羅的・高精度・低コストに同定可能に－ 2018.03;

  4. 二階堂 愛: 1細胞トランスクリプトーム技術の最先端 Medical Science Digest. 2018.01; 44 (1): 5-6. ( 医中誌 )

  5. 落合博, 落合博, 梅田茉奈, 林哲太郎, 芳村美佳, 原田哲仁, 大川恭行, 山本卓, 二階堂愛: マウス胚性幹細胞における遺伝子発現量多様性の制御機構の包括的解析 日本生化学会大会(Web). 2018; 91st [3S08m-03].

  1. 飯田 剛, 神山 淳, 名越 慈人, 辻 収彦, 二階堂 愛, 佐野坂 司, 西村 空也, 小林 喜臣, 松本 守雄, 岡野 栄之, 中村 雅也: 脊髄損傷に対する細胞移植治療　安全かつ有効なヒトiPS細胞由来神経幹細胞の条件 日本整形外科学会雑誌. 2017.08; 91 (8): S1587. ( 医中誌 )

  2. 梅田 茉奈, 林 哲太郎, 笹川 洋平, 二階堂 愛: 効果的なstranded RNA-Seq用ライブラリー調製キット 選定評価試験 ～ Embryonic stem cel（l ES cell）およびPrimitive endoderm cel（l PrE cell） を用いたrRNA depletion RNA-Seq ～ Application Note NIPPON Genetics. 2017.07;

  3. 松本 拡高, 二階堂 愛: 【日常化するシングルセル遺伝子発現解析】網羅的な1細胞発現から知識を取り出すデータ解析技術の新展開 細胞. 2017.05; 49 (6): 273-276. ( 医中誌 )

  4. 二階堂 愛: 微量サンプルを用いたオミックス解析　RamDA-seq　あらゆるRNAの完全長を捉える1細胞total RNAシーケンス法 日本細胞生物学会大会講演要旨集. 2017.05; 69回 24. ( 医中誌 )

  5. 團野 宏樹, 二階堂 愛: 実験講座　1細胞トランスクリプトーム解析の高出力化と自動化 生体の科学. 2017.04; 68 (2): 178-184. ( 医中誌 )

  6. 飯田剛, 神山淳, 名越慈人, 辻収彦, 二階堂愛, 佐野坂司, 西村空也, 小林喜臣, 松本守雄, 岡野栄之, 中村雅也: 脊髄損傷に対する細胞移植治療-安全かつ有効なヒトiPS細胞由来神経幹細胞の条件- 日本整形外科学会雑誌. 2017; 91 (8): S1587.

  7. 二階堂愛: RamDA-seq:あらゆるRNAの完全長を捉える1細胞total RNAシーケンス法 日本細胞生物学会大会(Web). 2017; 69th 24.

  8. 二階堂愛: RamDA-seq:あらゆるRNAの全長を1細胞レベルで検出するRNAシーケンス法 日本生化学会大会(Web). 2017; 90th [2AS14-2].

  9. 團野宏樹, 笹川洋平, 二階堂愛: 高出力1細胞トランスクリプトーム解析の展開と多細胞生物学 日本生化学会大会(Web). 2017; 90th [3AW05-7].

  10. 林哲太郎, 尾崎遼, 笹川洋平, 團野宏樹, 梅田茉奈, 二階堂愛: 1細胞トータルRNAシーケンス法は,発生生物学の「ゆらぎ」解析にパラダイムシフトをもたらすのか? 日本生化学会大会(Web). 2017; 90th [3PW15-1].

  1. 林 哲太郎, 二階堂 愛: １細胞採取法としてのフローサイトメトリーと関連技術-１細 胞遺伝子発現解析の観点から 実験医学別冊「新版 フローサイトメトリー もっと幅広く使いこなせる！」. 2016; 267-274.

  2. 林 哲太郎, 二階堂 愛: 「フローサイトメーターを用いた１細胞遺伝子発現解析の実際 実験医学別冊「新版 フローサイトメトリー もっと幅広く使いこなせる！」. 2016; 275-283.

  3. 二階堂愛: 超高精度1細胞RNA-seqを実現する生化学 日本生化学会大会(Web). 2016; 89th [2S03-4].

  1. 露崎弘毅, 師田郷太, 師田郷太, 石井学, 仲里猛留, 宮崎智, 二階堂愛: 文献注釈情報MeSHを利用した網羅的な遺伝子の機能アノテーションパッケージ 日本生化学会大会(Web). 2015; 88th [3W24-3].

  2. 二階堂愛: ncRNA研究をはじめよう 3. 1細胞からのlncRNAの網羅的計測 実験医学. 2015; 33 (20): 3385-3389.

  3. 二階堂愛: Quartz-Seq RamDAによる非ポリA mRNAの1細胞発現解析 日本生化学会大会(Web). 2015; 88th [2W16-5].

  1. 二階堂愛: 1細胞からすべてのRNAを計測するシーケンス技術の現在と展望 日本生化学会大会(Web). 2014; 87th [1S05p-5].

  1. 二階堂 愛: NGS現場の会 第三回研究会開催にあたって 次世代シークエンサーのその先に : シークエンス技術の現在と未来を考える 細胞工学. 2013; 32 (8): 893-897.

  1. 佐野 雅己, 藤本 仰一, 小林 徹也, 二階堂 愛, ート作成者: パネルディスカッション (差異・パターン形成と拡散方程式の現在)(生物学的時間とスケール変換) (離散力学系の分子細胞生物学への応用数理) 数理解析研究所講究録. 2010.07; 1698 51-54.

  2. 二階堂愛, 愛, ノート作成: パネルディスカッション : まとめ (離散力学系の分子細胞生物学への応用数理) 数理解析研究所講究録. 2010.07; 1698 232-236.

  3. 近藤 滋, 二階堂愛, 愛, ート作成: 話題提供「生物学における理論の有用性」 (進化とネットワーク) (離散力学系の分子細胞生物学への応用数理) 数理解析研究所講究録. 2010.07; 1698 152-161.

  4. 泰地 真弘人, 二階堂 愛, ノ: パネルディスカッション (タンパク質構造と進化と情報幾何) (離散力学系の分子細胞生物学への応用数理) 数理解析研究所講究録. 2010.07; 1698 229-231.

  5. 二階堂愛: 遺伝子発現とChIP-seqデータの統合による転写制御ネットワークの同定 生化学. 2010; 83回・33回 1W20-4.

  1. 二階堂愛, 二階堂愛: 超多検体オミクスによる細胞特性の計測 日本再生医療学会総会(Web). 2021; 20th

  1. 大川真澄, 大川真澄, 佐藤天平, 林哲太郎, 二階堂愛, 二階堂愛, 二階堂愛: マウス小腸における老化が細胞構成比および遺伝子に与える影響とその領域特異性 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2020; 43rd

  2. 亀田健, 亀田健, 鈴木美穂, 二階堂愛, 粟津暁紀, 冨樫祐一, 冨樫祐一: DNAの化学修飾と遺伝子発現制御 システム制御情報学会研究発表講演会講演論文集(CD-ROM). 2020; 64th

  3. 森田梨津子, 三千典子, 佐々木弘子, 林哲太郎, 梅田茉奈, 芳村美佳, 山本尚貴, 柴田達夫, 阿部高也, 清成寛, 古田泰秀, 古田泰秀, 二階堂愛, 二階堂愛, 藤原裕展: 毛包幹細胞の発生起源と誘導過程 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2020; 43rd

  4. 高田仁実, 笹川洋平, 芳村美佳, 田中かおり, 二階堂愛, 栗崎晃: 胃の恒常性維持を司る幹細胞分化制御機構の解析 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2020; 43rd

  5. 二階堂愛: ヒト細胞アトラス時代の高出力1細胞RNA-seq解析技術 日本再生医療学会総会(Web). 2020; 19th

  1. 石原悟, 笹川洋平, 亀田健, 亀田健, 山下隼人, 琴村直恵, 阿部真之, 下野洋平, 二階堂愛: 転写開始点でのクロマチンの部分凝集は遺伝子の転写量と負の相関を示す 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2019; 42nd

  1. 林哲太郎, 梅田茉奈, 尾崎遼, 笹川洋平, 二階堂愛: RamDA-seqがもたらす1細胞RNAシーケンス法の新たな展望 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2018; 41st

  2. 石原悟, 笹川洋平, 琴村直恵, 山下隼人, 山下隼人, 鏡裕行, 阿部真之, 二階堂愛: ヌクレオソーム間での会合の違いでクロマチンを分画する 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2018; 41st

  3. 笹川洋平, 田中かおり, 二階堂愛: 高出力型1細胞RNA-seq法Quartz-Seq2の開発と超多検体への応用 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2018; 41st

  4. 二階堂愛: 細胞集団の不均質性を1細胞・全遺伝子解像度で高速で高精度に測定するオミクス技術 日本再生医療学会総会(Web). 2018; 17th

  5. 小林英城, 長濱統彦, 荒井渉, 笹川洋平, 梅田茉奈, 林哲太郎, 二階堂愛, 渡部裕美, 小栗一将, 北里洋, 藤岡勘太郎, 木戸ゆかり, 高見英人: 超深海性ヨコエビ,カイコウオオソコエビの糖質分解酵素遺伝子の解析 日本生物工学会大会講演要旨集. 2018; 70th

  6. 二階堂愛: 1細胞トランスクリプトームのための生化学 日本生化学会大会(Web). 2018; 91st

  1. 二階堂愛: RamDA-seq:Pre-mRNA/ncRNAの全長を1細胞レベルで検出するRNAシーケンス法 日本核酸医薬学会年会講演要旨集. 2017; 3rd

  2. 二階堂愛: RamDA-seq:1細胞完全長Total RNAシーケンス法 日本人類遺伝学会大会プログラム・抄録集. 2017; 62nd

  3. 小林英城, 荒井渉, 高見秀人, 笹川洋平, 梅田茉奈, 林哲太郎, 二階堂愛: 超深海性ヨコエビが保有する多糖分解酵素の遺伝子解析 ブルーアース要旨集. 2017; 2017

  1. 二階堂愛: 亜集団特異的発現マーカーを1細胞・全遺伝子解像度で探索するためのRNAシーケンス技術 再生医療. 2016; 15

  2. 林誠, 林誠, 岩崎佳子, 海老澤昌史, 芳村美佳, 林哲太郎, 笹川洋平, 二階堂愛, 吉崎悟朗: 1細胞RNAseqを用いた魚類精原幹細胞マーカーの探索 日本水産学会大会講演要旨集. 2016; 2016

  3. 笹川洋平, 海老澤昌史, 團野宏樹, 林哲太郎, 二階堂愛: セルソーターを用いたハイスループット1細胞RNA-seq法Quartz-Seq2の開発 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2016; 39th

  4. 六峰弘晃, 六峰弘晃, 二階堂愛, 内匠透, 三澤日出巳: アンジェルマン症候群モデルマウスの大脳皮質におけるRNA-seq解析 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2016; 39th

  5. 二階堂愛: 生命科学研究を加速するためのAIを計測と計算の融合から考える 第15回産総研・産技連LS-BT合同研究発表会要旨集,2016. 2016;

  6. 林哲太郎, 笹川洋平, 尾崎遼, 團野宏樹, 梅田茉奈, 二階堂愛: RamDA-seq:完全長を捉える新規1細胞トータルRNAシーケンス法 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2016; 39th

  1. Sasagawa Y, Nikaido I, Hayashi T, Danno H, Uno KD, Imai T, Ueda HR: Quartz-Seq: a highly reproducible and sensitive single-cell RNA sequencing method, reveals non-genetic gene-expression heterogeneity. Genome Biology. 2013.04; 14 (4): R31. ( PubMed , DOI )

  2. 二階堂愛, 笹川洋平: 1細胞RNA-Seqを用いた幹細胞の細胞状態ゆらぎの理解に向けて 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2013; 36th

  1. 水野洋介, 二階堂愛, 岡崎康司: マイクロアレイを用いた生活習慣病関連遺伝子の解明-発現マッピングとeQTLマッピングの可能性- 遺伝子医学MOOK DNAチップ/マイクロアレイ臨床応用の実際 (メディカル ドゥ). 2008.06; (10): 228-233.

  2. 山下泉, 八木研, 水野洋介, 徳澤佳美, 二階堂愛, 仲地豊, 八塚由紀子, 二宮裕一, 坊農秀雅, 須田立雄, 岡崎康司: Id4は骨芽細胞分化と脂肪細胞分化のクロストークを制御する因子である 生化学. 2008;

  1. 二階堂愛, 美野輪治, 八木研, 桜庭喜行, 坊農秀雅, 権藤洋一, 野田哲生, 城石俊彦, 林崎良英, 岡崎康司: 肝臓トランスクリプトームと血清脂質マーカーの情報を統合した連鎖解析による疾患遺伝子の発見 日本分子生物学会年会講演要旨集. 2005; 28th

  1. 仲地豊, 二階堂愛, 八木研, 登内未緒, 坊農秀雅, 岡崎康司: ChIP on chipによるゲノムスケールでの転写因子結合領域探索の試み 日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集. 2004; 27th

  2. 八木研, 近藤大輔, 二階堂愛, 加野浩一郎, 岡崎康司: 成熟脂肪細胞由来の前駆脂肪細胞株DFAT-D1の樹立 日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集. 2004; 27th

  3. 二階堂愛, 八木研, 坊農秀雅, 岡崎康司: ジェネティクスとトランスクリプトームの統合による脂質代謝の遺伝子ネットワークの解明 日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集. 2004; 27th

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