病態代謝解析学

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  1. Takahisa Matsuzaki, Yuma Kawano, Momoka Horikiri, Yuko Shimokawa, Takashi Yamazaki, Nao Okuma, Hiroyuki Koike, Masaki Kimura, Ryuzo Kawamura, Yosuke Yoneyama, Yasuro Furuichi, Fumihiko Hakuno, Shin-Ichiro Takahashi, Seiichiro Nakabayashi, Satoshi Okamoto, Hiromitsu Nakauchi, Hideki Taniguchi, Takanori Takebe, Hiroshi Y Yoshikawa: Preparation of mechanically patterned hydrogels for controlling the self-condensation of cells. STAR Protocols. 2023.07; 4 (3): 102471. ( PubMed , DOI )

  2. Aiko Watanabe, Hiroyuki Koike, Naoki Kumagami, Shigeki Shimba, Ichiro Manabe, Yumiko Oishi: Arntl deficiency in myeloid cells reduces neutrophil recruitment and delays skeletal muscle repair. Scientific Reports. 2023.04; 13 (1): 6747. ( PubMed , DOI )

  3. Rie Ouchi, Hiroyuki Koike: Modeling human liver organ development and diseases with pluripotent stem cell-derived organoids. Frontiers in Cell and Developmental Biology. 2023.02; 11 1133534. ( PubMed , DOI )

  1. Hiroyuki Koike, Ichiro Manabe, Yumiko Oishi: Mechanisms of cooperative cell-cell interactions in skeletal muscle regeneration. Inflammation and Regeneration. 2022.11; 42 (1): 48. ( PubMed , DOI , 医中誌 )

  2. Takahisa Matsuzaki, Yuko Shimokawa, Hiroyuki Koike, Masaki Kimura, Yuma Kawano, Nao Okuma, Ryuzo Kawamura, Yosuke Yoneyama, Yasuro Furuichi, Fumihiko Hakuno, Shin-Ichiro Takahashi, Seiichiro Nakabayashi, Satoshi Okamoto, Hiromitsu Nakauchi, Hideki Taniguchi, Takanori Takebe, Hiroshi Y Yoshikawa: Mechanical guidance of self-condensation patterns of differentiating progeny. iScience. 2022.10; 25 (10): 105109. ( PubMed , DOI )

  3. Ryo Yuzawa, Hiroyuki Koike, Ichiro Manabe, Yumiko Oishi: VDR regulates simulated microgravity-induced atrophy in C2C12 myotubes. Scientific Reports. 2022.01; 12 (1): 1377. ( PubMed , DOI )

  1. Lin Liu, Hiroyuki Koike, Takehito Ono, Shinichiro Hayashi, Fujimi Kudo, Atsushi Kaneda, Hiroyuki Kagechika, Ichiro Manabe, Tomoki Nakashima, Yumiko Oishi: Identification of a KLF5-dependent program and drug development for skeletal muscle atrophy. Proc Natl Acad Sci U S A. 2021.08; 118 (35): ( PubMed , DOI )

  2. Koike H, Iwasawa K, Ouchi R, Maezawa M, Kimura M, Kodaka A, Nishii S, Thompson WL, Takebe T: Engineering human hepato-biliary-pancreatic organoids from pluripotent stem cells. Nature protocols. 2021.02; 16 (2): 919-936. ( PubMed , DOI )

  1. Shinozawa T, Kimura M, Cai Y, Saiki N, Yoneyama Y, Ouchi R, Koike H, Maezawa M, Zhang RR, Dunn A, Ferguson A, Togo S, Lewis K, Thompson W, Asai A, Takebe T: High-Fidelity Drug-Induced Liver Injury Screen Using Human Pluripotent Stem Cell-Derived Organoids. Gastroenterology. 2020.10; ( PubMed , DOI )

  2. Han L, Chaturvedi P, Kishimoto K, Koike H, Nasr T, Iwasawa K, Giesbrecht K, Witcher PC, Eicher A, Haines L, Lee Y, Shannon JM, Morimoto M, Wells JM, Takebe T, Zorn AM: Single cell transcriptomics identifies a signaling network coordinating endoderm and mesoderm diversification during foregut organogenesis. Nature communications. 2020.08; 11 (1): 4158. ( PubMed , DOI )

  1. Generation of hepato-biliary-pancreatic organoid from human pluripotent stem cells 2019.11; ( DOI )

  2. Koike H, Iwasawa K, Ouchi R, Maezawa M, Giesbrecht K, Saiki N, Ferguson A, Kimura M, Thompson WL, Wells JM, Zorn AM, Takebe T: Modelling human hepato-biliary-pancreatic organogenesis from the foregut-midgut boundary. Nature. 2019.10; 574 (7776): 112-116. ( PubMed , DOI )

  3. Ouchi R, Togo S, Kimura M, Shinozawa T, Koido M, Koike H, Thompson W, Karns RA, Mayhew CN, McGrath PS, McCauley HA, Zhang RR, Lewis K, Hakozaki S, Ferguson A, Saiki N, Yoneyama Y, Takeuchi I, Mabuchi Y, Akazawa C, Yoshikawa HY, Wells JM, Takebe T: Modeling Steatohepatitis in Humans with Pluripotent Stem Cell-Derived Organoids. Cell metabolism. 2019.05; ( PubMed , DOI )

  1. Zhang Ran-Ran, Koido Masaru, Tadokoro Tomomi, Ouchi Rie, Matsuno Tatsuya, Ueno Yasuharu, Sekine Keisuke, Takebe Takanori, Taniguchi Hideki: Human iPSC-Derived Posterior Gut Progenitors Are Expandable and Capable of Forming Gut and Liver Organoids STEM CELL REPORTS. 2018.03; 10 (3): 780-793. ( PubMed , DOI )

  2. John Ong, Maria Paola Serra, Joe Segal, Ana-Maria Cujba, Soon Seng Ng, Richard Butler, Val Millar, Stephanie Hatch, Salman Zimri, Hiroyuki Koike, Karen Chan, Andrew Bonham, Michelle Walk, Ty Voss, Nigel Heaton, Ragai Mitry, Anil Dhawan, Daniel Ebner, Davide Danovi, Hiromitsu Nakauchi, S Tamir Rashid: Imaging-Based Screen Identifies Laminin 411 as a Physiologically Relevant Niche Factor with Importance for i-Hep Applications. Stem Cell Reports. 2018.03; 10 (3): 693-702. ( PubMed , DOI )

  1. Yumiko Oishi, Shinichiro Hayashi, Takayuki Isagawa, Motohiko Oshima, Atsushi Iwama, Shigeki Shimba, Hitoshi Okamura, Ichiro Manabe: Bmal1 regulates inflammatory responses in macrophages by modulating enhancer RNA transcription. Sci Rep. 2017.08; 7 (1): 7086. ( PubMed , DOI )

  2. Koike Hiroyuki, Zhang Ran-Ran, Ueno Yasuharu, Sekine Keisuke, Zheng Yun-Wen, Takebe Takanori, Taniguchi Hideki: Nutritional modulation of mouse and human liver bud growth through a branched-chain amino acid metabolism DEVELOPMENT. 2017.03; 144 (6): 1018-1024. ( PubMed , DOI )

  3. Yumiko Oishi, Nathanael J Spann, Verena M Link, Evan D Muse, Tobias Strid, Chantle Edillor, Matthew J Kolar, Takashi Matsuzaka, Sumio Hayakawa, Jenhan Tao, Minna U Kaikkonen, Aaron F Carlin, Michael T Lam, Ichiro Manabe, Hitoshi Shimano, Alan Saghatelian, Christopher K Glass: SREBP1 Contributes to Resolution of Pro-inflammatory TLR4 Signaling by Reprogramming Fatty Acid Metabolism. Cell Metab.. 2017.02; 25 (2): 412-427. ( PubMed , DOI )

  1. Shinichiro Hayashi, Ichiro Manabe, Yumi Suzuki, Frédéric Relaix, Yumiko Oishi: Klf5 regulates muscle differentiation by directly targeting muscle-specific genes in cooperation with MyoD in mice. Elife. 2016.10; 5 ( PubMed , DOI )

  2. Yumiko Oishi, Ichiro Manabe: Macrophages in age-related chronic inflammatory diseases Aging and Mechanisms of Disease. 2016.07; 2 16018. ( DOI )

  3. Rumi Hachiya, Takuya Shiihashi, Ibuki Shirakawa, Yorihiro Iwasaki, Yoshihiro Matsumura, Yumiko Oishi, Yukiteru Nakayama, Yoshihiro Miyamoto, Ichiro Manabe, Kozue Ochi, Miyako Tanaka, Nobuhito Goda, Juro Sakai, Takayoshi Suganami, Yoshihiro Ogawa: The H3K9 methyltransferase Setdb1 regulates TLR4-mediated inflammatory responses in macrophages. Sci Rep. 2016.06; 6 28845. ( PubMed , DOI )

  4. Koike, H., & Takebe, T.: Generating Mini-Organs in Culture. Current Pathobiology Reports. 2016.06; 4 (2): 59-68. ( DOI )

  5. Yumiko Oishi, Ichiro Manabe: Integrated regulation of the cellular metabolism and function of immune cells in adipose tissue. Clin. Exp. Pharmacol. Physiol.. 2016.03; 43 (3): 294-303. ( PubMed , DOI )

  6. Ouchi R, Okabe S, Migita T, Nakano I, Seimiya H: Senescence from glioma stem cell differentiation promotes tumor growth. Biochemical and biophysical research communications. 2016.02; 470 (2): 275-281. ( PubMed , DOI )

  7. Sumio Hayakawa, Kieko Saito, Noriyuki Miyoshi, Tomokazu Ohishi, Yumiko Oishi, Mamoru Miyoshi, Yoriyuki Nakamura: Anti-Cancer Effects of Green Tea by Either Anti- or Pro- Oxidative Mechanisms. Asian Pac. J. Cancer Prev.. 2016; 17 (4): 1649-1654. ( PubMed )

  1. Yumiko Oishi, Ichiro Manabe: Immunometabolic control of homeostasis and inflammation Inflammation and Regeneration. 2015.09; 35 (4): 185-192.

  2. Takebe Takanori, Enomura Masahiro, Yoshizawa Emi, Kimura Masaki, Koike Hiroyuki, Ueno Yasuharu, Matsuzaki Takahisa, Yamazaki Takashi, Toyohara Takafumi, Osafune Kenji, Nakauchi Hiromitsu, Yoshikawa Hiroshi Y., Taniguchi Hideki: Vascularized and Complex Organ Buds from Diverse Tissues via Mesenchymal Cell-Driven Condensation CELL STEM CELL. 2015.05; 16 (5): 556-565. ( PubMed , DOI )

  1. Koike Hiroyuki, Ouchi Rie, Ueno Yasuharu, Nakata Susumu, Obana Yuta, Sekine Keisuke, Zheng Yun-Wen, Takebe Takanori, Isono Kyoichi, Koseki Haruhiko, Taniguchi Hideki: Polycomb Group Protein Ezh2 Regulates Hepatic Progenitor Cell Proliferation and Differentiation in Murine Embryonic Liver PLOS ONE. 2014.08; 9 (8): e104776. ( PubMed , DOI )

  2. Koike Hiroyuki, Ueno Yasuharu, Naito Takako, Shiina Tomoya, Nakata Susumu, Ouchi Rie, Obana Yuta, Sekine Keisuke, Zheng Yun-Wen, Takebe Takanori, Isono Kyo-ichi, Koseki Haruhiko, Taniguchi Hideki: Ring1B Promotes Hepatic Stem/Progenitor Cell Expansion Through Simultaneous Suppression of Cdkn1a and Cdkn2a in Mice HEPATOLOGY. 2014.07; 60 (1): 323-333. ( PubMed , DOI )

  3. Zhang R., Takebe T., Sekine K., Koike H., Zheng Y., Taniguchi H.: Identification of Proliferating Human Hepatic Cells From Human Induced Pluripotent Stem Cells TRANSPLANTATION PROCEEDINGS. 2014.05; 46 (4): 1201-1204. ( DOI )

  4. Takebe Takanori, Zhang Ran-Ran, Koike Hiroyuki, Kimura Masaki, Yoshizawa Emi, Enomura Masahiro, Koike Naoto, Sekine Keisuke, Taniguchi Hideki: Generation of a vascularized and functional human liver from an iPSC-derived organ bud transplant NATURE PROTOCOLS. 2014.02; 9 (2): 396-409. ( PubMed , DOI )

  5. Zhang, R. -R., Takebe, T., Miyazaki, L., Takayama, M., Koike, H., Kimura, M., . . . Taniguchi, H.: Efficient hepatic differentiation of human induced pluripotent stem cells in a three-dimensional microscale culture. Methods Mol Biol. 2014.01; 1210 131-141. ( DOI )

  1. Takebe Takanori, Sekine Keisuke, Enomura Masahiro, Koike Hiroyuki, Kimura Masaki, Ogaeri Takunori, Zhang Ran-Ran, Ueno Yasuharu, Zheng Yun-Wen, Koike Naoto, Aoyama Shinsuke, Adachi Yasuhisa, Taniguchi Hideki: Vascularized and functional human liver from an iPSC-derived organ bud transplant NATURE. 2013.07; 499 (7459): 481-+. ( PubMed , DOI )

  1. Hiroyuki Koike, Hideki Taniguchi: Characteristics of hepatic stem/progenitor cells in the fetal and adult liver. Journal of Hepato-Biliary-Pancreatic Sciences. 2012.11; 19 (6): 587-593. ( PubMed , DOI )

  2. Koike Hiroyuki, Kubota Koji, Sekine Keisuke, Takebe Takanori, Ouchi Rie, Zheng Yun-Wen, Ueno Yasuharu, Tanigawa Naoki, Taniguchi Hideki: Establishment of automated culture system for murine induced pluripotent stem cells BMC BIOTECHNOLOGY. 2012.11; 12 81. ( PubMed , DOI )

  1. 小池 博之, 大石 由美子: 【栄養・代謝物シグナルと食品機能　転写、エピゲノムの制御から代謝性疾患の治療・予防に向けて】(第1章)食品の機能性と栄養・代謝物シグナル　骨格筋萎縮に対するビタミンA誘導体の機能評価 実験医学. 2022.05; 40 (7): 1027-1031. ( 医中誌 )

  2. 大石 由美子, 小池 博之: フレイル、サルコペニアのバイオマーカー 加齢による筋損傷後再生不全のメカニズム 日本老年医学会雑誌. 2022.05; 59 (Suppl.): 49. ( 医中誌 )

  3. 小池 博之: 骨格筋再生を主導する多細胞間相互作用ネットワークの解析 日本応用酵素協会誌. 2022.03; (56): 79-80. ( 医中誌 )

  1. 小池 博之, 大石 由美子: 生体恒常性および疾患を制御する間質細胞生物学 骨格筋幹細胞とマクロファージ亜集団の相互作用による組織修復制御 日本生化学会大会プログラム・講演要旨集. 2021.11; 94回 [2S04e-05]. ( 医中誌 )

  2. 佐藤 荘, 小池 博之, 伊藤 美菜子, 北岡 志保, 住田 智一, 増田 隆博: 生体恒常性および疾患を制御する間質細胞生物学 日本生化学会大会プログラム・講演要旨集. 2021.11; 94回 [JB2-1]. ( 医中誌 )

  3. 大石 由美子, 小池 博之: 脂質生物学の新しいパラダイム マクロファージの「脂質」による再生・組織修復の制御 日本生化学会大会プログラム・講演要旨集. 2021.11; 94回 [2S01m-05]. ( 医中誌 )

  4. 渡辺 藍子, 小池 博之, 大石 由美子: 骨髄球系細胞が持つ細胞内時計の錯乱が筋再生に及ぼす影響 日本筋学会学術集会プログラム・抄録集. 2021.11; 7回 116. ( 医中誌 )

  5. 小池 博之, 大石 由美子: 【糖尿病治療・研究の最前線2021】基礎研究　骨格筋組織再生を対象としたシングルセルRNA-seq解析 医学のあゆみ. 2021.01; 276 (5): 443-447. ( 医中誌 )

  6. 高田賢, 小池博之, 佐藤日向, 大石由美子: マクロファージのSREBP1aは腫瘍の増殖を制御する 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2021; 44th

  7. 大石由美子, 小池博之: 筋損傷後の再生・修復を主導する骨格筋マクロファージの多様性 日本肥満学会・日本肥満症治療学会合同学術集会プログラム・抄録集. 2021; 41st-38th (Web)

  1. 大石 由美子, 小池 博之: シングルセル解析で読み解く間質細胞の多様性 シングルセルトランスクリプトーム解析でみた骨格筋マクロファージの多様性 日本生化学会大会プログラム・講演要旨集. 2020.09; 93回 [2S04e-04]. ( 医中誌 )

  2. 小池 博之, 大石 由美子: シングルセルトランスクリプトーム解析からみた骨格筋再生における細胞間相互作用の変化 日本抗加齢医学会総会プログラム・抄録集. 2020.09; 20回 220. ( 医中誌 )

  3. 小池博之, 武部貴則: 多能性幹細胞を用いたヒト肝・胆・膵システムの一括創出 実験医学. 2020.03; 38 (4): 590-593.

  1. 渡辺 藍子, 小池 博之, 大石 由美子: 時計遺伝子Bmal1欠損によるマクロファージ形質変化の阻害は筋再生を遷延させる 日本筋学会学術集会プログラム・抄録集. 2019.08; 5回 95. ( 医中誌 )

  2. 劉 琳, 小池 博之, 林 晋一郎, 大石 由美子, 淺原 弘嗣: Zincフィンガー転写因子のKLF5は筋萎縮症の病状形成に関与する(Zinc-finger transcription factor KLF5 is involved in the pathogenesis of muscle atrophy) 日本筋学会学術集会プログラム・抄録集. 2019.08; 5回 109. ( 医中誌 )

  3. 大内梨江, 米山鷹介, 武部貴則: 多細胞系からなるヒト肝オルガノイドの創出 実験医学別冊 決定版 オルガノイド実験スタンダード. 2019.03; 119-125.

  1. 大石　由美子: 脂肪酸代謝制御による炎症反応の収束 生化学. 2017.12; 89 (6): 907-910.

  2. 大石　由美子: 体内時計・加齢・摂取カロリーの深い関係 実験医学. 2017.11; 35 3104-3105.

  3. 大石　由美子: 脂肪酸代謝リプログラミングによる炎症の収束 感染・炎症・免疫. 2017.10; 47 48-49.

  4. 大石　由美子: 炎症応答の収束にはマクロファージ脂肪酸代謝のリプログラミングが重要である 臨床免疫・アレルギー科. 2017.10; 68 (4): 430-433.

  5. 大石　由美子、真鍋　一郎: 脂肪組織炎症と臓器障害 尿酸と血糖. 2017.09; 3 (3): 163-165.

  6. 大石由美子、真鍋一郎: 脂肪幹細胞システム clinical calsium. 2017.06; 27 (6): 795-801.

  7. 大石由美子、真鍋一郎: 膵島炎症 実験医学増刊「糖尿病研究のいまとこれから」. 2017.02; 35 (2): 175-179.

  8. 大石由美子、真鍋一郎: 高脂肪食と慢性炎症 炎症と免疫. 2017.01; 25 (1): 51-56.

  1. 大石　由美子、真鍋　一郎: 脂肪組織炎症におけるB細胞 最新医学. 2016.11; 71 (917): 2217-2221.

  2. 大石　由美子、真鍋　一郎: パラバイオーシスと老化研究 アンチエイジング医学. 2016.10; 12 (5): 650-656.

  3. 大石　由美子、真鍋　一郎: 動脈硬化におけるマクロファージの多様性 医学のあゆみ. 2016.10; 259 (5): 475-479.

  4. 大石　由美子、真鍋　一郎: Inflammaging 日本臨床. 2016.09; 74 (9): 1441-1445.

  5. 大石　由美子、真鍋　一郎: Zinc-finger型転写因子 内分泌・糖尿病・代謝内科. 2016.08; 175-180.

  6. 大石　由美子、真鍋　一郎: マクロファージの転写・エピゲノム・トランスクリプトーム解析 医学のあゆみ. 2016.06; 257 (6): 733-737.

  7. 大石　由美子、真鍋　一郎: 代謝疾患における臓器連関と免疫系 医学のあゆみ. 2016.05; 257 (6): 597-600.

  8. 大石　由美子、真鍋　一郎: 慢性炎症と動脈硬化症 臨床化学. 2016.01; 45 (1): 12-17.

  1. 小池 博之, 武部 貴則: 臓器の芽を作成する革新的な培養手法 自動車技術. 2015.11; 69 (11): 108-109.

  2. 大石　由美子: マクロファージの細胞代謝と炎症反応 内分泌・糖尿病・代謝内科. 2015.09; 41 (3): 230-234.

  3. 大崎　達哉, 福田　淳二, 小池　博之, 武部　貴則: ヒトiPS細胞を用いた複雑臓器の成形加工と移植医療への応用 実験医学. 2015.05; 33 (8): 1259-1265. ( 医中誌 )

  1. 谷口英樹, 小池博之: 膵がんにおけるがん幹細胞の特性解析 実験医学. 2011.12; 29 (20): 3254-3261. ( 医中誌 )

  2. 小池　博之, 中田　晋, 谷口　英樹: 膵癌 臨床検査. 2011.05; 55 (5): 495-499. ( DOI , 医中誌 )

  1. 小池博之: 多能性幹細胞を用いたヒト肝臓と周辺臓器の一括創出 日本再生医療学会総会(Web). 2021; 20th

  1. 東郷祥大, 東郷祥大, 大内梨江, 篠澤忠紘, 小池博之, 吉川洋史, 武部貴則: ヒトiPS細胞由来肝臓オルガノイドを用いた炎症・線維化モデルの構築 応用物理学会春季学術講演会講演予稿集(CD-ROM). 2018; 65th

  1. 東郷祥大, 東郷祥大, 大内梨江, 篠澤忠紘, 小池博之, 吉川洋史, 武部貴則: ヒトiPS細胞由来肝臓オルガノイドを用いた炎症・線維化モデルの構築 応用物理学会秋季学術講演会講演予稿集(CD-ROM). 2017; 78th

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