基本情報

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伊東 聰(イトウ サトシ)

ITO Satoshi


職名

助教

研究分野・キーワード

HPC, バイオインフォマティクス

経歴(学内) 【 表示 / 非表示

  • 2020年04月
    -
    2021年03月
    東京医科歯科大学 M&Dデータ科学センター AI・ビッグデータ研究部門 統合解析分野 特任助教
  • 2021年04月
    -
    現在
    東京医科歯科大学 M&Dデータ科学センター AI・ビッグデータ研究部門 統合解析分野 助教

所属学協会 【 表示 / 非表示

  • 情報処理学会

  • 日本機械学会

研究分野 【 表示 / 非表示

  • システムゲノム科学

  • 高性能計算

  • 情報ネットワーク

  • ソフトウェア

  • システムゲノム科学

  • 流体工学

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研究テーマ 【 表示 / 非表示

  • GPUを用いたオミックスデータの高速解析基盤開発,2021年08月 - 2023年03月

  • アプリケーションミドルウェアの開発

競争的資金等の研究課題 【 表示 / 非表示

  • GPUを用いたオミックスデータの高速解析基盤開発

    文部科学省/日本学術振興会 : 2021年 - 2022年

論文・総説 【 表示 / 非表示

  1. Qingbo S Wang, Ryuya Edahiro, Ho Namkoong, Takanori Hasegawa, Yuya Shirai, Kyuto Sonehara, Hiromu Tanaka, Ho Lee, Ryunosuke Saiki, Takayoshi Hyugaji, Eigo Shimizu, Kotoe Katayama, Masahiro Kanai, Tatsuhiko Naito, Noah Sasa, Kenichi Yamamoto, Yasuhiro Kato, Takayoshi Morita, Kazuhisa Takahashi, Norihiro Harada, Toshio Naito, Makoto Hiki, Yasushi Matsushita, Haruhi Takagi, Masako Ichikawa, Ai Nakamura, Sonoko Harada, Yuuki Sandhu, Hiroki Kabata, Katsunori Masaki, Hirofumi Kamata, Shinnosuke Ikemura, Shotaro Chubachi, Satoshi Okamori, Hideki Terai, Atsuho Morita, Takanori Asakura, Junichi Sasaki, Hiroshi Morisaki, Yoshifumi Uwamino, Kosaku Nanki, Sho Uchida, Shunsuke Uno, Tomoyasu Nishimura, Takashri Ishiguro, Taisuke Isono, Shun Shibata, Yuma Matsui, Chiaki Hosoda, Kenji Takano, Takashi Nishida, Yoichi Kobayashi, Yotaro Takaku, Noboru Takayanagi, Soichiro Ueda, Ai Tada, Masayoshi Miyawaki, Masaomi Yamamoto, Eriko Yoshida, Reina Hayashi, Tomoki Nagasaka, Sawako Arai, Yutaro Kaneko, Kana Sasaki, Etsuko Tagaya, Masatoshi Kawana, Ken Arimura, Kunihiko Takahashi, Tatsuhiko Anzai, Satoshi Ito, Kazue Fujita, Yoshinobu Saito, Masahiro Seike, Hiroko Watanabe, Hiroto Matsuse, Norio Kodaka, Chihiro Nakano, Takeshi Oshio, Takatomo Hirouchi, Shohei Makino, Moritoki Egi, Yosuke Omae, Yasuhito Nannya, Takafumi Ueno, Tomomi Takano, Kazuhiko Katayama, Masumi Ai, Atsushi Kumanogoh, Toshiro Sato, Naoki Hasegawa, Katsushi Tokunaga, Makoto Ishii, Ryuji Koike, Yuko Kitagawa, Akinori Kimura, Seiya Imoto, Satoru Miyano, Seishi Ogawa, Takanori Kanai, Koichi Fukunaga, Yukinori Okada, et al.. The whole blood transcriptional regulation landscape in 465 COVID-19 infected samples from Japan COVID-19 Task Force. Nat Commun. 2022.08; 13 (1): 4830. ( PubMed, DOI )

  2. Ho Namkoong, Ryuya Edahiro, Tomomi Takano, Hiroshi Nishihara, Yuya Shirai, Kyuto Sonehara, Hiromu Tanaka, Shuhei Azekawa, Yohei Mikami, Ho Lee, Takanori Hasegawa, Koji Okudela, Daisuke Okuzaki, Daisuke Motooka, Masahiro Kanai, Tatsuhiko Naito, Kenichi Yamamoto, Qingbo S Wang, Ryunosuke Saiki, Rino Ishihara, Yuta Matsubara, Junko Hamamoto, Hiroyuki Hayashi, Yukihiro Yoshimura, Natsuo Tachikawa, Emmy Yanagita, Takayoshi Hyugaji, Eigo Shimizu, Kotoe Katayama, Yasuhiro Kato, Takayoshi Morita, Kazuhisa Takahashi, Norihiro Harada, Toshio Naito, Makoto Hiki, Yasushi Matsushita, Haruhi Takagi, Ryousuke Aoki, Ai Nakamura, Sonoko Harada, Hitoshi Sasano, Hiroki Kabata, Katsunori Masaki, Hirofumi Kamata, Shinnosuke Ikemura, Shotaro Chubachi, Satoshi Okamori, Hideki Terai, Atsuho Morita, Takanori Asakura, Junichi Sasaki, Hiroshi Morisaki, Yoshifumi Uwamino, Kosaku Nanki, Sho Uchida, Shunsuke Uno, Tomoyasu Nishimura, Takashi Ishiguro, Taisuke Isono, Shun Shibata, Yuma Matsui, Chiaki Hosoda, Kenji Takano, Takashi Nishida, Yoichi Kobayashi, Yotaro Takaku, Noboru Takayanagi, Soichiro Ueda, Ai Tada, Masayoshi Miyawaki, Masaomi Yamamoto, Eriko Yoshida, Reina Hayashi, Tomoki Nagasaka, Sawako Arai, Yutaro Kaneko, Kana Sasaki, Etsuko Tagaya, Masatoshi Kawana, Ken Arimura, Kunihiko Takahashi, Tatsuhiko Anzai, Satoshi Ito, Akifumi Endo, Yuji Uchimura, Yasunari Miyazaki, Tomonori Imamura, Tatsuya Yamashita, Masakiyo Yatomi, Toshitaka Maeno, Shinichi Hayashi, Mai Takahashi, Mizuki Kuramochi, Isamu Kamimaki, Yoshiteru Tominaga, Tomoo Ishii, Mitsuyoshi Utsugi, Akihiro Ono, Toru Tanaka, Takeru Kashiwada, Kazue Fujita, Yoshinobu Saito, Masahiro Seike, Hiroko Watanabe, Hiroto Matsuse, Norio Kodaka, Chihiro Nakano, Takeshi Oshio, Takatomo Hirouchi, Shohei Makino, Moritoki Egi, , Yosuke Omae, Yasuhito Nannya, Takafumi Ueno, Kazuhiko Katayama, Masumi Ai, Yoshinori Fukui, Atsushi Kumanogoh, Toshiro Sato, Naoki Hasegawa, Katsushi Tokunaga, Makoto Ishii, Ryuji Koike, Yuko Kitagawa, Akinori Kimura, Seiya Imoto, Satoru Miyano, Seishi Ogawa, Takanori Kanai, Koichi Fukunaga, Yukinori Okada, et al.. DOCK2 is involved in the host genetics and biology of severe COVID-19. Nature. 2022.08; ( PubMed, DOI )

  3. Mapping the human genetic architecture of COVID-19 Nature. 2021.07; ( DOI )

  4. Ito S, Yadome M, Nishiki T, Ishiduki S, Inoue H, Yamaguchi R, Miyano S. Virtual Grid Engine: a simulated grid engine environment for large-scale supercomputers. BMC bioinformatics. 2019.12; 20 (Suppl 16): 591. ( PubMed, DOI )

  5. 伊東 聰. 【ビッグデータ解析に基づくがんの統合的理解と治療戦略】超大規模シーケンスデータ解析とストレージインフラの現在と将来 Medical Science Digest. 2022.08; 48 (9): 426-429. ( 医中誌 )

  6. Satoshi Ito, Masaaki Yadome, Tatsuo Nishiki, Shigeru Ishiduki, Hikaru Inoue,Rui Yamaguchi, Satoru Miyano. Virtual Grid Engine: Accelerating thousands of omics sample analyses using large-scale supercomputers. IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine, BIBM 2018, Madrid, Spain, December 3-6, 2018. 2018; 387-392.

  7. GIMLET: Identifying Biological Modulators in Context-Specific Gene Regulation Using Local Energy Statistics. 2017; 124-137. ( DOI )

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書籍等出版物 【 表示 / 非表示

  1. 宮野悟, 佐伯駿之介, 小川誠司, 梶野奏祐, 斎藤優樹, 片岡圭亮, 三森功士, 中川英刀, 伊東聰. ビッグデータ解析に基づくがんの統合的理解と治療戦略. ニュー・サイエンス社, 2022.08 超大規模シーケンスデータ 解析とストレージインフラ の現在と将来

  2. 宮野 悟. メディカル・サイエンス・ダイジェスト 2022年8月臨時増刊号 ビッグデータ解析に基づくがんの統合的理解と治療戦略. ニュー・サイエンス社, 2022.08 超大規模シーケンスデータ解析とストレージインフラの現在と将来

  3. 並列有限要素解析〈2〉並列構造解析ソフトウェアFrontSTRを使いこなす. 培風館, 2008 (ISBN : 4563067393)

講演・口頭発表等 【 表示 / 非表示

  1. 伊東聰. Genomonの富岳上での大規模検体解析に向けた最適化. 令和3年度 大規模データ解析と人工知能技術によるがんの起源と多様性の解明 シンポジウム 2022.03.03 オンライン

  2. 伊東 聰, 矢留 雅亮, 宮野 悟. バイオインフォマティクス分野におけるHPC的取り組みの紹介. 情報処理学会第171回ハイパフォーマンスコンピューティング研究会 2019.09.13

  3. 伊東 聰, 矢留 雅亮, 宮野 悟. バイオインフォマティクス分野におけるHPC的取り組みの紹介. 情報処理学会第171回ハイパフォーマンスコンピューティング研究会 2019.09.13

  4. 伊東 聰, 後藤 和哉, 小野 謙二. 領域分割法におけるサブドメインのノード内最適自動マッピング. ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム論文集 2011.01.11

  5. 伊東 聰, 小野 謙二. 503 SPHEREを用いた並列FEMコード開発(OS5.大規模並列・連成解析と関連話題(1),オーガナイズドセッション). 計算力学講演会講演論文集 2009.10.10

  6. 伊東 聰, 藤澤 智光, 矢川 元基. 409 フリーメッシュ法によるエッジトーンのフィードバック機構解析. 計算力学講演会講演論文集 2002.10.30

  7. 福留 肇, 土田 潤, 伊東 聰, 藤澤 智光, 矢川 元基. 537 パイプオルガンの CFD 解析と可視化. 計算力学講演会講演論文集 2002.10.30

  8. 伊東 聰, 土田 潤, 藤澤 智光, 矢川 元基. エアリード楽器発音機構の3次元流体解析. 日本シミュレーション学会大会発表論文集 : シミュレーション・テクノロジー・コンファレンス・計算電気・電子工学シンポジウム 2002.06.19

  9. 土田 潤, 伊東 聰, 藤澤 智光, 矢川 元基. エアリード楽器発音機構の3次元流体解析. 計算工学講演会論文集 2002.05.20

  10. 伊東 聰, 藤澤 智光, 矢川 元基. CFDによるエアリード楽器の発音機構解析. 情報処理学会研究報告音楽情報科学(MUS) 2002.02.15

  11. 伊東 聰, 藤澤 智光, 矢川 元基. 341 フリーメッシュ法による非圧縮性流体解析の並列化効率について(OS03-1 ネットワークコンピューティング(1))(OS03 ネットワークコンピューティング). 計算力学講演会講演論文集 2001.11.27

  12. 伊東 聰, 矢川 元基. フリーメッシュ法による移動境界問題の並列解析. 計算工学講演会論文集 2001.05.30

  13. 鈴木惣一朗, 伊東聰, 酒井憲一郎, 稲田由江, 三吉郁夫, 石川裕, 宮野悟. ヒト全ゲノム解析プログラムGenomonのスーパーコンピュータ「富岳」向け最適化と性能評価. 情報処理学会研究報告(Web) 2021

  14. 鈴木惣一朗, 伊東聰, 稲田由江, 池田奈生, 三吉郁夫, 松葉浩也, 松葉浩也, 石川裕, 宮野悟. DNAアライメントプログラムBWA-MEMのArm SVE移植と「富岳」試作機での性能評価. 情報処理学会研究報告(Web) 2020

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Works 【 表示 / 非表示

  • ギャップス,コンピュータソフト,2023年03月 - 現在

  • バーチャル・グリッド・エンジン,コンピュータソフト,2018年12月 - 現在

受賞学術賞 【 表示 / 非表示

  • 日本機械学会 計算力学部門 学生優秀講演表彰,2002年